3mop

The ternary Death Domain complex of MyD88, IRAK4, and IRAK2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myeloid differentiation primary response protein MyD88

Homo sapiens

UniProt Q99836

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–117 链 B; UniProt 20–117 链 C; UniProt 20–117 链 D; UniProt 20–117 链 E; UniProt 20–117 链 F; UniProt 20–117 片段:death domain residues 20-117 Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 × 4 (Q9NWZ3) Interleukin-1 receptor-associated kinase-like 2 × 4 (O43187) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;100-250 mM MgCl2, 8-15 % ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.40 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYD88_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–99; UniProt 20–117 作者链 B; PDB构建体 2–99; UniProt 20–117 作者链 C; PDB构建体 2–99; UniProt 20–117 作者链 D; PDB构建体 2–99; UniProt 20–117 作者链 E; PDB构建体 2–99; UniProt 20–117 作者链 F; PDB构建体 2–99; UniProt 20–117

Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

Homo sapiens

UniProt Q9NWZ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 4–106 链 H; UniProt 4–106 链 I; UniProt 4–106 链 J; UniProt 4–106 片段:death domain residues 4-106 Myeloid differentiation primary response protein MyD88 × 6 (Q99836) Interleukin-1 receptor-associated kinase-like 2 × 4 (O43187) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;100-250 mM MgCl2, 8-15 % ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.40 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 95 个其他 PDB 条目、276 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IRAK4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 3–105; UniProt 4–106 作者链 H; PDB构建体 3–105; UniProt 4–106 作者链 I; PDB构建体 3–105; UniProt 4–106 作者链 J; PDB构建体 3–105; UniProt 4–106

Interleukin-1 receptor-associated kinase-like 2

Homo sapiens

UniProt O43187

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 2–112 链 L; UniProt 2–112 链 M; UniProt 2–112 链 N; UniProt 2–112 片段:death domain residues 2-112 突变:R50W Myeloid differentiation primary response protein MyD88 × 6 (Q99836) Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 × 4 (Q9NWZ3) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;100-250 mM MgCl2, 8-15 % ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.40 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IRAK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–111; UniProt 2–112 作者链 L; PDB构建体 1–111; UniProt 2–112 作者链 M; PDB构建体 1–111; UniProt 2–112 作者链 N; PDB构建体 1–111; UniProt 2–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3mop

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3mop
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3mop
沉积日期 deposition_date2010-04-23
结构标题 titleThe ternary Death Domain complex of MyD88, IRAK4, and IRAK2
关键词 keywords;Death domain complex, helical symmetry, single-stranded helical assembly, left-handed helical assembly, SIGNALING PROTEIN, IMMUNE SYSTEM ;; SIGNALING PROTEIN, IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.80
零角强度 I(0) i0390198000.00
分子量 molecular_weight163880.0 kDa
排除体积 excluded_volume206970 ų
包络体积 envelope_volume263490 ų
水化壳体积 shell_volume61011 ų
包络直径 envelope_diameter134.9
壳层 Rg shell_rg42.84
包络 Rg envelope_rg34.83
形状 Rg shape_rg34.79
总 Rg total_rg35.40
总原子数 total_atoms11534
残基数 n_residues1430
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.8
Rg (实空间) rg_real35.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real3.9020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal390200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8443
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.7
偏度 Skewness skewness0.326
峰度 Kurtosis kurtosis-0.142
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha118100000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.660; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id3mopA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopI00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopJ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopK00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopL00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopM00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas
结构域编号 domain_id3mopN00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Death Domain, Fas

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)