3t1k

HSP90 N-terminal domain bound to ANP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-alpha

Homo sapiens

UniProt P07900

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 9–236 片段:UNP RESIDUES 9-236 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.50 Å R-free 0.189
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 9–236 片段:UNP RESIDUES 9-236 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.50 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 438 个其他 PDB 条目、529 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HS90A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–228; UniProt 9–236 作者链 B; PDB构建体 1–228; UniProt 9–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3t1k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3t1k
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3t1k
沉积日期 deposition_date2011-07-22
结构标题 titleHSP90 N-terminal domain bound to ANP
关键词 keywordschaperone, ATPase; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.77
零角强度 I(0) i040858400.00
分子量 molecular_weight48929.0 kDa
排除体积 excluded_volume61040 ų
包络体积 envelope_volume75692 ų
水化壳体积 shell_volume24770 ų
包络直径 envelope_diameter86.2
壳层 Rg shell_rg32.71
包络 Rg envelope_rg25.47
形状 Rg shape_rg25.79
总 Rg total_rg26.51
总原子数 total_atoms3435
残基数 n_residues427
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.5
Rg (实空间) rg_real26.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real4.0860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40860000.0000
解质量估计 total_estimate0.9056
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.1
偏度 Skewness skewness0.308
峰度 Kurtosis kurtosis-0.603
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6755000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.965

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3t1ka_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamilyd.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family familyd.122.1.1 — Heat shock protein 90, HSP90, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3t1kb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamilyd.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family familyd.122.1.1 — Heat shock protein 90, HSP90, N-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3t1kA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3t1kB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)