SAXSdb — 3rg6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

Synechococcus elongatus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–472 链 B； UniProt 1–472	未记录	RbcX protein × 16 （Q44212）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；15-17 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M KCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.7, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RG6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RBL STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE FROM SYNECHOCOCCUS PCC6301 提交 1993-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 6–472（467 aa）链 B 6–472（467 aa）链 C 6–472（467 aa）链 D 6–472（467 aa）链 E 6–472（467 aa）链 F 6–472（467 aa）链 G 6–472（467 aa）链 H 6–472（467 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 FMT FORMIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1RSC STRUCTURE OF AN EFFECTOR INDUCED INACTIVATED STATE OF RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE: THE BINARY COMPLEX BETWEEN ENZYME AND XYLULOSE BISPHOSPHATE 提交 1994-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	XBP XYLULOSE-1,5-BISPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2WVW Cryo-EM structure of the RbcL-RbcX complex 提交 2009-10-20	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM TRIS-HCL, PH 8.7；pH 8.7；20 MM TRIS-HCL, PH 8.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITROBOT USED, LIQUID ETHANE	分辨率 9.00 Å
8ILB The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) 提交 2023-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）链 L 1–472（472 aa）链 M 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8ILM The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2) 提交 2023-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）链 I 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8IO2 The Rubisco assembly intermidate of Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) and Rubisco large subunit (RbcL) 提交 2023-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 A 2–472（471 aa）链 B 2–472（471 aa）链 C 2–472（471 aa）链 D 2–472（471 aa）链 E 2–472（471 aa）链 F 2–472（471 aa）链 G 2–472（471 aa）链 H 2–472（471 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8IOJ The Rubisco assembly intermidiate of Rubisco large subunit (RbcL) and Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) 提交 2023-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）链 I 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8IOL The complex of Rubisco large subunit (RbcL) 提交 2023-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBL_SYNP6
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 B； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472

RbcX protein

Anabaena sp.

UniProt Q44212

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–135 链 D； UniProt 1–135 链 E； UniProt 1–135 链 F； UniProt 1–135	未记录	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （P00880）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；15-17 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M KCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.7, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RG6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2PEO Crystal structure of RbcX from Anabaena CA 提交 2007-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；1.0 M Ammonium phosphate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
2WVW Cryo-EM structure of the RbcL-RbcX complex 提交 2009-10-20	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 I 1–135（135 aa）链 J 1–135（135 aa）链 K 1–135（135 aa）链 L 1–135（135 aa）链 M 1–135（135 aa）链 N 1–135（135 aa）链 O 1–135（135 aa）链 P 1–135（135 aa）链 Q 1–135（135 aa）链 R 1–135（135 aa）链 S 1–135（135 aa）链 T 1–135（135 aa）链 U 1–135（135 aa）链 V 1–135（135 aa）链 W 1–135（135 aa）链 X 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM TRIS-HCL, PH 8.7；pH 8.7；20 MM TRIS-HCL, PH 8.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITROBOT USED, LIQUID ETHANE	分辨率 9.00 Å
3HYB Crystal structure of RbcX from Anabaena, crystal form II 提交 2009-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris-HCl pH 5.5, 1 % PEG-3350, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.275

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q44212_9NOST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 D； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 E； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 F； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rg6
沉积日期 deposition_date	2011-04-07
结构标题 title	Crystal structure of a chaperone-bound assembly intermediate of form I Rubisco
关键词 keywords	;photosynthesis, assembly chaperone, TIM barrel (RbcL), carbon fixation (RbcL) complex assembly, protein folding, chaperone (RbcX), RbcS (RbcL) ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.91 Å
零角强度 I(0) i0	314299000.00
分子量 molecular_weight	142860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	178500 Å³
包络体积 envelope_volume	234080 Å³
水化壳体积 shell_volume	54955 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.4 Å
壳层 Rg shell_rg	42.33 Å
包络 Rg envelope_rg	34.90 Å
形状 Rg shape_rg	34.91 Å
总 Rg total_rg	35.41 Å
总原子数 total_atoms	10078
残基数 n_residues	1322
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.8 Å
Rg (实空间) rg_real	35.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	314300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8931
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.387
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.800

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	52516.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10078

MPKTQSAAGYKAGVKDYKLTYYTPDYTPKDTDLLAAFRFSPQPGVPADEAGAAIAAESSTGTWTTVWTDLLTDMDRYKGKCYHIEPVQGEENSYFAFIAYPLDLFEEGSVTNILTSIVGNVFGFKAIRSLRLEDIRFPVALVKTFQGPPHGIQVERDLLNKYGRPMLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENINSQPFQRWRDRFLFVADAIHKSQAETGEIKGHYLNVTAPTCEEMMKRAEFAKELGMPIIMHDFLTAGFTANTTLAKWCRDNGVLLHIHRAMHAVIDRQRNHGIHFRVLAKCLRLSGGDHLHSGTVVGKLEGDKASTLGFVDLMREDHIEADRSRGVFFTQDWASMPGVLPVASGGIHVWHMPALVEIFGDDSVLQFGGGTLGHPWGNAPGATANRVALEACVQARNEGRDLYREGGDILREAGKWSPELAAALDLWKEIKFEFETMDKL

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269084
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RbcX protein
分子量 formula_weight	17694.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMNLKQIAKDTAKTLQSYLTYQALRTVLAQLGETNPPLALWLHNFSAGKVQDGEKYIEELFLEKPDLALRIMTVREHIAEEIAEFLPEMVVTGIQQANMEKRRQHLERMTQVSLSHPSPESEQQQFSDPDWDNLAS

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1167
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3rg6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg6A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg6B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg6B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3rg6C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	3rg6D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	3rg6E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	3rg6F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	244.750 Å
晶胞边长 b length_b	244.750 Å
晶胞边长 c length_c	99.669 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2175
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2454

fit	/app/data/saxs_computation/rg/3rg6/3rg6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rg/3rg6/3rg6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rg/3rg6/3rg6.dat

Crystal structure of a chaperone-bound assembly intermediate of form I Rubisco

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RbcX protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)