SAXSdb — 3up1

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-7 receptor subunit alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–239 链 B； UniProt 21–239	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 4 NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；292 K；1.26M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.15 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3UP1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3DI2 Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with unglycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain 提交 2008-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–239（219 aa）片段：UNP residues 21 to 239 (ligand binding ectodomain)	突变：I118V	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；292 K；20% w/v PEG 8000, 0.1M MES, 0.2 M calcium acetate, pH 6.0, sitting drop, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
3DI2 Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with unglycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain 提交 2008-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 21–239（219 aa）片段：UNP residues 21 to 239 (ligand binding ectodomain)	突变：I118V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；292 K；20% w/v PEG 8000, 0.1M MES, 0.2 M calcium acetate, pH 6.0, sitting drop, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
3DI3 Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with glycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain 提交 2008-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–239（219 aa）片段：UNP residues 21 to 239 (ligand binding ectodomain)	突变：I118V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；292 K；18% w/v PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.267
6P50 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha Fab 4A10 提交 2019-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 21–239（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；25% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.330
6P67 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha 2B8 Fab 提交 2019-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 21–239（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；17% PEG 3350, 10% MPD, 0.2 lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
6P67 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha 2B8 Fab 提交 2019-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 21–239（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；17% PEG 3350, 10% MPD, 0.2 lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
6P67 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha 2B8 Fab 提交 2019-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 21–239（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；17% PEG 3350, 10% MPD, 0.2 lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
6P67 Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha 2B8 Fab 提交 2019-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 21–239（219 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；17% PEG 3350, 10% MPD, 0.2 lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 20% glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.266
7OPB IL7R in complex with an antagonist 提交 2021-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–231（196 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0,1 M Phosphate/Citrate, 25% v/v PEG Smear Low Cryoprotected with 25% PEG-400	分辨率 2.14 Å R-free 0.211
7OPB IL7R in complex with an antagonist 提交 2021-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–231（196 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0,1 M Phosphate/Citrate, 25% v/v PEG Smear Low Cryoprotected with 25% PEG-400	分辨率 2.14 Å R-free 0.211
7OPB IL7R in complex with an antagonist 提交 2021-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 36–231（196 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0,1 M Phosphate/Citrate, 25% v/v PEG Smear Low Cryoprotected with 25% PEG-400	分辨率 2.14 Å R-free 0.211
9XEA Structure of the transmembrane domain dimer of human IL-7R V253G mutant 提交 2025-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 236–266（31 aa）链 B 236–266（31 aa）	突变：V253G 突变：V253G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；306 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-85% 2H] The transmembrane domain of the IL-7R-V253G dimer, 60 mM POPC, 150 mM DHPC, 25 mM MES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Transmembrane domain of the IL-7R V253G mutant, 60 mM deuterated Deuterated POPC, 150 mM deuterated Deuterated DHPC, 25 mM MES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-15N; U-2H] Transmembrane domain of the IL-7R V253G mutant, 0.4 mM [U-13C] Transmembrane domain of the IL-7R V253G mutant, 60 mM deuterated Deuterated POPC, 150 mM deuterated Deuterated DHPC, 25 mM MES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL7RA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–223； UniProt 21–239 作者链 B； PDB构建体 5–223； UniProt 21–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3up1
沉积日期 deposition_date	2011-11-17
结构标题 title	Crystal structure of the unliganded human interleukin-7 receptor extracellular domain
关键词 keywords	cytokine receptor, fibronectin type 3 fold, membrane and soluble, glycosylation, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.98 Å
零角强度 I(0) i0	36802100.00
分子量 molecular_weight	47915.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60306 Å³
包络体积 envelope_volume	77222 Å³
水化壳体积 shell_volume	24422 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.3 Å
壳层 Rg shell_rg	32.74 Å
包络 Rg envelope_rg	29.39 Å
形状 Rg shape_rg	29.03 Å
总 Rg total_rg	29.25 Å
总原子数 total_atoms	3366
残基数 n_residues	397
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8218
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.522
峰度 Kurtosis kurtosis	0.045
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5036000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.667; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.720; Smooth: 0.959

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-7 receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	25691.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3517

GSHMESGYAQNGDLEDAELDDYSFSCYSQLEVNGSQHSLTCAFEDPDVNTTNLEFEICGALVEVKCLNFRKLQEIYFIETKKFLLIGKSNICVKVGEKSLTCKKIDLTTIVKPEAPFDLSVVYREGANDFVVTFNTSHLQKKYVKVLMHDVAYRQEKDENKWTHVNLSSTKLTLLQRKLQPAAMYEIKVRSIPDHYFKGFWSEWSPSYYFRTPEINNSSGEMD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	135

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3up1A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1870 —

结构域编号 domain_id	3up1A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3up1B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1870 —

结构域编号 domain_id	3up1B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	81.424 Å
晶胞边长 b length_b	101.259 Å
晶胞边长 c length_c	151.994 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	14.930 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2570

fit	/app/data/saxs_computation/up/3up1/3up1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/up/3up1/3up1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/up/3up1/3up1.dat

Crystal structure of the unliganded human interleukin-7 receptor extracellular domain