9xz1

KRAS(G12C)-RNK07311-HSP90(N-terminus)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-alpha

Homo sapiens

UniProt P07900

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 123–358 未记录 GTPase KRas × 1 (P01116) BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1CRY (5M)-4-{4-[(4-{4-[2-({7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-4-[(3S)-3-(cyanomethyl)-4-propanoylpiperazin-1-yl]-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-2-yl}oxy)ethyl]piperazine-1-carbonyl}piperidin-1-yl)methyl]phenyl}-5-[2,4-dihydroxy-5-(propan-2-yl)phenyl]-4H-1,2,4-triazole-3-carboxamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293.15 K;KRAS(G/C)-RNK07311-HSP90a complex was crystallized by sitting drop with vapor diffusion against 0.05M CaCl2, 0.1M Bis-Tris pH6.5, 30% PEGMME550 (drop size: 200 nl protein + 180nl reservoir + 20nl lysozyme seed). 分辨率 1.96 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 438 个其他 PDB 条目、530 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HS90A_HUMAN
Isoform P07900-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–236; UniProt 123–358

GTPase KRas

Homo sapiens

UniProt P01116

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–169 未记录 Heat shock protein HSP 90-alpha × 1 (P07900) BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1CRY (5M)-4-{4-[(4-{4-[2-({7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-4-[(3S)-3-(cyanomethyl)-4-propanoylpiperazin-1-yl]-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-2-yl}oxy)ethyl]piperazine-1-carbonyl}piperidin-1-yl)methyl]phenyl}-5-[2,4-dihydroxy-5-(propan-2-yl)phenyl]-4H-1,2,4-triazole-3-carboxamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293.15 K;KRAS(G/C)-RNK07311-HSP90a complex was crystallized by sitting drop with vapor diffusion against 0.05M CaCl2, 0.1M Bis-Tris pH6.5, 30% PEGMME550 (drop size: 200 nl protein + 180nl reservoir + 20nl lysozyme seed). 分辨率 1.96 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 445 个其他 PDB 条目、804 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASK_HUMAN
Isoform P01116-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–170; UniProt 1–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xz1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xz1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xz1
沉积日期 deposition_date2025-08-26
最后修订 last_revision2025-10-15
结构标题 titleKRAS(G12C)-RNK07311-HSP90(N-terminus)
关键词 keywordsKRAS HSP90 Heterobifunctional Inhibitor, CHAPERONE, CHAPERONE-ONCOPROTEIN complex; CHAPERONE/ONCOPROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.38
零角强度 I(0) i065970100.00
分子量 molecular_weight42100.0 kDa
排除体积 excluded_volume40527 ų
包络体积 envelope_volume68928 ų
水化壳体积 shell_volume24932 ų
包络直径 envelope_diameter96.8
壳层 Rg shell_rg29.84
包络 Rg envelope_rg23.98
形状 Rg shape_rg23.36
总 Rg total_rg23.99
总原子数 total_atoms3180
残基数 n_residues386
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.9
Rg (实空间) rg_real24.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real6.5970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal65970000.0000
解质量估计 total_estimate0.6020
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.0
偏度 Skewness skewness0.482
峰度 Kurtosis kurtosis-0.030
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9628000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.582; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.793; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)