SAXSdb — 3ran

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)

Canis lupus familiaris

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–216	突变：Q69L	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–216	突变：Q69L	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–216	突变：Q69L	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–216	突变：Q69L	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2	分辨率 2.15 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RAN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BYU CANINE GDP-RAN 提交 1998-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–216（216 aa）片段：ALL 链 B 1–216（216 aa）片段：ALL	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.2	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
1QG2 CANINE GDP-RAN R76E MUTANT 提交 1999-04-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–216（216 aa）片段：ALL	突变：R76E	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；SEE PUBLICATION, pH 7.20	分辨率 2.50 Å R-free 0.237
1QG4 CANINE GDP-RAN F72Y MUTANT 提交 1999-04-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–216（216 aa）片段：ALL	突变：F72Y	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20	分辨率 2.50 Å R-free 0.237
1QG4 CANINE GDP-RAN F72Y MUTANT 提交 1999-04-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–216（216 aa）片段：ALL	突变：F72Y	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20	分辨率 2.50 Å R-free 0.237
1WA5 Structure of the Cse1:Imp-alpha:RanGTP complex 提交 2004-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–176（176 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；50mM TrisHCl, 200mM NaCl, 5mM Mg(OAc)2, .1mM GTP, 22% PEG3350 and 2% PEG400.	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
2BKU Kap95p:RanGTP complex 提交 2005-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–177（177 aa）片段：RESIDUES 1-177	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
2BKU Kap95p:RanGTP complex 提交 2005-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–177（177 aa）片段：RESIDUES 1-177	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
3A6P Crystal structure of Exportin-5:RanGTP:pre-miRNA complex 提交 2009-09-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–216（216 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.92 Å R-free 0.312
3A6P Crystal structure of Exportin-5:RanGTP:pre-miRNA complex 提交 2009-09-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 1–216（216 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.92 Å R-free 0.312
3W3Z Crystal structure of Kap121p bound to RanGTP 提交 2012-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–176（176 aa）片段：UNP residues 1-176	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CaCl2, 10% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.298
5BXQ Structure of the NTF2:RanGDP complex 提交 2015-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–216（216 aa）链 D 1–216（216 aa）链 E 1–216（216 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Li2SO4, 50 mM Na Citrate pH5.6, 15% PEG4000	分辨率 2.50 Å R-free 0.225
5YU6 CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX 提交 2017-11-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–216（216 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DTT, MgCl2, spermine tetrahydrochloride	分辨率 3.00 Å R-free 0.269
5YU6 CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX 提交 2017-11-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–216（216 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DTT, MgCl2, spermine tetrahydrochloride	分辨率 3.00 Å R-free 0.269

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAN_CANFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216 作者链 B； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216 作者链 C； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216 作者链 D； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ran
沉积日期 deposition_date	1998-10-19
结构标题 title	CANINE GDP-RAN Q69L MUTANT
关键词 keywords	GTPASE, NUCLEAR TRANSPORT, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.30 Å
零角强度 I(0) i0	129644000.00
分子量 molecular_weight	93893.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118450 Å³
包络体积 envelope_volume	169740 Å³
水化壳体积 shell_volume	37874 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.8 Å
壳层 Rg shell_rg	43.12 Å
包络 Rg envelope_rg	37.05 Å
形状 Rg shape_rg	38.27 Å
总 Rg total_rg	38.71 Å
总原子数 total_atoms	6619
残基数 n_residues	811
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	129600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8588
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.304
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.526
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.890; Smooth: 0.734

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)
分子量 formula_weight	24441.1 kDa
突变 mutation	Q69L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6829

MAAQGEPQVQFKLVLVGDGGTGKTTFVKRHLTGEFEKKYVATLGVEVHPLVFHTNRGPIKFNVWDTAGLEKFGGLRDGYYIQAQCAIIMFDVTSRVTYKNVPNWHRDLVRVCENIPIVLCGNKVDIKDRKVKAKSIVFHRKKNLQYYDISAKSNYNFEKPFLWLARKLIGDPNLEFVAMPALAPPEVVMDPALAAQYEHDLEVAQTTALPDEDDDL

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	210

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3rana_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3ranb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3ranc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3rand_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3ranA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3ranB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3ranC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3ranD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.090 Å
晶胞边长 b length_b	59.170 Å
晶胞边长 c length_c	116.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2430

fit	/app/data/saxs_computation/ra/3ran/3ran.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ra/3ran/3ran.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ra/3ran/3ran.dat

CANINE GDP-RAN Q69L MUTANT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction