3uxp

Co-crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator I260Q: Enzyme-DNA-ddTTP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–335	突变：I260Q	;DNA 5'-D(PAPTPGPTPGPAPG)-3' ; × 1 ;DNA 5'-D(PAPCPTPCPAPCPAPTPA)-3' ; × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；Peg3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.72 Å R-free 0.292
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–335	突变：I260Q	;DNA 5'-D(PAPTPGPTPGPAPG)-3' ; × 1 ;DNA 5'-D(PAPCPTPCPAPCPAPTPA)-3' ; × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；Peg3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.72 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3UXP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BNO NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K	分辨率未提供
1BNP NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA, 55 STRUCTURES 提交 1996-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K	分辨率未提供
1BPB CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BPD CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–334（334 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å
1BPE CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA; EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–334（334 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1DK2 REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA 提交 1999-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）400 mM NACL；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NACL；压力 AMBIENT NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成 2 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 100MM NACL NMR样品组成 4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 400MM NACL NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成 1.4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87); 5MM TRIS-D11; 400MM NACL	分辨率未提供
1DK3 REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA 提交 1999-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）400；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成 2 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 100MM NACL NMR样品组成 4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 400MM NACL NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成 1.4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87); 5MM TRIS-D11; 400MM NACL	分辨率未提供
1HUO CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE BETA COMPLEXED WITH DNA AND CR-TMPPCP 提交 2001-01-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–335（335 aa）	未记录	CR CHROMIUM ION × 1 TTE PHOSPHOMETHYL PHOSPHONIC ACID DEOXYTHYMIDYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1HUO CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE BETA COMPLEXED WITH DNA AND CR-TMPPCP 提交 2001-01-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–335（335 aa）	未记录	CR CHROMIUM ION × 1 TTE PHOSPHOMETHYL PHOSPHONIC ACID DEOXYTHYMIDYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1HUZ CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH DNA AND CR-PCP 提交 2001-01-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–335（335 aa）	未记录	CR CHROMIUM ION × 1 MDN METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.286
1HUZ CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH DNA AND CR-PCP 提交 2001-01-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–335（335 aa）	未记录	CR CHROMIUM ION × 1 MDN METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.286
1JN3 FIDELITY PROPERTIES AND STRUCTURE OF M282L MUTATOR MUTANT OF DNA POLYMERASE: SUBTLE STRUCTURAL CHANGES INFLUENCE THE MECHANISM OF NUCLEOTIDE DISCRIMINATION 提交 2001-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 84–334（251 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 85 - 335	突变：M282L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；16% PEG 3350, 5mM ammonium sulfate, 150mM sodium acetate, 50mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.256
1NOM DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (5 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 1 MONTH: PEG 1500, 15% HEPES, 75 MILLIMOLAR, PH 7.5 NACL, 50 MILLIMOLAR DTT, 0.1 MILLIMOLAR MNCL2, 5 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE., pH 6.5	分辨率 3.00 Å
1RPL 2.3 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA 提交 1994-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 84–334（251 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1ZQU DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF ARTIFICIAL MOTHER LIQUOR 提交 1996-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% IMIDAZOLE, 100 MILLIMOLAR, PH 6.5 SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.60 Å
1ZQV DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (150 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% IMIDAZOLE, 100 MILLIMOLAR, PH 6.5 CACL2, 150 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.70 Å
1ZQW DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF CSCL (150 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% IMIDAZOLE, 100 MILLIMOLAR, PH 6.5 CSCL, 150 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.30 Å
1ZQX DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (150 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 KCL, 150 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.50 Å
1ZQY DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MGCL2 (50 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 MGCL2, 50 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.30 Å
1ZQZ DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (50 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 MNCL2, 50 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.	分辨率 2.70 Å
2BPC CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–334（248 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
2BPF STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP 提交 1994-05-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–334（334 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.90 Å
2BPG STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP 提交 1994-05-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–334（334 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 3.60 Å
2BPG STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP 提交 1994-05-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–334（334 aa）	未记录	DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 3.60 Å
2VAN Nucleotidyl Transfer Mechanism of Mismatched dNTP Incorporation by DNA Polymerase b by Structural and Kinetic Analyses 提交 2007-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–334（245 aa）片段：31K DOMAIN, RESIDUES 90-334	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3K75 X-ray crystal structure of reduced XRCC1 bound to DNA pol beta catalytic domain 提交 2009-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 91–335（245 aa）片段：UNP residues 91 to 335	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M Tri-potassium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.295
3K75 X-ray crystal structure of reduced XRCC1 bound to DNA pol beta catalytic domain 提交 2009-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 91–335（245 aa）片段：UNP residues 91 to 335	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M Tri-potassium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.295
3LQC X-ray crystal structure of oxidized XRCC1 bound to DNA pol beta Palm thumb domain 提交 2010-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 142–335（194 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M TRI-POTASSIUM CITRATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.250
3UXN Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta, Wild Type Apoenzyme 提交 2011-12-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–335（335 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.50 Å R-free 0.317
3UXN Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta, Wild Type Apoenzyme 提交 2011-12-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–335（335 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.50 Å R-free 0.317
3UXO Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta Mutator I260Q Apoenzyme 提交 2011-12-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–335（335 aa）	突变：I260Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.318
3UXO Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta Mutator I260Q Apoenzyme 提交 2011-12-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–335（335 aa）	突变：I260Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.318
3V72 Crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator E295K: Enzyme-dsDNA 提交 2011-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–335（335 aa）	突变：E295K	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 296K	分辨率 2.49 Å R-free 0.291
3V7J Co-crystal structure of Wild Type Rat polymerase beta: Enzyme-DNA binary complex 提交 2011-12-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 4–335（332 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
3V7K Co-crystal structure of K72E variant of rat polymerase beta: Enzyme-DNA binary complex 提交 2011-12-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 4–335（332 aa）	突变：K72E	NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.27 Å R-free 0.277
3V7L Apo Structure of Rat DNA polymerase beta K72E variant 提交 2011-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–335（332 aa）	突变：K72E	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.66 Å R-free 0.335

共 30 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLB_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335 作者链 B； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3uxp
沉积日期 deposition_date	2011-12-05
结构标题 title	Co-crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator I260Q: Enzyme-DNA-ddTTP
关键词 keywords	pol beta, repair polymerase, BER, TRANSFERASE, LYASE-DNA complex; TRANSFERASE, LYASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.03 Å
零角强度 I(0) i0	133753000.00
分子量 molecular_weight	85101.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103510 Å³
包络体积 envelope_volume	142100 Å³
水化壳体积 shell_volume	37123 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.25 Å
包络 Rg envelope_rg	33.05 Å
形状 Rg shape_rg	33.00 Å
总 Rg total_rg	33.51 Å
总原子数 total_atoms	5935
残基数 n_residues	684
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	133700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8606
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.472
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.689

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase beta
分子量 formula_weight	38403.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7, 4.2.99.-
突变 mutation	I260Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6010

MSKRKAPQETLNGGITDMLVELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVTGIGPSAARKLVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFEDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKLDPEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPNFTSESSKQPKLLHRVVEQLQKVRFITDTLSKGETKFMGVCQLPSENDENEYPHRRIDIRLQPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRPLGVTGVAGEPLPVDSEQDIFDYIQWRYREPKDRSE

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA 5'-D(PAPTPGPTPGPAP*G)-3' ;
分子量 formula_weight	2177.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P,D

ATGTGAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA 5'-D(PAPCPTPCPAPCPAPTP*A)-3' ;
分子量 formula_weight	2683.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T,E

ACTCACATA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	466.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3uxpA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	3uxpA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3uxpA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3uxpA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

结构域编号 domain_id	3uxpB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	3uxpB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3uxpB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3uxpB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.321 Å
晶胞边长 b length_b	56.607 Å
晶胞边长 c length_c	93.144 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.723 Å
最低分辨率 resolution_low	27.195 Å
R 因子 r_factor	0.2248
R_work r_work	0.2182
R_free r_free	0.2920

fit	/app/data/saxs_computation/ux/3uxp/3uxp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ux/3uxp/3uxp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ux/3uxp/3uxp.dat

Co-crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator I260Q: Enzyme-DNA-ddTTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)