SAXSdb — 3si5

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 67–230	片段：UNP residues 67-220	Protein CASC5 × 1 （Q8NG31）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；15% PEG 6000, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 67–230	片段：UNP residues 67-220	Protein CASC5 × 1 （Q8NG31）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；15% PEG 6000, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3SI5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WVI Crystal Structure of the N-terminal Domain of BubR1 提交 2009-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 57–220（164 aa）片段：N-TERMINAL TPR DOMAIN, RESIDUES 57-220	未记录	PR PRASEODYMIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；22.5% (W/V) PEG 8000, 0.17 M TRIS PH 8.0, 0.01 M PRASEODYMIUM(III) ACETATE	分辨率 1.80 Å R-free 0.260
4GGD Structural analysis of human Cdc20 supports multisite degron recognition by APC/C. 提交 2012-08-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–42（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting-drop vapor diffusion；pH 9.3；293 K；50 mM CAPSO, 5% (w/v) PEG 6000, and 15.5 % MPD, pH 9.3, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.201
4GGD Structural analysis of human Cdc20 supports multisite degron recognition by APC/C. 提交 2012-08-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 20–42（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting-drop vapor diffusion；pH 9.3；293 K；50 mM CAPSO, 5% (w/v) PEG 6000, and 15.5 % MPD, pH 9.3, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.201
5JJA Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 661–734（74 aa）	突变：S670D, S676D, T680D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204
5JJA Crystal structure of a PP2A B56gamma/BubR1 complex 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 661–734（74 aa）	突变：S670D, S676D, T680D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.204
5KHU Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC15 deletion mutant), in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-CDC20-MCC) based on cryo EM data at 4.8 Angstrom resolution 提交 2016-06-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 Q 1–1050（1050 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
5LCW Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 4.2 angstrom resolution 提交 2016-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 S 1–310（310 aa）链 S 529–560（32 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6TLJ Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 3.8 angstrom resolution 提交 2019-12-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 S 1–1050（1050 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BUB1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–176； UniProt 67–230 作者链 B； PDB构建体 13–176； UniProt 67–230

Protein CASC5

Homo sapiens

UniProt Q8NG31

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 234–252	片段：UNP residues 234-252	Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta × 1 （O60566）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；15% PEG 6000, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 Y； UniProt 234–252	片段：UNP residues 234-252	Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta × 1 （O60566）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；15% PEG 6000, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3SI5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4A1G The crystal structure of the human Bub1 TPR domain in complex with the KI motif of Knl1 提交 2011-09-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 150–200（51 aa）片段：KI MOTIF, RESIDUES 150-200	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；1.25-1.3 M NA MALONATE, PH 6.0.	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
4A1G The crystal structure of the human Bub1 TPR domain in complex with the KI motif of Knl1 提交 2011-09-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 150–200（51 aa）片段：KI MOTIF, RESIDUES 150-200	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；1.25-1.3 M NA MALONATE, PH 6.0.	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
4A1G The crystal structure of the human Bub1 TPR domain in complex with the KI motif of Knl1 提交 2011-09-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 150–200（51 aa）片段：KI MOTIF, RESIDUES 150-200	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；1.25-1.3 M NA MALONATE, PH 6.0.	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
4A1G The crystal structure of the human Bub1 TPR domain in complex with the KI motif of Knl1 提交 2011-09-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 150–200（51 aa）片段：KI MOTIF, RESIDUES 150-200	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；1.25-1.3 M NA MALONATE, PH 6.0.	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
4NF9 Structure of the Knl1/Nsl1 complex 提交 2013-10-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2117–2337（221 aa）片段：Knl1 C-terminal domain, UNP residues 2117-2337	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；16-20 % (v/v) PEG 3350, 220 mM sodium citrate and 100 mM MES (pH 6 or 6.5) and 100 mM Hepes (pH 7), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
4NF9 Structure of the Knl1/Nsl1 complex 提交 2013-10-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2117–2337（221 aa）片段：Knl1 C-terminal domain, UNP residues 2117-2337	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；16-20 % (v/v) PEG 3350, 220 mM sodium citrate and 100 mM MES (pH 6 or 6.5) and 100 mM Hepes (pH 7), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
4NFA Structure of the C-terminal doamin of Knl1 提交 2013-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2117–2323（207 aa）片段：Knl1 C-terminal domain, UNP residues 2131-2337	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；120-300 KSCN, 100 mM BisTris Propane (pH 8.6-9.2), 17 % (v/v) PEG 3350 and 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
8PPR Structure of the human outer kinetochore KMN network complex 提交 2023-07-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 K 1–2342（2342 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8Q5H Human KMN network (outer kinetochore) 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 2021–2342（322 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASC5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 6–24； UniProt 234–252 作者链 Y； PDB构建体 6–24； UniProt 234–252

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3si5
沉积日期 deposition_date	2011-06-17
结构标题 title	Kinetochore-BUBR1 kinase complex
关键词 keywords	BUBR1-Blinkin complex, mitotic checkpoint, BUBR1, Blinkin/KNL1, chromosome segregation, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.30 Å
零角强度 I(0) i0	26740200.00
分子量 molecular_weight	38898.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48284 Å³
包络体积 envelope_volume	62482 Å³
水化壳体积 shell_volume	21552 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.92 Å
包络 Rg envelope_rg	25.29 Å
形状 Rg shape_rg	25.31 Å
总 Rg total_rg	25.96 Å
总原子数 total_atoms	2756
残基数 n_residues	332
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6080e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26740000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9073
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.325
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.541
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3634000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.941

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
分子量 formula_weight	20578.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3044

TGSTGSTGSTGSQQKRAFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYISWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPRFLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYLHNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQQKAEPLERLQSQHRQFQARVSRQTLLALEKEEEEEVFESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein CASC5
分子量 formula_weight	2657.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

GPLGSSSENKIDFNDFIKRLKTGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3si5A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 —

结构域编号 domain_id	3si5B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	124.398 Å
晶胞边长 b length_b	40.143 Å
晶胞边长 c length_c	75.391 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	38.200 Å
R 因子 r_factor	0.1963
R_work r_work	0.1934
R_free r_free	0.2467

fit	/app/data/saxs_computation/si/3si5/3si5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/si/3si5/3si5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/si/3si5/3si5.dat

Kinetochore-BUBR1 kinase complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein CASC5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)