3p9h

Crystal structure of the TSG101 UEV domain in complex with FA258 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 53.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor susceptibility gene 101 protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–145	片段：N-terminal UEV domain (UNP residues 2 to 145) 突变：Mutation of 43VFNDGS48 to GG	Gag polyprotein × 1 （Q9YP46）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NAOH (PH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M SODIUM NITRATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3P9H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KPP Structure of the Tsg101 UEV domain 提交 2002-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 ~1.5 mM Tsg101 UEV; 20 mM sodium phosphate pH 5.5; 50 mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1KPQ Structure of the Tsg101 UEV domain 提交 2002-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 ~1.5 mM Tsg101 UEV; 20 mM sodium phosphate pH 5.5; 50 mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1M4P Structure of the Tsg101 UEV domain in complex with a HIV-1 PTAP "late domain" peptide, DYANA Ensemble 提交 2002-07-03	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–145（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1M4Q STRUCTURE OF THE TSG101 UEV DOMAIN IN COMPLEX WITH A HIV-1 PTAP "LATE DOMAIN" PEPTIDE, CNS ENSEMBLE 提交 2002-07-03	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–145（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1S1Q TSG101(UEV) domain in complex with Ubiquitin 提交 2004-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–145（145 aa）片段：TSG101(UEV) domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.4M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1S1Q TSG101(UEV) domain in complex with Ubiquitin 提交 2004-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–145（145 aa）片段：TSG101(UEV) domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.4M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
2F0R Crystallographic structure of human Tsg101 UEV domain 提交 2005-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–145（145 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；20% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.26 Å R-free 0.243
2F0R Crystallographic structure of human Tsg101 UEV domain 提交 2005-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–145（145 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；20% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.26 Å R-free 0.243
3IV1 Coiled-coil domain of tumor susceptibility gene 101 提交 2009-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 229–304（76 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN 链 B 229–304（76 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN 链 C 229–304（76 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN 链 D 229–304（76 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS, 1 mM DTT, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3IV1 Coiled-coil domain of tumor susceptibility gene 101 提交 2009-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 229–304（76 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN 链 F 229–304（76 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS, 1 mM DTT, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3IV1 Coiled-coil domain of tumor susceptibility gene 101 提交 2009-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 229–304（76 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN 链 H 229–304（76 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS, 1 mM DTT, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3OBQ Crystal Structure of the Tsg101 UEV domain in complex with a human HRS PSAP peptide 提交 2010-08-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–145（144 aa）片段：N-terminal UEV domain (UNP residues 2 to 145)	突变：43VFNDGS48 -> GTG	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NaOH (pH 7.5), 25% PEG 3350, 0.2M Sodium Nitrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.224
3OBS Crystal structure of Tsg101 UEV domain 提交 2010-08-09	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–145（144 aa）片段：N-terminal UEV domain (UNP residues 2 to 145)	突变：43VFNDGS48 -> GTG	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NaOH (pH 7.5), 25% PEG 3350, 0.2M Sodium Nitrate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.232
3OBU Crystal structure of the Tsg101 UEV domain in complex with a HIV-1 PTAP peptide 提交 2010-08-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–145（144 aa）片段：N-terminal UEV domain (UNP residues 2 to 145)	突变：43VFNDGS48 -> GTG	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NaOH (pH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M Sodium Nitrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.236
3OBX Crystal structure of the Tsg101 UEV domain in complex with a HIV-1 Gag P7A mutant peptide 提交 2010-08-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–145（144 aa）片段：N-terminal UEV domain (UNP residues 2 to 145)	突变：43VFNDGS48 -> GTG	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NaOH (pH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M Sodium Nitrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.230
3P9G Crystal structure of the TSG101 UEV domain in complex with FA459 peptide 提交 2010-10-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–145（144 aa）片段：N-TERMINAL UEV DOMAIN (UNP resiudes 2 to 145)	突变：Mutation of 43VFNDGS48 to GG	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NAOH (PH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M SODIUM NITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
4EJE Structure Of The Tsg101 UEV Domain In Complex With an Ebola PTAP late Domain Peptide 提交 2012-04-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–145（145 aa）片段：UEV domain (UNP Residues 1-145)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；278 K；0.1 M of ammonium sulphate, 25% PEG 4K, 25% 0.1 M Hepes, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
4EJE Structure Of The Tsg101 UEV Domain In Complex With an Ebola PTAP late Domain Peptide 提交 2012-04-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–145（145 aa）片段：UEV domain (UNP Residues 1-145)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；278 K；0.1 M of ammonium sulphate, 25% PEG 4K, 25% 0.1 M Hepes, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
4YC1 Structure of the human TSG101-UEV domain in the P321 space group 提交 2015-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；25% PEG4k, 0.2 Ammonium sulphate, 0.1 M Sodium Acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
4YC1 Structure of the human TSG101-UEV domain in the P321 space group 提交 2015-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；25% PEG4k, 0.2 Ammonium sulphate, 0.1 M Sodium Acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
4YC1 Structure of the human TSG101-UEV domain in the P321 space group 提交 2015-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；25% PEG4k, 0.2 Ammonium sulphate, 0.1 M Sodium Acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
4ZNY Structure of the human TSG101-UEV Domain in complex with the PTAP motif of the p19 gag protein of the Human T-cell Leukemia type I virus 提交 2015-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–145（142 aa）片段：UEV domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；30% PEG4k, 0.1 ammonium sulfate, 0.1 MES	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
5VKG Solution-state NMR structural ensemble of human Tsg101 UEV in complex with tenatoprazole 提交 2017-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–145（145 aa）	突变：M1G	4N1 4-methoxy-1-(5-methoxy-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl)-3,5-dimethyl-2-(sulfanylmethyl)pyridin-1-ium × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 NMR测量条件 pH 5.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Tsg101, 0.6 mM Tenatoprazole, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Tsg101, 0.6 mM Tenatoprazole, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6UD0 Solution-state NMR structural ensemble of human Tsg101 UEV in complex with K63-linked diubiquitin 提交 2019-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–145（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 NMR样品组成 200 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 200 uM Tsg101 UEV domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 200 uM Tsg101 UEV domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 200 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
6VME Human ESCRT-I heterotetramer headpiece 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 308–388（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；2 % w/v gamma-Polyglutamic acid (gamma-PGA), 100 mM sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 5.0	分辨率 2.19 Å R-free 0.240
6VME Human ESCRT-I heterotetramer headpiece 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 308–388（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；2 % w/v gamma-Polyglutamic acid (gamma-PGA), 100 mM sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 5.0	分辨率 2.19 Å R-free 0.240
6VME Human ESCRT-I heterotetramer headpiece 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 308–388（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；2 % w/v gamma-Polyglutamic acid (gamma-PGA), 100 mM sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 5.0	分辨率 2.19 Å R-free 0.240
6VME Human ESCRT-I heterotetramer headpiece 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 308–388（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；2 % w/v gamma-Polyglutamic acid (gamma-PGA), 100 mM sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 5.0	分辨率 2.19 Å R-free 0.240
6VME Human ESCRT-I heterotetramer headpiece 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 308–388（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；2 % w/v gamma-Polyglutamic acid (gamma-PGA), 100 mM sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 5.0	分辨率 2.19 Å R-free 0.240
6VME Human ESCRT-I heterotetramer headpiece 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 308–388（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；2 % w/v gamma-Polyglutamic acid (gamma-PGA), 100 mM sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 5.0	分辨率 2.19 Å R-free 0.240
7NLC Crystallographic structure of human Tsg101 UEV domain in complex with a HEV ORF3 peptide 提交 2021-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–145（145 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 50	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；288 K；0.1M Citric Acid, 2M Ammonium sulfate pH 3.5, 13.34% glycerol	分辨率 1.40 Å R-free 0.239
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7ZLX Crystal Structure of the TSG101-UEV domain:space group P21 提交 2022-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 1–145（145 aa）片段：UEV domain, residues 1-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；25 % PEG 4000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 proline, 0.1 M HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.244

共 20 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TS101_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–145； UniProt 2–145

Gag polyprotein

物种未注明

UniProt Q9YP46

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 453–461	片段：Modified HIV-1 Gag PTAP Motif 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Tumor susceptibility gene 101 protein × 1 （Q99816）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NAOH (PH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M SODIUM NITRATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3P9H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L44 C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7 提交 2010-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–429（19 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）6；压力 ambient NMR样品组成 1 mM C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2L45 C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7 with DNA 提交 2010-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 411–429（19 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）6.0；压力 ambient NMR样品组成 1 mM C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7, 1 mM DNA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2L46 C-terminal zinc finger of the HIVNCp7 with platinated DNA 提交 2010-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 411–429（19 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）6.0；压力 ambient NMR样品组成 1 mM C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7, 1 mM DNA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3OUA MDR769 HIV-1 protease complexed with p1/p6 hepta-peptide 提交 2010-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 446–452（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 01 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3OUC MDR769 HIV-1 protease complexed with p2/NC hepta-peptide 提交 2010-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 375–381（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 0.1 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
3P9G Crystal structure of the TSG101 UEV domain in complex with FA459 peptide 提交 2010-10-17	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 453–461（9 aa）片段：Modified HIV-1 Gag PTAP Motif	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NAOH (PH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M SODIUM NITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
4EP3 Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate CA-p2 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 359–367（9 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
4EPJ Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 374–381（8 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.69 Å R-free 0.227
4EQ0 Crystal Structure of inactive single chain variant of HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 374–381（8 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
4FAE Substrate p2/NC in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant 提交 2012-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 375–381（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；0.1 M citric acid, 2.4 M ammonium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.279

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9YP46_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–10； UniProt 453–461

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3p9h
沉积日期 deposition_date	2010-10-17
结构标题 title	Crystal structure of the TSG101 UEV domain in complex with FA258 peptide
关键词 keywords	PROTEIN TRANSPORT, Ubiquitin; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.37 Å
零角强度 I(0) i0	5196930.00
分子量 molecular_weight	17254.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22004 Å³
包络体积 envelope_volume	24958 Å³
水化壳体积 shell_volume	13792 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.1 Å
壳层 Rg shell_rg	21.08 Å
包络 Rg envelope_rg	15.77 Å
形状 Rg shape_rg	15.36 Å
总 Rg total_rg	16.54 Å
总原子数 total_atoms	1216
残基数 n_residues	149
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.9 Å
Rg (实空间) rg_real	16.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1970e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4470e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5197000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8159
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.350
角度范围 angular_range	— – 0.4700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1183000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor susceptibility gene 101 protein
分子量 formula_weight	16400.1 kDa
突变 mutation	Mutation of 43VFNDGS48 to GG
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1339

GAMGSAVSESQLKKMVSKYKYRDLTVRETVNVITLYKDLKPVLDSYGGSRELMNLTGTIPVPYRGNTYNIPICLWLLDTYPYNPPICFVKPTSSMTIKTGKHVDANGKIYLPYLHEWKHPQSDLLGLIQVMIVVFGDEPPVFSRP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Gag polyprotein
分子量 formula_weight	1169.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

XPEXTAPPEEX

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3p9ha1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.2 — UEV domain

结构域编号 domain_id	d3p9ha2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3p9hA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	33.697 Å
晶胞边长 b length_b	45.797 Å
晶胞边长 c length_c	85.387 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.180 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/p9/3p9h/3p9h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p9/3p9h/3p9h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p9/3p9h/3p9h.dat

Crystal structure of the TSG101 UEV domain in complex with FA258 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor susceptibility gene 101 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gag polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)