3rse

Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 143.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 3

物种未注明

UniProt P61157

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–418 未记录 Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) CA fragment of Bos taurus N-WASP × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES 7.5, 8% PEG 8000, 200 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 ARP3_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418

Actin-related protein 2

物种未注明

UniProt A7MB62

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–394 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) CA fragment of Bos taurus N-WASP × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES 7.5, 8% PEG 8000, 200 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ARP2_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B

物种未注明

UniProt Q58CQ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–372 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) CA fragment of Bos taurus N-WASP × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES 7.5, 8% PEG 8000, 200 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ARC1B_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–372; UniProt 1–372

Actin-related protein 2/3 complex subunit 2

物种未注明

UniProt Q3MHR7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–300 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) CA fragment of Bos taurus N-WASP × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES 7.5, 8% PEG 8000, 200 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ARPC2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–300; UniProt 1–300

Actin-related protein 2/3 complex subunit 3

物种未注明

UniProt Q3T035

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–178 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) CA fragment of Bos taurus N-WASP × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES 7.5, 8% PEG 8000, 200 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARPC3_BOVIN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–178; UniProt 1–178

Actin-related protein 2/3 complex subunit 4

物种未注明

UniProt Q148J6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–168 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (Q3SYX9) CA fragment of Bos taurus N-WASP × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES 7.5, 8% PEG 8000, 200 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 ARPC4_BOVIN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–168; UniProt 1–168

Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

物种未注明

UniProt Q3SYX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–151 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) CA fragment of Bos taurus N-WASP × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;100 mM HEPES 7.5, 8% PEG 8000, 200 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.65 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ARPC5_BOVIN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–151; UniProt 1–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3rse

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3rse
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3rse
沉积日期 deposition_date2011-05-02
结构标题 titleStructural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex
关键词 keywordsHeteroheptamer, Heptameric heterocomplex, F-actin branch initiation, actin, cytosol, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.76
零角强度 I(0) i0533990000.00
分子量 molecular_weight193060.0 kDa
排除体积 excluded_volume242740 ų
包络体积 envelope_volume335500 ų
水化壳体积 shell_volume63437 ų
包络直径 envelope_diameter149.5
壳层 Rg shell_rg48.89
包络 Rg envelope_rg43.33
形状 Rg shape_rg43.75
总 Rg total_rg44.02
总原子数 total_atoms13599
残基数 n_residues1705
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax143.6
Rg (实空间) rg_real44.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03
I(0) (实空间) i0_real5.3400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.19
I(0) (倒空间) i0_reciprocal534000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6762
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.9
偏度 Skewness skewness0.192
峰度 Kurtosis kurtosis-0.702
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha80570000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.032; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.912

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_idd3rsea1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd3rsea2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd3rseb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd3rsec_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd3rsed1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamilyd.198.2 — Arp2/3 complex subunits
家族 Family familyd.198.2.1 — Arp2/3 complex subunits
结构域编号 domain_idd3rsed2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamilyd.198.2 — Arp2/3 complex subunits
家族 Family familyd.198.2.1 — Arp2/3 complex subunits
结构域编号 domain_idd3rsee_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.148 — Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3
超家族 Superfamily superfamilya.148.1 — Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3
家族 Family familya.148.1.1 — Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3
结构域编号 domain_idd3rsef_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamilyd.198.2 — Arp2/3 complex subunits
家族 Family familyd.198.2.1 — Arp2/3 complex subunits
结构域编号 domain_idd3rseg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.13 — Arp2/3 complex 16 kDa subunit ARPC5
家族 Family familya.118.13.1 — Arp2/3 complex 16 kDa subunit ARPC5

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id3rseA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3rseA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3rseA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id3rseB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3rseB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id3rseC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3rseD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id3rseD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id3rseE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1760 — Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
结构域编号 domain_id3rseF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id3rseG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)