SAXSdb — 3oe8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera

Enterobacteria phage T4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	;(6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate ; × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	;(6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate ; × 3	与蛋白数一致
3	信息不足	单体	蛋白 1	;(6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LYS_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 242–401； UniProt 1002–1161 作者链 B； PDB构建体 242–401； UniProt 1002–1161 作者链 C； PDB构建体 242–401； UniProt 1002–1161

C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera

Enterobacteria phage T4

UniProt P61073

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	;(6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate ; × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	;(6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate ; × 3	与蛋白数一致
3	信息不足	单体	蛋白 1	;(6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CXCR4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–239； UniProt 2–229 作者链 A； PDB构建体 404–493； UniProt 230–319 作者链 B； PDB构建体 12–239； UniProt 2–229 作者链 B； PDB构建体 404–493； UniProt 230–319 作者链 C； PDB构建体 12–239； UniProt 2–229 作者链 C； PDB构建体 404–493； UniProt 230–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3oe8
沉积日期 deposition_date	2010-08-12
结构标题 title	Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup
关键词 keywords	;Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure, ATCG3D, 7TM, G protein-coupled receptor, GPCR, Signal transduction, Hydrolase, Cancer, HIV-1 co-receptor, chemotaxis, chemokine, CXCL12, SDF1, isothiourea, Chimera, T4L Fusion, Membrane protein, Transmembrane, SINGNALING PROTEIN, PSI-Biology, GPCR Network, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3oe8__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3oe8__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3oe8__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.87 Å
Rg（电子密度）	30.41 Å
总 Rg	30.84 Å
原子数	3486
残基数	433
排除体积	63254 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3oe8__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3oe8__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3oe8__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
分子量 formula_weight	56962.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	L125W, C1054T, C1097T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	10373

DYKDDDDAGAPEGISIYTSDNYTEEMGSGDYDSMKEPCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGSKGHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFLGAKFKTSAQHALTSGRPLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate ;
分子量 formula_weight	406.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3oe8A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	3oe8A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3oe8B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	3oe8B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3oe8C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	3oe8C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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晶胞边长 a length_a	69.369 Å
晶胞边长 b length_b	76.602 Å
晶胞边长 c length_c	91.719 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	97.38 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	19.970 Å
R 因子 r_factor	0.2525
R_work r_work	0.2502
R_free r_free	0.2946

Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3oe8__assembly_3__model_1

3oe8__assembly_3__model_1 | I(q)

3oe8__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3oe8__assembly_3__model_1

3oe8__assembly_3__model_1 | I(q)

3oe8__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)