SAXSdb — 3n3h

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lectin

Erythrina corallodendron

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–268	片段：mECorL 突变：Y106G	MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.25M diammonium hydrogen citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3N3H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AX0 ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN IN COMPLEX WITH N-ACTYLGALACTOSAMINE 提交 1997-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.90 Å R-free 0.200
1AX1 ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN IN COMPLEX WITH LACTOSE 提交 1997-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.95 Å R-free 0.200
1AX2 ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN IN COMPLEX WITH N-ACETYLLACTOSAMINE 提交 1997-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.95 Å R-free 0.177
1AXY ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN 提交 1997-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.95 Å R-free 0.200
1AXZ ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN IN COMPLEX WITH D-GALACTOSE 提交 1997-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	GLA alpha-D-galactopyranose × 2 GAL beta-D-galactopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
1FYU Crystal structure of erythrina corallodendron lectin in hexagonal crystal form 提交 2000-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–281（255 aa）链 B 27–281（255 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, sodium chloride, Hepes buffer, sodium azides, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.202
1LTE STRUCTURE OF A LEGUME LECTIN WITH AN ORDERED N-LINKED CARBOHYDRATE IN COMPLEX WITH LACTOSE 提交 1991-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1SFY Crystal structure of recombinant Erythrina corallodandron Lectin 提交 2004-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）片段：residues 1-239	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；25% Ammonium Sulphate 100mM MES, 0.025% Sodium Azide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.55 Å R-free 0.208
1SFY Crystal structure of recombinant Erythrina corallodandron Lectin 提交 2004-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 27–265（239 aa）片段：residues 1-239	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；25% Ammonium Sulphate 100mM MES, 0.025% Sodium Azide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.55 Å R-free 0.208
1SFY Crystal structure of recombinant Erythrina corallodandron Lectin 提交 2004-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 27–265（239 aa）片段：residues 1-239 链 D 27–265（239 aa）片段：residues 1-239	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；25% Ammonium Sulphate 100mM MES, 0.025% Sodium Azide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.55 Å R-free 0.208
1SFY Crystal structure of recombinant Erythrina corallodandron Lectin 提交 2004-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 27–265（239 aa）片段：residues 1-239 链 F 27–265（239 aa）片段：residues 1-239	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；25% Ammonium Sulphate 100mM MES, 0.025% Sodium Azide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.55 Å R-free 0.208
3N35 Erythrina corallodendron lectin mutant (Y106G) with N-Acetylgalactosamine 提交 2010-05-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–268（242 aa）片段：mECorL	突变：Y106G	MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.25M diammonium hydrogen citrate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.189
3N36 Erythrina corallodendron lectin mutant (Y106G) in complex with Galactose 提交 2010-05-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–268（242 aa）片段：mECorL	突变：Y106G	MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLA alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.25M diammonium hydrogen citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.208

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEC_ERYCO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–242； UniProt 27–268

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3n3h
沉积日期 deposition_date	2010-05-20
结构标题 title	Erythrina corallodendron lectin mutant (Y106G) in complex with citrate
关键词 keywords	LEGUME LECTIN, GLYCOSYLATION, ERYTHRINA LECTIN, SUGAR, RECOMBINANT LECTIN, Sugar Binding Protein; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.39 Å
零角强度 I(0) i0	12819800.00
分子量 molecular_weight	26751.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33401 Å³
包络体积 envelope_volume	37959 Å³
水化壳体积 shell_volume	18145 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.4 Å
壳层 Rg shell_rg	23.85 Å
包络 Rg envelope_rg	17.86 Å
形状 Rg shape_rg	17.35 Å
总 Rg total_rg	18.47 Å
总原子数 total_atoms	1888
残基数 n_residues	242
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.9 Å
Rg (实空间) rg_real	17.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6845
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.106
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.485
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.0240
最高正则化参数 α highest_alpha	2439000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.994; Stabil: 0.973; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lectin
分子量 formula_weight	26492.4 kDa
突变 mutation	Y106G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2046

VETISFSFSEFEPGNDNLTLQGASLITQSGVLQLTKINQNGMPAWDSTGRTLYAKPVHIWDMTTGTVASFETRFSFSIEQPYTRPLPADGLVFFMGPTKSKPAQGGGYLGIFNNSKQDNSYQTLGVEFDTFSNQWDPPQVPHIGIDVNSIRSIKTQPFQLDNGQVANVVIKYDASSKILHAVLVYPSSGAIYTIAEIVDVKQVLPEWVDVGLSGATGAQRDAAETHDVYSWSFQASLPETND

来源 Source

来源生物 organism	Erythrina corallodendron
通用名 common_name	coral tree
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3843
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	158

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3n3ha_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3n3hA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	102.784 Å
晶胞边长 b length_b	102.784 Å
晶胞边长 c length_c	56.975 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.670 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2020

fit	/app/data/saxs_computation/n3/3n3h/3n3h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n3/3n3h/3n3h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n3/3n3h/3n3h.dat

Erythrina corallodendron lectin mutant (Y106G) in complex with citrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction