3stz

KcsA potassium channel mutant Y82C with nitroxide spin label

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel

Streptomyces lividans

UniProt P0A334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 23–124 突变:Y82C antibody Fab fragment heavy chain × 4 antibody Fab fragment light chain × 4 MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 4 K POTASSIUM ION × 20 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;293 K;20-25% PEG400, 50mM magnesium acetate, 50mM sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.50 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCSA_STRLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–102; UniProt 23–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3stz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3stz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3stz
沉积日期 deposition_date2011-07-11
结构标题 titleKcsA potassium channel mutant Y82C with nitroxide spin label
关键词 keywordsTransmembrane protein, Ion channel, KcsA potassium channel, Inactivation, Spin-label, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.62
零角强度 I(0) i053312500.00
分子量 molecular_weight57866.0 kDa
排除体积 excluded_volume72535 ų
包络体积 envelope_volume93624 ų
水化壳体积 shell_volume28297 ų
包络直径 envelope_diameter129.4
壳层 Rg shell_rg33.90
包络 Rg envelope_rg31.95
形状 Rg shape_rg30.58
总 Rg total_rg31.07
总原子数 total_atoms4070
残基数 n_residues533
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.7
Rg (实空间) rg_real27.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.20
I(0) (实空间) i0_real5.0390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6850
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.6
偏度 Skewness skewness0.371
峰度 Kurtosis kurtosis-0.450
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.4180
最高正则化参数 α highest_alpha5428000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.984; Stabil: 0.988; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3stza1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd3stza2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3stza3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3stzb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd3stzb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd3stzc_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3stzA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3stzA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3stzB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3stzB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3stzC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)