3s1k

The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.8 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vascular endothelial growth factor A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 V； UniProt 34–135 链 W； UniProt 34–135	未记录	Z-domain × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.2 M KI, 0.1 M MES, PEG 4000 25.0% v/v, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.55 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3S1K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BJ1 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY 提交 1998-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 V 214–315（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN 链 W 214–315（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.266
1CZ8 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH AN AFFINITY MATURED ANTIBODY 提交 1999-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 V 40–133（94 aa）片段：RECEPTOR BINDING FRAGMENT 链 W 40–133（94 aa）片段：RECEPTOR BINDING FRAGMENT	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, AMMONIUM SULFATE, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 38–135（98 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 链 W 38–135（98 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.261
1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 V 38–135（98 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 链 W 38–135（98 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.261
1KAT Solution Structure of a Phage-Derived Peptide Antagonist in Complex with Vascular Endothelial Growth Factor 提交 2001-11-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 37–135（99 aa）片段：Receptor Binding Domain 链 W 37–135（99 aa）片段：Receptor Binding Domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium chloride, 20 sodium phosphate；压力 1 NMR测量条件 pH 7；318 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium chloride, 20 sodium phosphate；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium chloride, 20 sodium phosphate；压力 1 NMR样品组成 0.6mM U-13C/15N labeled v107 + 0.45 mM unlabeled VEGF Dimer; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6mM U-13C/15N labeled v107 + 0.45 mM unlabeled VEGF Dimer; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide \| 100% D2O NMR样品组成 1.0mM U-13C/15N labeled VEGF dimer + 2.25 mM unlabeled v107; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0mM U-13C/15N labeled VEGF dimer + 2.25 mM unlabeled v107; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide \| 100% D2O NMR样品组成 0.6mM U-13C/15N labeled v107 + 0.45 mM unlabeled VEGF Dimer; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide, 15mg/ml pf1 phage \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0mM U-13C/15N labeled VEGF Dimer + 2.25 mM unlabeled v107; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide, 15mg/ml pf1 phage \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1KMX Heparin-binding Domain from Vascular Endothelial Growth Factor 提交 2001-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 137–191（55 aa）片段：heparin-binding domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient NMR样品组成 2.0 mM VEGF heparin-binding domain; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.0 mM VEGF heparin-binding domain U-15N; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.0 mM VEGF heparin-binding domain U-15N; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide \| 99.9% D2O NMR样品组成 0.6 mM VEGF heparin-binding domain U-15N; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride; 0.02% sodium azide \| 4:1:0.2 ditridecanoyl-phosphatidylcholine/dihexanoyl-phosphatidylcholine/cetyltrimethylammonium bromide, 5% w/v total lipid in 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
1MJV DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C51A and C60A) 提交 2002-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, Sequence Database 链 B 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, Sequence Database	突变：C51A,C60A 突变：C51A,C60A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；Na-Citrate, isopropanol, PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.248
1MKG DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C57A and C102A) 提交 2002-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database 链 B 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database	突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Na-formate 2.0 M, Na-acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1MKG DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C57A and C102A) 提交 2002-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database 链 D 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database	突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Na-formate 2.0 M, Na-acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1MKG DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C57A and C102A) 提交 2002-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database 链 B 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database 链 C 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database 链 D 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database	突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Na-formate 2.0 M, Na-acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1MKK Disulfide deficient mutant of vascular endothelial growth factor A (C61A and C104A) 提交 2002-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database 链 B 40–134（95 aa）片段：Residues 40-134, sequence database	突变：C61A,C104A 突变：C61A,C104A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；isopropanol, PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.32 Å R-free 0.195
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN 链 W 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN 链 S 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 R 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN 链 S 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN 链 V 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN 链 W 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1TZH Crystal Structure of the Fab YADS1 Complexed with h-VEGF 提交 2004-07-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 V 34–135（102 aa）链 W 34–135（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；PEG 3350, ammonium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1TZI Crystal Structure of the Fab YADS2 Complexed with h-VEGF 提交 2004-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 V 34–135（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；292 K；LITHIUM CHLORIDE, PEG 6000, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.80 Å R-free 0.254
1VGH HEPARIN-BINDING DOMAIN FROM VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 161–215（55 aa）片段：HEPARIN-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；300 K	分辨率未提供
1VPF STRUCTURE OF HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR 提交 1997-04-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 链 B 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.297
1VPF STRUCTURE OF HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR 提交 1997-04-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 链 D 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.297
1VPP COMPLEX BETWEEN VEGF AND A RECEPTOR BLOCKING PEPTIDE 提交 1998-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN 链 W 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.270
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 39–135（97 aa）链 D 39–135（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 39–135（97 aa）链 J 39–135（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 O 39–135（97 aa）链 P 39–135（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 U 39–135（97 aa）链 V 39–135（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2VGH HEPARIN-BINDING DOMAIN FROM VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 137–215（79 aa）片段：HEPARIN-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；300 K	分辨率未提供
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 链 D 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.93 Å R-free 0.272
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 链 B 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.93 Å R-free 0.272
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 链 F 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.93 Å R-free 0.272
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 链 H 34–135（102 aa）片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.93 Å R-free 0.272
3BDY Dual specific bH1 Fab in complex with VEGF 提交 2007-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 34–135（102 aa）片段：sequence database residues 27-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；For crystallization of the Fab/VEGF (8-109) complex, equal volumes of protein complex solution (10.6 mg/ml protein, 300 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 7.5) and crystallization buffer containing 0.15 D, L Malic Acid pH 7.0, 20% PEG3350 were mixed and equilibrated at 19 C. Prior to data collection the crystals were cryo-protected by transfer between drops containing 5%, 10% and 15% Glycerol in artificial mother liquor, followed by flash freeze in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.60 Å R-free 0.252
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 35–138（104 aa）片段：unp residues 7-110	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 35–138（104 aa）片段：unp residues 7-110	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 35–138（104 aa）片段：unp residues 7-110	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 35–138（104 aa）片段：unp residues 7-110	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3QTK The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A 提交 2011-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135 链 D 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135	未记录	ACT ACETATE ION × 2 TFA trifluoroacetic acid × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3QTK The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A 提交 2011-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135 链 C 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135	未记录	ACT ACETATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3QTK The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A 提交 2011-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135 链 F 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135	未记录	ACT ACETATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3S1B The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis 提交 2011-05-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 38–133（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1 M NaOAc, 0.02 M CaCl2, MPD 30.0% v/v, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.90 Å R-free 0.251
3V2A VEGFR-2/VEGF-A COMPLEX STRUCTURE 提交 2011-12-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–140（114 aa）片段：UNP residues 27-140	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.300
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 183–232（50 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain 链 B 183–232（50 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 183–232（50 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 183–232（50 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4GLN Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Protein Antagonist plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21/n 提交 2012-08-14	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 34–135（102 aa）链 F 34–135（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES, 50 mM NaCl at pH 8.4 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.60 Å R-free 0.264
4GLS Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Protein Antagonist plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21 提交 2012-08-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 34–135（102 aa）链 F 34–135（102 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES, 50 mM NaCl at pH 8.4 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
4KZN crystal structure of human VEGF-A receptor binding domain 提交 2013-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–135（97 aa）片段：receptor binding domain, UNP residues 39-135	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Li2SO4, PEG200, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.71 Å R-free 0.218
4QAF Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin) in complex with VEGF(8-109) 提交 2014-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135 链 D 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135	未记录	OMA 10-{(1R,2R)-2-[(2E)-hex-2-en-1-yl]cyclopropyl}decanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；293 K；1 M sodium chloride, 0.2 M lithium sulfate, 7.5% w/v dextran sulfate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
4WPB Vascular endothelial growth factor in complex with alpha/beta-VEGF-1 提交 2014-10-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 214–315（102 aa）链 B 214–315（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M magnesium formate dihydrate, 15% (w/v) PEG3350, 30% (v/v) glycerol	分辨率 3.11 Å R-free 0.298
4ZFF Dual-acting Fab 5A12 in complex with VEGF 提交 2015-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 217–315（99 aa）片段：UNP residues 217-315 链 D 217–315（99 aa）片段：UNP residues 217-315	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris pH 8.0, 2.0 M ammonium sulfate, 0.3 M NDSB-195	分辨率 2.75 Å R-free 0.238
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 205–232（28 aa）片段：VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 205–232（28 aa）片段：VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 205–232（28 aa）片段：VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5FV1 Crystal structure of hVEGF in complex with VK domain antibody 提交 2016-02-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 27–136（110 aa）片段：VEGF RESIDUES 27-136 链 W 27–136（110 aa）片段：VEGF RESIDUES 27-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；20% PEG3350, 0.1M BIS TRIS PROPANE PH 8.5, 0.2M NA CITRATE 4C	分辨率 2.70 Å R-free 0.261
5FV2 Crystal structure of hVEGF in complex with VH domain antibody 提交 2016-02-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 27–136（110 aa）片段：VEGF UNP RESIDUES 27-136 链 W 27–136（110 aa）片段：VEGF UNP RESIDUES 27-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1M TRIS PH 8.5, 7%PEG6000, 0.2M MGCL2 20C	分辨率 3.45 Å R-free 0.263
5FV2 Crystal structure of hVEGF in complex with VH domain antibody 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 27–136（110 aa）片段：VEGF UNP RESIDUES 27-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1M TRIS PH 8.5, 7%PEG6000, 0.2M MGCL2 20C	分辨率 3.45 Å R-free 0.263
5HHC Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21/n 提交 2016-01-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 214–315（102 aa）链 B 214–315（102 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES at pH 7.0 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 11% (v/v) PEG3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.307
5HHD Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21 提交 2016-01-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 214–315（102 aa）链 B 214–315（102 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES at pH 7.0 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 11% (v/v) PEG3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.282
5O4E Crystal structure of VEGF in complex with heterodimeric Fcab JanusCT6 提交 2017-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 39–134（96 aa）链 F 39–134（96 aa）	突变：E13M 突变：E13M	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 CAC CACODYLATE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M Sodium cacodylate, 40% (v/v) MPD, 5% (w/v) PEG 8000	分辨率 2.15 Å R-free 0.236
5T89 Crystal structure of VEGF-A in complex with VEGFR-1 domains D1-6 提交 2016-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 27–147（121 aa）链 W 27–147（121 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；10-14% PEG3000 200 mM calcium chloride 100 mM MES pH 6.5	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
6BFT Structure of Bevacizumab Fab mutant in complex with VEGF 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 216–315（100 aa）片段：UNP residues 214-315 链 G 216–315（100 aa）片段：UNP residues 214-315	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM MES, 6.0, 225 mM ammonium sulfate, 13% PEG4000, 10% isopropanol	分辨率 2.55 Å R-free 0.220
6D3O Crystal Structure of Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF8-109) with HH4, an alpha/beta-Peptide with Irregular Secondary Structure 提交 2018-04-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 34–135（102 aa）片段：residues 34-135 链 B 34–135（102 aa）片段：residues 34-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v PEG 10000	分辨率 3.10 Å R-free 0.279
6T9D Crystal structure of a bispecific DutaFab in complex with human VEGF121 提交 2019-10-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 CCC 27–147（121 aa）链 DDD 27–147（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；VEGFA-121 from Peprotech, catalogue number 100-20A, was mixed at a 1:1 molar ratio to VEGF monomer. The complex was concentrated to 11 mg/ml. Crystallization involved hanging drop vapour diffusion against 0.1 M MES pH 6.5 and 1.6 M magnesium sulphate. Crystals grew in about 120 days and were frozen in liquid nitrogen with 20 % glycerol as cryoprotectant.	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
6V7K Crystal Structure of Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF8-109) with one copy of HH4, an alpha/beta-Peptide with Irregular Secondary Structure 提交 2019-12-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 34–135（102 aa）链 B 34–135（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v PEG 10000	分辨率 2.50 Å R-free 0.278
6Z13 VEGF-A 13:107 crystallized with 3C bicyclic peptide 提交 2020-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 39–133（95 aa）链 W 39–133（95 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 ACY ACETIC ACID × 5 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；(VEGF)2:2 peptide_3C complex purified on SEC and concentrated at 9.8mg/ml in Tris/HCl 10mM pH 8.5. Mix of 1ul of complex with 1 ul of reservoir : NaOAc/HCl 100mM pH 4.6 / MPD 36% (v/v) / CaCl2 20mM	分辨率 1.80 Å R-free 0.247
6Z3F VEGF-A 13:107 crystallized with 2C bicyclic peptide 提交 2020-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 39–133（95 aa）链 W 39–133（95 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_3C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 17MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
6ZBR VEGF-A 13:107 crystallized with 4C bicyclic peptide 提交 2020-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 39–133（95 aa）链 W 39–133（95 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_4C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 17MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM	分辨率 1.60 Å R-free 0.241
6ZCD VEGF-A 13:107 crystallized with 1C bicyclic peptide 提交 2020-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 39–133（95 aa）链 W 39–133（95 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_1C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 13.5MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
6ZFL High resolution structure of VEGF-A 12:107 crystallized in tetragonal form 提交 2020-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 219–313（95 aa）链 W 219–313（95 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_2C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 17MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. (SEE ID 6Z3F) mix 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : TRIS/HCL 100MM PH 8.5 / MPD 42% (V/V) / (NH4)2PO4 200MM	分辨率 1.60 Å R-free 0.186
7LL8 D-Protein RFX-V1 Bound to the VEGFR1 Domain 2 Site on VEGF-A 提交 2021-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 214–315（102 aa）链 B 214–315（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.2 K；calcium chloride, Tris, PEG4000	分辨率 2.31 Å R-free 0.314
7LL9 D-Protein RFX-V2 Bound to the VEGFR1 Domain 3 Site on VEGF-A 提交 2021-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 214–315（102 aa）链 B 214–315（102 aa）链 E 214–315（102 aa）链 F 214–315（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.2 K；magnesium chloride, Bis-Tris, PEG3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.315
8UWZ The structure of Raamsizumab in complex with VEGF121 提交 2023-11-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 27–147（121 aa）链 F 27–147（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；298 K；0.2 M Sodium Phosphate mono basic, 30% PEG600	分辨率 3.50 Å R-free 0.298
9JU1 Helix-loop-helix peptide (VS42-LR3) in complex with VEGF-A 提交 2024-10-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 214–315（102 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.2M NaCl, 2.5M Ammonium Sulfate, 0.04% NaN3	分辨率 1.45 Å R-free 0.245
9KKU Helix-loop-helix peptide (M49) in complex with VEGF-A 提交 2024-11-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 214–315（102 aa）链 B 214–315（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.6；293 K；0.2M NH4-AcOH pH 5.6, 14% PEG 3350, 20% 2-Propanol, 0.2M CaCl2,, 0.4M NaCl, 0.04% NaN3	分辨率 1.46 Å R-free 0.250

共 50 个其他 PDB 条目、72 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VEGFA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–102； UniProt 34–135 作者链 W； PDB构建体 1–102； UniProt 34–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3s1k
沉积日期 deposition_date	2011-05-15
结构标题 title	The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis
关键词 keywords	VEGF, cystine knot, Z-domain, phage-display, cystine-knot, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.11 Å
零角强度 I(0) i0	20201500.00
分子量 molecular_weight	33525.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41536 Å³
包络体积 envelope_volume	51726 Å³
水化壳体积 shell_volume	18909 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.69 Å
包络 Rg envelope_rg	24.10 Å
形状 Rg shape_rg	24.16 Å
总 Rg total_rg	24.62 Å
总原子数 total_atoms	2342
残基数 n_residues	292
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7461
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.513
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.271
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2207000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.691; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.623; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Z-domain
分子量 formula_weight	6672.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2379

VDNKFNKEMHNAYAIEIALLPNLNDQQFHAFIWSLIDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vascular endothelial growth factor A
分子量 formula_weight	11948.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,W

GQNHHEVVKFMDVYQRSYCHPIETLVDIFQEYPDEIEYIFKPSCVPLMRCGGCCNDEGLECVPTEESNITMQIMRIKPHQGQHIGEMSFLQHNKCECRPKKD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3s1kw_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.1 — Platelet-derived growth factor-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3s1kA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	3s1kB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	3s1kV00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	3s1kW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	69.228 Å
晶胞边长 b length_b	72.760 Å
晶胞边长 c length_c	76.344 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	41.918 Å
R 因子 r_factor	0.2288
R_work r_work	0.2266
R_free r_free	0.2710

fit	/app/data/saxs_computation/s1/3s1k/3s1k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s1/3s1k/3s1k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s1/3s1k/3s1k.dat

The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vascular endothelial growth factor A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)