3qbr

BakBH3 in complex with sjA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SJCHGC06286 protein

Schistosoma japonicum

UniProt Q5BWX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–189 片段:C-terminal truncation (RESIDUES 21-189) Bcl-2 homologous antagonist/killer × 1 (Q16611) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;295 K;1M tri-sodium citrate, 0.1M CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.60 Å R-free 0.234
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 21–189 片段:C-terminal truncation (RESIDUES 21-189) Bcl-2 homologous antagonist/killer × 1 (Q16611) NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;295 K;1M tri-sodium citrate, 0.1M CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.60 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5BWX6_SCHJA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 11–179; UniProt 21–189 作者链 X; PDB构建体 11–179; UniProt 21–189

Bcl-2 homologous antagonist/killer

物种未注明

UniProt Q16611

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 63–96 片段:BH3 (UNP RESIDUES 63-96) SJCHGC06286 protein × 1 (Q5BWX6) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;295 K;1M tri-sodium citrate, 0.1M CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.60 Å R-free 0.234
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 63–96 片段:BH3 (UNP RESIDUES 63-96) SJCHGC06286 protein × 1 (Q5BWX6) NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;295 K;1M tri-sodium citrate, 0.1M CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.60 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAK_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–34; UniProt 63–96 作者链 Y; PDB构建体 1–34; UniProt 63–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3qbr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3qbr
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3qbr
沉积日期 deposition_date2011-01-13
结构标题 titleBakBH3 in complex with sjA
关键词 keywordshelical bundle, Bcl-2-like fold, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.49
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.61
零角强度 I(0) i029721800.00
分子量 molecular_weight42187.0 kDa
排除体积 excluded_volume52909 ų
包络体积 envelope_volume65056 ų
水化壳体积 shell_volume22174 ų
包络直径 envelope_diameter85.3
壳层 Rg shell_rg31.78
包络 Rg envelope_rg25.53
形状 Rg shape_rg25.61
总 Rg total_rg26.35
总原子数 total_atoms2983
残基数 n_residues371
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.0
Rg (实空间) rg_real26.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real2.9720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.59
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29720000.0000
解质量估计 total_estimate0.8606
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.409
峰度 Kurtosis kurtosis-0.609
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7953000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.863; Smooth: 0.945

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3qbrA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
结构域编号 domain_id3qbrX00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)