3rti

Crystal structure of ricin bound with formycin monophosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–302 链 B； UniProt 315–576	片段：Ricin A chain 片段：Ricin B chain	beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FMP FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：batch；pH 4.75；298 K；11.5% PEG 8000, 0.05 M sodium acetate, 2 mM lactose, pH 4.75, batch, temperature 298K	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3RTI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BR5 RICIN A CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH NEOPTERIN 提交 1998-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	NEO NEOPTERIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.9；pH 8.9	分辨率 2.50 Å
1BR6 RICIN A CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH PTEROIC ACID 提交 1998-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–302（268 aa）	未记录	PT1 PTEROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.9；pH 8.9	分辨率 2.30 Å
1IFS RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH ADENOSINE (ADENOSINE BECOMES ADENINE IN THE COMPLEX) 提交 1996-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–298（261 aa）片段：A CHAIN	突变：I1M, F2V	ADE ADENINE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1IFT RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) 提交 1996-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–298（261 aa）片段：A CHAIN	突变：I1M, F2V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1IFU RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH FORMYCIN 提交 1996-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–298（261 aa）片段：A CHAIN	突变：I1M, F2V	FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1IL3 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 7-DEAZAGUANINE 提交 2001-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	7DG 7-DEAZAGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1IL4 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 9-DEAZAGUANINE 提交 2001-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	9DG 9-DEAZAGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 9-DEAZAGUANINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.293
1IL5 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE (DDP) 提交 2001-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	DDP 2,4-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1IL5 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE (DDP) 提交 2001-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1IL9 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 8-METHYL-9-OXOGUANINE 提交 2001-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	MOG 5-AMINO-2-METHYL-6H-OXAZOLO[5,4-D]PYRIMIDIN-7-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 8-METHYL-9-OXOGUANINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.306
1J1M Ricin A-Chain (Recombinant) at 100K 提交 2002-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	突变：N137D	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.9M Ammomium Sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
1OBS STRUCTURE OF RICIN A CHAIN MUTANT 提交 1996-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	突变：R180H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1OBT STRUCTURE OF RICIN A CHAIN MUTANT, COMPLEX WITH AMP 提交 1996-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	突变：R180H	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1RTC THE STRUCTURE OF RECOMBINANT RICIN A CHAIN AT 2.3 ANGSTROMS 提交 1992-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1UQ4 RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) R213D MUTANT 提交 2003-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–302（263 aa）片段：A CHAIN, RESIDUES 40-302	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；SEE REFERENCE 1, pH 4.20	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
1UQ5 RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) N122A MUTANT 提交 2003-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–302（263 aa）片段：A CHAIN, RESIDUES 40-302	突变：YES	ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；SEE REFERENCE 1, pH 4.20	分辨率 1.40 Å R-free 0.214
2AAI Crystallographic refinement of ricin to 2.5 Angstroms 提交 1993-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
2P8N Ricin a-chain (recombinant) complex with adenine 提交 2007-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：residues 36-302	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 ADE ADENINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；20% AMMONIUM SULFATE, 50 MIMILLIMOLAR SODIUM ACETATE, PH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 4.20	分辨率 1.94 Å R-free 0.301
2PJO Ricin a-chain (recombinant) complex with n-methylurea 提交 2007-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NMU N-METHYLUREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 4.20	分辨率 1.80 Å R-free 0.247
2R2X Ricin A-chain (recombinant) complex with Urea 提交 2007-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 URE UREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；Ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.297
2R3D Ricin A-chain (recombinant) complex with Acetamide 提交 2007-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：Unp residues 36-302	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ACM ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；Ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.09 Å R-free 0.272
2VC3 Ricin A-Chain (Recombinant) E177D Mutant with a bound acetate 提交 2007-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：RESIDUES 36-302	突变：YES	ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.2	分辨率 1.60 Å R-free 0.209
2VC4 Ricin A-Chain (Recombinant) E177D Mutant 提交 2007-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：RESIDUES 36-302	突变：YES	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.2	分辨率 1.39 Å R-free 0.199
3EJ5 complex of Ricin A chain and pyrimidine-based inhibitor 提交 2008-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 40–296（257 aa）片段：sequence database residues 40-296	未记录	EJ5 4-[3-(2-amino-4-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-5-yl)propyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；tris-HCl, BME, EDTA, PEG 8000, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
3HIO Crystal structure of Ricin A-chain in complex with the cyclic tetranucleotide inhibitor, a transition state analogue 提交 2009-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	C2X 9,9'-{(2R,3R,3aR,5S,7aR,9R,10R,10aR,12S,23R,25aR,27R,28R,28aR,30S,32aR,35aR,37S,39aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-34-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-5,12,23,30,37-pentahydroxy-3,10,28-trimethoxy-5,12,23,30,37-pentaoxidotetracosahydro-2H,7H,25H-trifuro[3,2-f:3',2'-l:3'',2''-x]pyrrolo[3,4-r][1,3,5,9,11,15,17,21,23,27,29,2,4,10,16,22,28]undecaoxazapentaphosphacyclopentatriacontine-2,27-diyl}bis(2-amino-3,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；25% PEG2000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.254
3LC9 Ricin A-chain variant 1-33/44-198 with engineered disulfide bond 提交 2010-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–233（198 aa）	突变：R48C, T77C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；Protein buffer: 50mM MES pH 6.4, 200mM NaCl Crystallization Solution: 0.17M Ammonium Sulfate, 25.5% w/v PEG 4000, 15% v/v Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.28 Å R-free 0.245
3MK9 Stabilized Ricin Immunogen 1-33/44-198 提交 2010-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–233（198 aa）	突变：V49C, E99C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；Protein Buffer: 50mM MES pH 6.4, 200mM NaCl, 2mM BME, Crystallization Solution: 0.17M Ammonium Sulfate, 25.5% w/v PEG 4000, 15% v/v Glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.08 Å R-free 0.236
3RTJ Crystal structure of ricin bound with dinucleotide ApG 提交 2011-05-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 4.75；298 K；11.5% PEG 8000, 0.05 M sodium acetate, 2 mM lactose, pH 4.75, batch, temperature 298K	分辨率 3.00 Å
3SRP Structure of Rivax: A Human Ricin Vaccine 提交 2011-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	突变：V76M, Y80A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；290 K；30% Ammonium Sulfate, 50 mM Sodium Acetate pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.14 Å R-free 0.254
4ESI Structure of ricin A chain bound with N-((1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl-2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide 提交 2012-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	0RB 2-amino-4-oxo-N-(1H-1,2,3-triazol-5-ylmethyl)-1,4-dihydropteridine-7-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.87 Å R-free 0.285
4HUO Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	RS8 N-[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]glycyl-L-phenylalanine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.52 Å R-free 0.230
4HUO Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	RS8 N-[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]glycyl-L-phenylalanine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.52 Å R-free 0.230
4HUP Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	19M (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.236
4HUP Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	19M (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 4 MLA MALONIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.236
4HV3 Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonyl-L-serinyl)-L-tryptophan 提交 2012-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	19L (2S)-2-[[(2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-oxidanyl-propanoyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.54 Å R-free 0.231
4HV7 Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)glycine 提交 2012-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	19J 2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]ethanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.87 Å R-free 0.236
4HV7 Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)glycine 提交 2012-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	19J 2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.87 Å R-free 0.236
4IMV Ricin A-chain variant 1-33/44-198 with engineered disulfide bond, R48C/T77C/D75N 提交 2013-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–233（198 aa）片段：unp residues 36-233	突变：R48C, T77C, D75N	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；0.17 M Ammonium Sulfate, 25.5% (w/v) Peg 4000, 15% Glycerol , pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.25 Å R-free 0.242
4KUC Crystal structure of ricin-A chain in complex with the antibody 6C2 提交 2013-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M Nacitrate,ph 5.0, 8% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.79 Å R-free 0.289
4KUC Crystal structure of ricin-A chain in complex with the antibody 6C2 提交 2013-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M Nacitrate,ph 5.0, 8% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.79 Å R-free 0.289
4LGP Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH1) 提交 2013-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–296（261 aa）片段：UNP residues 36-296	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；100 mM Bicine, 20 % PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.281
4LGP Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH1) 提交 2013-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 36–296（261 aa）片段：UNP residues 36-296	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；100 mM Bicine, 20 % PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.281
4LGR Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH3) 提交 2013-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–294（255 aa）片段：UNP residues 40-294	未记录	ZN ZINC ION × 3 ACY ACETIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；293 K；100 mM NaAcetate, 200 mM Zinc Acetate, 10% PEG 3000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.204
4LGS Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH4) 提交 2013-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–301（263 aa）片段：UNP residues 39-301	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM NaHepes, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
4LHJ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH5) 提交 2013-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–297（259 aa）片段：UNP residues 39-297	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；293 K；100 mM NaAcetate, 200 mM NaCl, 40% PEG 300, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.250
4LHQ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH8) 提交 2013-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–298（260 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；100 mM NaAcetate, 2 M NaFormate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
4LHQ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH8) 提交 2013-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 39–298（260 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；100 mM NaAcetate, 2 M NaFormate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
4MX1 Structure of ricin A chain bound with 2-amino-4-oxo-N-(2-(3-phenylureido)ethyl)-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide 提交 2013-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	1MX 2-amino-4-oxo-N-{2-[(phenylcarbamoyl)amino]ethyl}-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.59 Å R-free 0.261
4MX5 Structure of ricin A chain bound with benzyl-(2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)ethyl)carbamate 提交 2013-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	5MX benzyl (2-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]amino}ethyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.52 Å R-free 0.245
4Q2V Crystal Structure of Ricin A chain complexed with Baicalin inhibitor 提交 2014-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：Ricin A chain	未记录	0XE 5,6-dihydroxy-4-oxo-2-phenyl-4H-chromen-7-yl beta-D-glucopyranosiduronic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, 10% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
4Z9K Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH2)(F5) 提交 2015-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–296（258 aa）片段：UNP residues 39-296	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, 15% PEG 3000, 2 mM Zinc acetate, 10 mM sulfobetaine	分辨率 1.50 Å R-free 0.195
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5DDZ Crystal structure of the RTA-c10-P2 complex 提交 2015-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.4 M ammonium dihydrogen phosphate	分辨率 1.50 Å R-free 0.175
5E1H Ricin toxin in complex with neutralizing single chain monoclonal antibodies (VHHs) 提交 2015-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–297（258 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；100 mM BisTris pH 5.5, 25% PEG 3000, 260 mM NaCl, and 10 mM Tris (2carboxyethyl)phosphine hydrochloride	分辨率 2.03 Å R-free 0.257
5GU4 rRNA N-glycosylase RTA 提交 2016-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：UNP residues 36-302	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2.8 M sodium acetate, tetrahydrate pH7.0 30%-35% glucose	分辨率 1.55 Å R-free 0.255
5GU4 rRNA N-glycosylase RTA 提交 2016-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–302（267 aa）片段：UNP residues 36-302	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2.8 M sodium acetate, tetrahydrate pH7.0 30%-35% glucose	分辨率 1.55 Å R-free 0.255
5J56 RTA-V1C7 提交 2016-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：UNP residues 40-294	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate pH 4.6 and 8% PEG4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
5J57 V5E1-RTA complex 提交 2016-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：UNP residues 39-302	未记录	CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM Tris pH 7.0 and 20% PEG 1000	分辨率 1.70 Å R-free 0.190
5SV3 RTA1-33/44-198 (RVEC) bound to Single Domain Antibody A3C8 提交 2016-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–233（198 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 1.6 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.73 Å R-free 0.267
5SV3 RTA1-33/44-198 (RVEC) bound to Single Domain Antibody A3C8 提交 2016-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 36–233（198 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 1.6 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.73 Å R-free 0.267
5U4L RTA-V1C7_G29R-high-salt 提交 2016-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：residues 36-302	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；1.6 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% glycerol, and 100 mM Tris pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.257
5U4M RTA-V1C7-G29R-no_salt 提交 2016-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–294（255 aa）片段：residues 40-294	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；295 K；8% PEG 4000 and 100 mM sodium acetate pH 4.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
6CWG Ricin catalytic subunit bound go A9 VHH antibody 提交 2018-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；200 mM Lithiuim sulfate, 100 mM CAPS pH 10.5, 2 M Ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
6CWG Ricin catalytic subunit bound go A9 VHH antibody 提交 2018-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；200 mM Lithiuim sulfate, 100 mM CAPS pH 10.5, 2 M Ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
6OBC Ricin A chain bound to camelid 提交 2019-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–298（259 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；100 mM Tris (pH 7.0), 200 mM calcium acetate, and 20% PEG 3,000	分辨率 1.76 Å R-free 0.227
6OBE Ricin A chain bound to VHH antibody V6H8 提交 2019-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–302（265 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 38-302	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；100 mM citric acid and 15% PEG	分辨率 1.73 Å R-free 0.208
6OBG Ricin A chain bound to VHH antibody V8E6 提交 2019-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–296（257 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-296	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 170 mM zinc acetate, 6% PEG 8,000, and 0.5% ethyl acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
6OBG Ricin A chain bound to VHH antibody V8E6 提交 2019-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–296（257 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-296	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 170 mM zinc acetate, 6% PEG 8,000, and 0.5% ethyl acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
6OBM Ricin A chain bound to VHH antibody V6A7 提交 2019-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–298（259 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；200 mM potassium sulfate and 20% PEG 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
6OBO Ricin A chain bound to VHH antibody V6A6 提交 2019-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–296（257 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；100 mM imidazole (pH 8.0), 200 mM calcium acetate, and 15% PEG 8,000	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6OBO Ricin A chain bound to VHH antibody V6A6 提交 2019-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–296（257 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；100 mM imidazole (pH 8.0), 200 mM calcium acetate, and 15% PEG 8,000	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6OCA Ricin A chain bound to VHH antibody V2G10 提交 2019-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–302（265 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 38-302	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；100 mM MES (pH 5.0) and 20% PEG 6,000	分辨率 2.11 Å R-free 0.246
6OCA Ricin A chain bound to VHH antibody V2G10 提交 2019-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 38–302（265 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 38-302	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；100 mM MES (pH 5.0) and 20% PEG 6,000	分辨率 2.11 Å R-free 0.246
6OCD Ricin A chain bound to VHH antibody V6D4 提交 2019-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–297（258 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-297	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 400 mM zinc acetate, and 11% PEG 8,000	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
6OCD Ricin A chain bound to VHH antibody V6D4 提交 2019-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 40–297（258 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-297	未记录	ZN ZINC ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 400 mM zinc acetate, and 11% PEG 8,000	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
6URW Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 4-(2-thienylmethyl)benzoic acid 提交 2019-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 R7T 4-[(thiophen-2-yl)methyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Sodium Acetate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
6URX Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 5-phenyl-2-thiophenecarboxylic acid 提交 2019-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 JMG 5-phenylthiophene-2-carboxylic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Ammonium Iodide, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.99 Å R-free 0.218
6URY Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 9-oxo-4-fluorenecarboxamide 提交 2019-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	R6T 9-oxo-9H-fluorene-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 CL CHLORIDE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM Tris pH 7.0, 200 mM Magnesium Chloride, 2.5 M Sodium Chloride	分辨率 1.54 Å R-free 0.195
6URY Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 9-oxo-4-fluorenecarboxamide 提交 2019-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM Tris pH 7.0, 200 mM Magnesium Chloride, 2.5 M Sodium Chloride	分辨率 1.54 Å R-free 0.195
7KBI Ricin bound to VHH antibody V5E1 提交 2020-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；340 mM ammonium fluoride and 22% PEG 3,350.	分辨率 3.05 Å R-free 0.274
7KBK Ricin bound to VHH antibody V6E11 提交 2020-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200 mM sodium chloride 100 mM CHES pH 9.5, and 1.26 M ammonium sulfate.	分辨率 2.09 Å R-free 0.203
7KC9 Ricin bound to VHH antibody V5G1 提交 2020-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；200 mM zinc acetate, 20% PEG 3,350	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KC9 Ricin bound to VHH antibody V5G1 提交 2020-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 36–302（267 aa）链 E 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；200 mM zinc acetate, 20% PEG 3,350	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KD0 Ricin bound to VHH antibody V2C11 提交 2020-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	GAL beta-D-galactopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM Zinc Acetate, 14% PEG 8,000, 22% Glycerol, 80 mM NaCaco pH 6.5, 3% D+Galactose	分辨率 2.77 Å R-free 0.255
7KD2 Ricin bound to VHH antibody V11B2 提交 2020-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200 mM Zinc Acetate, 100 mM MES pH 6.0, 10% PEG 8,000	分辨率 2.55 Å R-free 0.280
7KDM Ricin bound to VHH antibody V5G6 提交 2020-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4 M Sodium Formate	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KDM Ricin bound to VHH antibody V5G6 提交 2020-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4 M Sodium Formate	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KDU Ricin bound to VHH antibody V5E4 提交 2020-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；290 mM zinc Aaetate and 17% PEG 3,350	分辨率 2.81 Å R-free 0.294
7MLN Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-(o-tolyl)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	ZJA 5-(2-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；24 %(w/v) PEG 1500, 20 %(w/v) Glycerol	分辨率 1.52 Å R-free 0.207
7MLO Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-mesitylthiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	ZJ7 5-(2,4,6-trimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50 mM Bis-Tris pH 6.5, 50 mM Ammonium Sulfate, 30 %(v/v) Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
7MLO Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-mesitylthiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）	未记录	ZJ7 5-(2,4,6-trimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50 mM Bis-Tris pH 6.5, 50 mM Ammonium Sulfate, 30 %(v/v) Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
7MLP Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-(2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	ZJ4 5-(2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 200 mM Zinc Acetate, 10 %(w/v) PEG 3000	分辨率 1.78 Å R-free 0.213
7MLT Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-(2-ethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 ZJD 5-(2-ethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM Magnesium Chloride, 16 %(w/v) PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.203
7TGF Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin. 提交 2022-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；100 mM sodium citrate pH 4.0, 30% PEG 6000, and 1 M lithium chloride	分辨率 1.35 Å R-free 0.181
7TGI Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；200 mM magnesium chloride, 20% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
7TH2 Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 11 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM MES pH 6.5, 200 mM sodium thiocyanate, 8% dioxane, 1740 mM ammonium sulfate	分辨率 1.84 Å R-free 0.187
7TH2 Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 10 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM MES pH 6.5, 200 mM sodium thiocyanate, 8% dioxane, 1740 mM ammonium sulfate	分辨率 1.84 Å R-free 0.187
7TH3 Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；418 mM ammonium chloride, 22% PEG 3350	分辨率 2.29 Å R-free 0.272
7XZS Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-L-tyrosine 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	I8T (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, lithium sulfate, sodium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.243
7XZT Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-D-tyrosine 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	I9P (2R)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.30 Å R-free 0.240
7XZU Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-L-phenylalanine 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IEK (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
7XZW Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-D-phenylalanine 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IEW (2R)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.244
7Y02 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-3-(4-fluorophenyl)propanoic acid 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IEZ (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-(4-fluorophenyl)propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.223
7Y03 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-2-phenylacetic acid 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IF4 (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-2-phenyl-ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.35 Å R-free 0.238
7Y05 Crystal structure of Ricin A chain bound with (R)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-2-phenylacetic acid 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IFH (2R)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-2-phenyl-ethanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
7Y06 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-4-phenylbutanoic acid 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IFQ (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-4-phenyl-butanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.35 Å R-free 0.235
7Y07 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-amino-N-(1-hydroxy-3-phenylpropan-2-yl)-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IFX 2-azanyl-4-oxidanylidene-N-[(2S)-1-oxidanyl-3-phenyl-propan-2-yl]-3H-pteridine-7-carboxamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.25 Å R-free 0.234
7Y08 Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanine 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	RS8 N-[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]glycyl-L-phenylalanine × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；296 K；Ammonium sulfate, Sodium malonate	分辨率 1.25 Å R-free 0.253
7Y4K Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanyl-N6-((benzyloxy)carbonyl)-L-ornitine 提交 2022-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	JKU (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-5-(phenylmethoxycarbonylamino)pentanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.70 Å R-free 0.230
7Y4M Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanyl-N6-((benzyloxy)carbonyl)-L-lysine 提交 2022-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IWQ (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-6-(phenylmethoxycarbonylamino)hexanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.242
8I7P Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-tyrosine 提交 2023-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
8T9V RTA-RUNT-59 complex structure 提交 2023-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–296（258 aa）	未记录	ZJT (9aP)-7-fluoro-4,5-dihydronaphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；200 mM di-Ammonium tartrate and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
8TAB RTA-PD00589 提交 2023-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–296（258 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 U4T 4H,5H-naphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；200 mM Mg(NO3)2 and 20% PEG 3350	分辨率 2.26 Å R-free 0.219
8TAD RTA in complex with inhibitor RUNT-206 提交 2023-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–293（255 aa）	未记录	ZXJ (9aM)-5,5-dimethyl-4,5-dihydronaphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM KH2PO4 and 20% PEG 8000	分辨率 2.76 Å R-free 0.256
8TFH Ricin in complex with Fab JB4 提交 2023-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 39–298（260 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；1.5 M ammonium sulfate and 25% glycerol	分辨率 3.29 Å R-free 0.334
8TFL Ricin in complex with Fab SylH3 提交 2023-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 40–299（260 aa）链 B 316–576（261 aa）	未记录	2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；1.5 M ammonium fluoride and 20% PEG 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.287
9E3T RTA-RUNT-165 complex 提交 2024-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：residues 40-294	未记录	A1BH4 (5M)-5-(2-ethyl-6-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Hepes pH 6.5 and 20% PEG 6000	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
9E3T RTA-RUNT-165 complex 提交 2024-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）片段：residues 40-294	未记录	A1BH4 (5M)-5-(2-ethyl-6-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Hepes pH 6.5 and 20% PEG 6000	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
9E40 RTA-RUNT-202 complex 提交 2024-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	A1BH3 5-(4-fluoro-2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 IMD IMIDAZOLE × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Tris pH 7.0, 40% PEG 300, and 5% PEG 1000	分辨率 1.80 Å R-free 0.180
9E42 RTA-RUNT-192 complex 提交 2024-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：residues 40-294	未记录	A1BH2 5-(2,6-diethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；170 mM diammonium hydrogen phosphate	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
9E42 RTA-RUNT-192 complex 提交 2024-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）片段：residues 40-294	未记录	A1BH2 5-(2,6-diethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；170 mM diammonium hydrogen phosphate	分辨率 1.80 Å R-free 0.246

共 100 个其他 PDB 条目、126 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RICI_RICCO
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–267； UniProt 36–302 作者链 B； PDB构建体 1–262； UniProt 315–576

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3rti
沉积日期 deposition_date	2011-05-03
结构标题 title	Crystal structure of ricin bound with formycin monophosphate
关键词 keywords	;glycosidase, ribosome-inactivating protein, lectin, glycoprotein, lactose binding, glycosylation, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.23 Å
零角强度 I(0) i0	58800100.00
分子量 molecular_weight	58793.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73158 Å³
包络体积 envelope_volume	85817 Å³
水化壳体积 shell_volume	28826 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.4 Å
壳层 Rg shell_rg	32.08 Å
包络 Rg envelope_rg	25.22 Å
形状 Rg shape_rg	25.25 Å
总 Rg total_rg	25.91 Å
总原子数 total_atoms	4138
残基数 n_residues	516
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.7 Å
Rg (实空间) rg_real	26.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8914
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.375
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.959

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ricin
分子量 formula_weight	29936.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4187

IFPKQYPIINFTTAGATVQSYTNFIRAVRGRLTTGADVRHEIPVLPNRVGLPINQRFILVELSNHAELSVTLALDVTNAYVVGYRAGNSAYFFHPDNQEDAEAITHLFTDVQNRYTFAFGGNYDRLEQLAGNLRENIELGNGPLEEAISALYYYSTGGTQLPTLARSFIICIQMISEAARFQYIEGEMRTRIRYNRRSAPDPSVITLENSWGRLSTAIQESNQGAFASPIQLQRRNGSKFSVYDVSILIPIIALMVYRCAPPPSSQF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ricin
分子量 formula_weight	28989.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ADVCMDPEPIVRIVGRNGLCVDVRDGRFHNGNAIQLWPCKSNTDANQLWTLKRDNTIRSNGKCLTTYGYSPGVYVMIYDCNTAATDATRWQIWDNGTIINPRSSLVLAATSGNSGTTLTVQTNIYAVSQGWLPTNNTQPFVTTIVGLYGLCLQANSGQVWIEDCSSEKAEQQWALYADGSIRPQQNRDNCLTSDSNIRETVVKILSCGPASSGQRWMFKNDGTILNLYSGLVLDVRASDPSLKQIILYPLHGDPNQIWLPLF

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3rtia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

结构域编号 domain_id	d3rtib1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

结构域编号 domain_id	d3rtib2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3rtiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	3rtiA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	3rtiB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3rtiB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.740 Å
晶胞边长 b length_b	78.490 Å
晶胞边长 c length_c	114.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.910 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/rt/3rti/3rti.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rt/3rti/3rti.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rt/3rti/3rti.dat

Crystal structure of ricin bound with formycin monophosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)