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3v2a

VEGFR-2/VEGF-A COMPLEX STRUCTURE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vascular endothelial growth factor receptor 2

Homo sapiens

UniProt P35968

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 R； UniProt 1–764 片段：UNP residues 1-764 Vascular endothelial growth factor A × 2 （P15692） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.20 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3V2A Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1VR2 HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 2 (KDR) KINASE DOMAIN 提交 1998-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–939（134 aa） 片段：KINASE DOMAIN
链 A 990–1171（182 aa） 片段：KINASE DOMAIN
突变：E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 2.40 Å
1Y6A Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 2-anilino-5-aryl-oxazole inhibitor 提交 2004-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa）
未记录 AAZ N-[5-(ETHYLSULFONYL)-2-METHOXYPHENYL]-5-[3-(2-PYRIDINYL)PHENYL]-1,3-OXAZOL-2-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.217
1Y6B Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 2-anilino-5-aryl-oxazole inhibitor 提交 2004-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa）
未记录 AAX N-(CYCLOPROPYLMETHYL)-4-(METHYLOXY)-3-({5-[3-(3-PYRIDINYL)PHENYL]-1,3-OXAZOL-2-YL}AMINO)BENZENESULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1YWN Vegfr2 in complex with a novel 4-amino-furo[2,3-d]pyrimidine 提交 2005-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa） 片段：Kinase Domain
突变：E990V, Deletion of residues 940-989 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） LIF N-{4-[4-AMINO-6-(4-METHOXYPHENYL)FURO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL]PHENYL}-N'-[2-FLUORO-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]UREA × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.71 Å R-free 0.230
2M59 Spatial structure of dimeric VEGFR2 membrane domain in DPC micelles 提交 2013-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 759–795（37 aa） 片段：UNP residues 759-795
链 B 759–795（37 aa） 片段：UNP residues 759-795
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM VEGFR2tm, 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VEGFR2tm, 48 mM [U-100% 2H] DPC, 20 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 3 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MET NMR spatial structure of the trimeric mutant TM domain of VEGFR2 receptor. 提交 2013-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 759–795（37 aa） 片段：UNP residues 759-795
链 B 759–795（37 aa） 片段：UNP residues 759-795
链 C 759–795（37 aa） 片段：UNP residues 759-795
突变：V11E 突变：V11E 突变：V11E 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 0.6mM VEGFR-2tm769-1, 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VEGFR-2tm769-2, 120mM [U-100% 2H] DPC-3, 20mM [U-99% 2H] sodium acetate-4, 3mM sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MEU NMR spatial structure of mutant dimeric TM domain of VEGFR2 receptor 提交 2013-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 759–795（37 aa） 片段：UNP residues 759-795
链 B 759–795（37 aa） 片段：UNP residues 759-795
突变：G12E, F19E 突变：G12E, F19E 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 0.6mM v2e_707-1, 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] v2e_707-2, 120mM [U-100% 2H] DPC-3, 20mM [U-99% 2H] sodium acetate-4, 3mM sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2OH4 Crystal structure of Vegfr2 with a benzimidazole-urea inhibitor 提交 2007-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–940（135 aa） 片段：kinase domain
链 A 992–1171（180 aa） 片段：kinase domain
突变：E990V, Deletion of residues 940-989 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E990V, Deletion of residues 940-989 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 GIG METHYL (5-{4-[({[2-FLUORO-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL)CARBAMATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.231
2P2H Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridinyl-triazine inhibitor 提交 2007-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：kinase domain
链 A 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain
突变：C817A, V916T, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 994 4-(2-anilinopyridin-3-yl)-N-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1,3,5-triazin-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.229
2P2I Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a nicotinamide inhibitor 提交 2007-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：kinase domain
链 A 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain
突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 608 N-(4-phenoxyphenyl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]nicotinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.266
2P2I Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a nicotinamide inhibitor 提交 2007-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 815–939（125 aa） 片段：kinase domain
链 B 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain
突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, E990V, (delete 940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 608 N-(4-phenoxyphenyl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]nicotinamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.266
2QU5 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzimidazole inhibitor 提交 2007-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：kinase domain
链 A 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 276 4-[[2-[[4-chloro-3-(trifluoromethyl)phenyl]amino]-3H-benzimidazol-5-yl]oxy]-N-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；PEG 4000, lithum sulfate, Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.95 Å R-free 0.251
2QU6 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzoxazole inhibitor 提交 2007-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：kinase domain
链 A 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 857 4-({2-[(4-chloro-3-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}phenyl)amino]-1,3-benzoxazol-5-yl}oxy)-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
2QU6 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzoxazole inhibitor 提交 2007-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 815–939（125 aa） 片段：kinase domain
链 B 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 857 4-({2-[(4-chloro-3-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}phenyl)amino]-1,3-benzoxazol-5-yl}oxy)-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.272
2RL5 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a 2,3-dihydro-1,4-benzoxazine inhibitor 提交 2007-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：protein kinase domain, residues 940-989 deleted
链 A 990–1171（182 aa） 片段：protein kinase domain, residues 940-989 deleted
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2RL N-(4-CHLOROPHENYL)-7-[(6,7-DIMETHOXYQUINOLIN-4-YL)OXY]-2,3-DIHYDRO-1,4-BENZOXAZINE-4-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；PEG 4000, lithium sulfate, Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.65 Å R-free 0.233
2X1W Crystal Structure of VEGF-C in Complex with Domains 2 and 3 of VEGFR2 提交 2010-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 120–326（207 aa） 片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326
链 N 120–326（207 aa） 片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326
未记录 CS CESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.2；100 MM MES BUFFER, PH 5.0-5.6, 50 MM CSCL AND 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600.
分辨率 2.70 Å R-free 0.280
2X1W Crystal Structure of VEGF-C in Complex with Domains 2 and 3 of VEGFR2 提交 2010-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 120–326（207 aa） 片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326
链 O 120–326（207 aa） 片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326
未记录 CS CESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.2；100 MM MES BUFFER, PH 5.0-5.6, 50 MM CSCL AND 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600.
分辨率 2.70 Å R-free 0.280
2X1X CRYSTAL STRUCTURE OF VEGF-C IN COMPLEX WITH DOMAINS 2 AND 3 OF VEGFR2 IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 2010-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 120–326（207 aa） 片段：IG-LIKE DOMAINS 2 AND 3, RESIDUES 120-326
未记录 HG MERCURY (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；100 MM NA-ACETATE BUFFER, PH 4.4-4.8, 50 MM CSCL, 28-32 % (W/V) JEFFAMINE 600
分辨率 3.10 Å R-free 0.334
2XIR Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with PF- 00337210 (N,2-dimethyl-6-(7-(2-morpholinoethoxy)quinolin-4-yloxy) benzofuran-3-carboxamide) 提交 2010-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–939（134 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-939,990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-939,990-1171
突变：YES 突变：YES 00J N,2-DIMETHYL-6-{[7-(2-MORPHOLIN-4-YLETHOXY)QUINOLIN-4-YL]OXY}-1-BENZOFURAN-3-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；286 K；PROTEIN PRODUCTION, PROTEIN PURIFICATION, AND COCRYSTALLIZATION WERE PERFORMED AS PREVIOUSLY DESCRIBED (PUBLISHED INTERNATIONAL PATENT APPLICATION WO 2004/092217 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 13 DEGREES C. 2 MICROLITERS OF A 7.7 MG/ML PROTEIN SOLUTION (IN 50 MM HEPES 7.5, 30 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, AND 5% DMSO) WAS MIXED WITH 2 MICROLITERS OF CRYSTALLIZATION SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 20% PEG 6K AND 5% MPD) AND SUSPENDED OVER 1 ML OF CRYSTALLIZATION SOLUTION PLUS 5 MICROLITERS BME.
分辨率 1.50 Å R-free 0.238
3B8Q Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 900 N-(4-chlorophenyl)-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.75 Å R-free 0.276
3B8Q Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 815–939（125 aa） 片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171
链 B 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 900 N-(4-chlorophenyl)-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.75 Å R-free 0.276
3B8R Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 887 N-cyclopropyl-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.259
3B8R Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a naphthamide inhibitor 提交 2007-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 815–939（125 aa） 片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171
链 B 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain; UNP residues 815-939, 990-1171
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 887 N-cyclopropyl-6-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]naphthalene-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.259
3BE2 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzamide inhibitor 提交 2007-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：kinase domain, residues 815-939 and 990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain, residues 815-939 and 990-1171
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RAJ N-{3-[3-(DIMETHYLAMINO)PROPYL]-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL}-4-METHYL-3-[(3-PYRIMIDIN-4-YLPYRIDIN-2-YL)AMINO]BENZAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 1.75 Å R-free 0.226
3C7Q Structure of VEGFR2 kinase domain in complex with BIBF1120 提交 2008-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa） 片段：kinase domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 5 XIN methyl (3Z)-3-{[(4-{methyl[(4-methylpiperazin-1-yl)acetyl]amino}phenyl)amino](phenyl)methylidene}-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indole-6-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；0.1M HEPES, 2.1M Ammonium Sulphate, 3% PEG MME 550, 10mM Beta-Mercaptoethanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3CJF Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 3,4,5-trimethoxy aniline containing pyrimidine 提交 2008-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–939（134 aa） 片段：kinase domain; residues 806-939 and 994-1168
链 A 994–1168（175 aa） 片段：kinase domain; residues 806-939 and 994-1168
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 4 SAV N~4~-(3-methyl-1H-indazol-6-yl)-N~2~-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pyrimidine-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.15 Å R-free 0.258
3CJG Crystal structure of VEGFR2 in complex with a 3,4,5-trimethoxy aniline containing pyrimidine 提交 2008-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–939（134 aa） 片段：Kinase domain; residues 806-939 and 994-1168
链 A 994–1168（175 aa） 片段：Kinase domain; residues 806-939 and 994-1168
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 KIM N~4~-methyl-N~4~-(3-methyl-1H-indazol-6-yl)-N~2~-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pyrimidine-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.25 Å R-free 0.253
3CP9 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
链 A 990–1171（182 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） C19 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-1-(3,3-dimethylindolin-6-yl)-4-methylpyridin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3CP9 Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 815–939（125 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
链 B 990–1171（182 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V, delete(940-989) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） C19 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-1-(3,3-dimethylindolin-6-yl)-4-methylpyridin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3CPB Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a bisamide inhibitor 提交 2008-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
链 A 990–1171（182 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） C92 N'-(6-aminopyridin-3-yl)-N-(2-cyclopentylethyl)-4-methyl-benzene-1,3-dicarboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
3CPB Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a bisamide inhibitor 提交 2008-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 815–939（125 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
链 B 990–1171（182 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） C92 N'-(6-aminopyridin-3-yl)-N-(2-cyclopentylethyl)-4-methyl-benzene-1,3-dicarboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
3CPC Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
链 A 990–1171（182 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） C52 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-4-methyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyridin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.272
3CPC Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor 提交 2008-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 815–939（125 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
链 B 990–1171（182 aa） 片段：PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） C52 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-4-methyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyridin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.272
3DTW Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzisoxazole inhibitor 提交 2008-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：UNP residues 815-939, 990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：UNP residues 815-939, 990-1171
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A96 6-chloro-N-pyrimidin-5-yl-3-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]amino}-1,2-benzisoxazole-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, HEPES, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3DTW Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a benzisoxazole inhibitor 提交 2008-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 815–939（125 aa） 片段：UNP residues 815-939, 990-1171
链 B 990–1171（182 aa） 片段：UNP residues 815-939, 990-1171
突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, V916T, E990V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A96 6-chloro-N-pyrimidin-5-yl-3-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]amino}-1,2-benzisoxazole-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, sodium chloride, ammonium sulfate, isopropanol, HEPES, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3EFL Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with motesanib 提交 2008-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171
突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 706 N-(3,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
3EFL Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with motesanib 提交 2008-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 815–939（125 aa） 片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171
链 B 990–1171（182 aa） 片段：kinase domain, Unp residues 815-939, 990- 1171
突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C817A, E990V, 940-989 deletion 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 706 N-(3,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-indol-6-yl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
3EWH Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridyl-pyrimidine benzimidazole inhibitor 提交 2008-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–939（125 aa） 片段：UNP residues 815-939, 990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：UNP residues 815-939, 990-1171
突变：C817A, V916T, E990V 突变：C817A, V916T, E990V K11 N-[4-({3-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl}oxy)naphthalen-1-yl]-6-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazol-2-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.234
3KVQ Crystal structure of VEGFR2 extracellular domain D7 提交 2009-11-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 657–764（108 aa） 片段：Extracellular Domain 7
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；Succinic Acid 0.2M, pH7 PEG3350 18%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.296
3S35 Structural basis for the function of two anti-VEGF receptor antibodies 提交 2011-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 220–338（119 aa） 片段：domain 3 of VEGF receptor 2, UNP residues 220-338
未记录 CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；100 mM CdCl2, 100 mM Na acetate, pH 4.6, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.259
3S36 Structural basis for the function of two anti-VEGF receptor antibodies 提交 2011-05-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 220–338（119 aa） 片段：domain 3 of VEGF receptor 2, UNP residues 220-338
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M imidazole, pH 6.5; 0.1 M CaCl2, 40% PEG 1500, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.332
3S37 Structural basis for the function of two anti-VEGF receptor antibodies 提交 2011-05-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 220–338（119 aa） 片段：domain 3 of VEGF receptor 2, UNP residues 220-338
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M imidazole, pH 6.5, 0.1 M CaCl2, 40% PEG 1500, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.315
3U6J Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyrazolone inhibitor 提交 2011-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 815–1171（357 aa） 片段：unp residues 815-1171
突变：V916T, E990V 03X N-{4-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]-3-fluorophenyl}-1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；17% PEG 5000 monomethyl ether, 75 mM ammonium sulfate, 25 mM sodium chloride, 100 mM HEPES, 8% isopropanol, 40 mM beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.15 Å R-free 0.230
3V6B VEGFR-2/VEGF-E complex structure 提交 2011-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 132–548（417 aa） 片段：VEGFR-2, UNP residues 132-548
突变：Ig-domains 2-3 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M HEPES (pH 6.5), 0.8 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.21 Å R-free 0.276
3VHE Crystal structure of human VEGFR2 kinase domain with a novel pyrrolopyrimidine inhibitor. 提交 2011-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 811–1169（359 aa） 片段：KINASE DOMAIN (UNP RESIDUES 811-1169)
未记录 42Q 1-{2-fluoro-4-[(5-methyl-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-yl)oxy]phenyl}-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.3M tri-sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.55 Å R-free 0.209
3VHK Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a back pocket binder 提交 2011-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa） 片段：UNP RESIDUES 806-1171
未记录 BPK {3-[(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)methoxy]phenyl}methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM HEPES, 880-1440mM tri-sodium citrate, pH 7.0-8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 2.49 Å R-free 0.262
3VID Crystal structure of human VEGFR2 kinase domain with Compound A. 提交 2011-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 813–1168（356 aa） 片段：KINASE DOMAIN (UNP RESIDUES 813-1168)
未记录 4TT 4,5,6,11-tetrahydro-1H-pyrazolo[4',3':6,7]cyclohepta[1,2-b]indole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1.3M TRI-SODIUM CITRATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.281
3VNT Crystal Structure of the Kinase domain of Human VEGFR2 with a [1,3]thiazolo[5,4-b]pyridine derivative 提交 2012-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa） 片段：UNP residues 806-1171
突变：truncated residues 940-989 0JA 2-chloro-3-(1-cyanocyclopropyl)-N-[5-({2-[(cyclopropylcarbonyl)amino][1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-5-yl}oxy)-2-fluorophenyl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM HEPES, 880-1440mM tri-sodium citrate, pH 7.0-8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 1.64 Å R-free 0.192
3VO3 Crystal Structure of the Kinase domain of Human VEGFR2 with imidazo[1,2-b]pyridazine derivative 提交 2012-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa） 片段：UNP residues 806-1171
突变：truncated residues 940-989 0KF N-[3-({2-[(cyclopropylcarbonyl)amino]imidazo[1,2-b]pyridazin-6-yl}oxy)phenyl]-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M trisHCl pH 8.5, 1.2M tri-sodium citrate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 1.52 Å R-free 0.182
3WZD KDR in complex with ligand lenvatinib 提交 2014-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 814–1172（359 aa） 片段：kinase domain (UNP RESIDUES 814-940, 991-1172)
突变：T940V LEV 4-{3-chloro-4-[(cyclopropylcarbamoyl)amino]phenoxy}-7-methoxyquinoline-6-carboxamide × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；277 K；0.1M CHES,5-20% PEG 8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 1.57 Å R-free 0.212
3WZE KDR in complex with ligand sorafenib 提交 2014-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 814–1172（359 aa） 片段：kinase domain (UNP RESIDUES 814-940, 991-1172)
突变：T940V BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；10-25% PEG 3350, Na3Citrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.224
4AG8 CRYSTAL STRUCTURE OF THE VEGFR2 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH AXITINIB (AG-013736) (N-Methyl-2-(3-((E)-2-pyridin-2-yl-vinyl)-1H- indazol-6-ylsulfanyl)-benzamide) 提交 2012-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–939（134 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-940,990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 806-940,990-1171
突变：YES 突变：YES AXI AXITINIB × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；CRYSTALS WERE GROWN AT 4 OR 13 C BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION BY MIXING 2 MICORLITERS OF PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX SOLUTION WITH 2 MICROLITERS OF MOTHER LIQUOR (100 MM HEPES (PH 7.5), 200 MM AMMONIUM SULFATE, 5% (V/V) MPD, AND 15-20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (MW = 6000)). BEFORE SEALING THE COVERSLIPS ABOVE THE RESERVOIRS, BETA-MERCAPTOETHANOL WAS ADDED TO THE RESERVOIRS TO A FINAL CONCENTRATION OF 60 MM. THIS PROCEDURE PRODUCED MICROCRYSTALS THAT WERE SUBSEQUENTLY USED TO SEED MORE CRYSTALLIZATION DROPS AFTER 12-18 HOURS OF EQUILIBRATION.
分辨率 1.95 Å R-free 0.241
4AGC CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH AXITINIB (AG-013736) (N-Methyl-2-(3-((E)-2-pyridin-2-yl- vinyl)-1H-indazol-6-ylsulfanyl)-benzamide) 提交 2012-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 787–939（153 aa） 片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171
突变：YES 突变：YES AXI AXITINIB × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；286 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 13 DEGREES C BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING: 0.2M SODIUM CITRATE (PH 6.0 -6.5) AND 14-21% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL MW = 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
4AGD CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH SUNITINIB (SU11248) (N-2-diethylaminoethyl)-5-((Z)-(5- fluoro-2-oxo-1H-indol-3-ylidene)methyl)-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3- carboxamide) 提交 2012-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 787–939（153 aa） 片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939,990-1171
突变：YES 突变：YES B49 N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 13 DEGREES C BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING: 0.222 M SODIUM CITRATE (PH 6.3) AND 17% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350
分辨率 2.81 Å R-free 0.307
4ASD Crystal Structure of VEGFR2 (Juxtamembrane and Kinase Domains) in Complex with SORAFENIB (BAY 43-9006) 提交 2012-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 787–939（153 aa） 片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939 AND RESIDUES 990-1171
链 A 990–1171（182 aa） 片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-939 AND RESIDUES 990-1171
突变：YES 突变：YES BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 13 DEGREES C USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING APPROXIMATELY: 0.2M SODIUM CITRATE AND 14-21% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350., pH 6.2
分辨率 2.03 Å R-free 0.230
4ASE CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR2 (JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS) IN COMPLEX WITH TIVOZANIB (AV-951) 提交 2012-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 787–1171（385 aa） 片段：JUXTAMEMBRANE AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 787-1171
突变：YES AV9 TIVOZANIB × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 13 DEGREES C BY THE USING PRECIPITANT SOLUTIONS CONTAINING APPROXIMATELY: 0.2M SODIUM CITRATE AND 14-21% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350., pH 6.2
分辨率 1.83 Å R-free 0.231
5EW3 Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor 2 (KDR) Kinase Domain in complex with AAL993 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa） 片段：kinase domain, residues 806-1171
突变：E990V 5T2 2-(pyridin-4-ylmethylamino)-~{N}-[3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.1M MES pH6.5, 8% w/v PEG 8000, 0.02M LITHIUM ACETATE
分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5EW3 Human Vascular Endothelial Growth Factor Receptor 2 (KDR) Kinase Domain in complex with AAL993 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 806–1171（366 aa） 片段：kinase domain, residues 806-1171
突变：E990V 5T2 2-(pyridin-4-ylmethylamino)-~{N}-[3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.1M MES pH6.5, 8% w/v PEG 8000, 0.02M LITHIUM ACETATE
分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5OYJ Crystal structure of VEGFR-2 domains 4-5 in complex with DARPin D4b 提交 2017-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 326–549（224 aa）
链 D 326–549（224 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；0.2 M calcium acetate monohydrate, 15% PEG 4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.4, cryoprotected with 15% trehalose
分辨率 2.38 Å R-free 0.229
6GQO Crystal structure of human KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 18) 提交 2018-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–939（134 aa）
链 A 991–1171（181 aa）
未记录 F82 2-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxy-2-methoxy-phenyl]-~{N}-(1-propan-2-ylpyrazol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；8 % PEG 8000, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 1.87 Å R-free 0.207
6GQP Crystal structure of human KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 23) 提交 2018-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa）
未记录 F88 ~{N}-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxyphenyl]-2-(1-ethylpyrazol-4-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；7 % PEG 8000, 0.1 M PCTP (sodium propionate, sodium cacodylate trihydrate, bis-tris propane) pH 7.8
分辨率 2.09 Å R-free 0.234
6GQQ Crystal structure of human KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with AZD3229-analogue (compound 35) 提交 2018-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–939（134 aa）
链 A 991–1171（181 aa）
未记录 F8B ~{N}-[4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)oxyphenyl]-2-(4-propan-2-yl-1,2,3-triazol-1-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；5 % PEG 8000, 0.1 M PCTP (sodium propionate, sodium cacodylate trihydrate, bis-tris propane) pH 7.2
分辨率 1.52 Å R-free 0.204
6XVJ Crystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with a type-II inhibitor 提交 2020-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa） 片段：protein kinase domain (807-1171 del[940-989])
突变：E990V O35 ~{N}-[3-[(dimethylamino)methyl]-5-methyl-phenyl]-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；25 % PEG550MME, 0.1 M NaCl, 0.1 M TRIS buffer pH 8.5
分辨率 1.78 Å R-free 0.215
6XVK Crystal structure of the KDR (VEGFR2) kinase domain in complex with a type-II inhibitor bearing an acrylamide 提交 2020-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 806–1171（366 aa） 片段：protein kinase domain (807-1171 del[940-989])
突变：E990V O3E ~{N}-(4,4-dimethyl-2-prop-1-ynyl-3,1-benzoxazin-6-yl)-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；11 % PEG8000, 0.1 M PCTP buffer pH 6.5
分辨率 1.99 Å R-free 0.244

共 53 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGFR2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R； PDB构建体 1–764； UniProt 1–764

Vascular endothelial growth factor A

Homo sapiens

UniProt P15692

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 27–140 片段：UNP residues 27-140 Vascular endothelial growth factor receptor 2 × 2 （P35968） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.20 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3V2A Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BJ1 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY 提交 1998-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 V 214–315（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 W 214–315（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.266
1CZ8 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH AN AFFINITY MATURED ANTIBODY 提交 1999-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 V 40–133（94 aa） 片段：RECEPTOR BINDING FRAGMENT
链 W 40–133（94 aa） 片段：RECEPTOR BINDING FRAGMENT
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, AMMONIUM SULFATE, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 38–135（98 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 W 38–135（98 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.261
1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 V 38–135（98 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 W 38–135（98 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.261
1KAT Solution Structure of a Phage-Derived Peptide Antagonist in Complex with Vascular Endothelial Growth Factor 提交 2001-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 37–135（99 aa） 片段：Receptor Binding Domain
链 W 37–135（99 aa） 片段：Receptor Binding Domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium chloride, 20 sodium phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 7；318 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium chloride, 20 sodium phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium chloride, 20 sodium phosphate；压力 1
NMR样品组成 0.6mM U-13C/15N labeled v107 + 0.45 mM unlabeled VEGF Dimer; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6mM U-13C/15N labeled v107 + 0.45 mM unlabeled VEGF Dimer; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide | 100% D2O
NMR样品组成 1.0mM U-13C/15N labeled VEGF dimer + 2.25 mM unlabeled v107; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0mM U-13C/15N labeled VEGF dimer + 2.25 mM unlabeled v107; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide | 100% D2O
NMR样品组成 0.6mM U-13C/15N labeled v107 + 0.45 mM unlabeled VEGF Dimer; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide, 15mg/ml pf1 phage | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0mM U-13C/15N labeled VEGF Dimer + 2.25 mM unlabeled v107; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide, 15mg/ml pf1 phage | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1KMX Heparin-binding Domain from Vascular Endothelial Growth Factor 提交 2001-12-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 137–191（55 aa） 片段：heparin-binding domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成 2.0 mM VEGF heparin-binding domain; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.0 mM VEGF heparin-binding domain U-15N; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.0 mM VEGF heparin-binding domain U-15N; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide | 99.9% D2O
NMR样品组成 0.6 mM VEGF heparin-binding domain U-15N; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride; 0.02% sodium azide | 4:1:0.2 ditridecanoyl-phosphatidylcholine/dihexanoyl-phosphatidylcholine/cetyltrimethylammonium bromide, 5% w/v total lipid in 90% H2O, 10% D2O
分辨率未提供
1MJV DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C51A and C60A) 提交 2002-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, Sequence Database
链 B 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, Sequence Database
突变：C51A,C60A 突变：C51A,C60A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；Na-Citrate, isopropanol, PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.248
1MKG DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C57A and C102A) 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 B 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Na-formate 2.0 M, Na-acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1MKG DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C57A and C102A) 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 D 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Na-formate 2.0 M, Na-acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1MKG DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C57A and C102A) 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 B 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 C 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 D 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Na-formate 2.0 M, Na-acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1MKK Disulfide deficient mutant of vascular endothelial growth factor A (C61A and C104A) 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 B 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
突变：C61A,C104A 突变：C61A,C104A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；isopropanol, PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.32 Å R-free 0.195
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 W 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 S 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 S 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 V 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 W 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1TZH Crystal Structure of the Fab YADS1 Complexed with h-VEGF 提交 2004-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 V 34–135（102 aa）
链 W 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；PEG 3350, ammonium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1TZI Crystal Structure of the Fab YADS2 Complexed with h-VEGF 提交 2004-07-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 V 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；292 K；LITHIUM CHLORIDE, PEG 6000, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
1VGH HEPARIN-BINDING DOMAIN FROM VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-12-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 161–215（55 aa） 片段：HEPARIN-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；300 K
分辨率未提供
1VPF STRUCTURE OF HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR 提交 1997-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 B 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.297
1VPF STRUCTURE OF HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR 提交 1997-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 D 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.297
1VPP COMPLEX BETWEEN VEGF AND A RECEPTOR BLOCKING PEPTIDE 提交 1998-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 W 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.270
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 39–135（97 aa）
链 D 39–135（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 39–135（97 aa）
链 J 39–135（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 O 39–135（97 aa）
链 P 39–135（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 U 39–135（97 aa）
链 V 39–135（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2VGH HEPARIN-BINDING DOMAIN FROM VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-12-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 137–215（79 aa） 片段：HEPARIN-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；300 K
分辨率未提供
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 D 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.93 Å R-free 0.272
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 B 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.93 Å R-free 0.272
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 F 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.93 Å R-free 0.272
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 H 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.93 Å R-free 0.272
3BDY Dual specific bH1 Fab in complex with VEGF 提交 2007-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 V 34–135（102 aa） 片段：sequence database residues 27-135
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；For crystallization of the Fab/VEGF (8-109) complex, equal volumes of protein complex solution (10.6 mg/ml protein, 300 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 7.5) and crystallization buffer containing 0.15 D, L Malic Acid pH 7.0, 20% PEG3350 were mixed and equilibrated at 19 C. Prior to data collection the crystals were cryo-protected by transfer between drops containing 5%, 10% and 15% Glycerol in artificial mother liquor, followed by flash freeze in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.60 Å R-free 0.252
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 35–138（104 aa） 片段：unp residues 7-110
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 35–138（104 aa） 片段：unp residues 7-110
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 35–138（104 aa） 片段：unp residues 7-110
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 35–138（104 aa） 片段：unp residues 7-110
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3QTK The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A 提交 2011-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
链 D 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
未记录 ACT ACETATE ION × 2 TFA trifluoroacetic acid × 4 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3QTK The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A 提交 2011-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
链 C 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
未记录 ACT ACETATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3QTK The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A 提交 2011-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
链 F 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
未记录 ACT ACETATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3S1B The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis 提交 2011-05-14 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 38–133（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1 M NaOAc, 0.02 M CaCl2, MPD 30.0% v/v, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K
分辨率 2.90 Å R-free 0.251
3S1K The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis 提交 2011-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 34–135（102 aa）
链 W 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.2 M KI, 0.1 M MES, PEG 4000 25.0% v/v, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K
分辨率 2.55 Å R-free 0.271
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 183–232（50 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
链 B 183–232（50 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 183–232（50 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 183–232（50 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4GLN Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Protein Antagonist plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21/n 提交 2012-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 34–135（102 aa）
链 F 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES, 50 mM NaCl at pH 8.4 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.60 Å R-free 0.264
4GLS Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Protein Antagonist plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21 提交 2012-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 34–135（102 aa）
链 F 34–135（102 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES, 50 mM NaCl at pH 8.4 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.60 Å R-free 0.231
4KZN crystal structure of human VEGF-A receptor binding domain 提交 2013-05-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 39–135（97 aa） 片段：receptor binding domain, UNP residues 39-135
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Li2SO4, PEG200, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.71 Å R-free 0.218
4QAF Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin) in complex with VEGF(8-109) 提交 2014-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
链 D 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
未记录 OMA 10-{(1R,2R)-2-[(2E)-hex-2-en-1-yl]cyclopropyl}decanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；293 K；1 M sodium chloride, 0.2 M lithium sulfate, 7.5% w/v dextran sulfate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.242
4WPB Vascular endothelial growth factor in complex with alpha/beta-VEGF-1 提交 2014-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M magnesium formate dihydrate, 15% (w/v) PEG3350, 30% (v/v) glycerol
分辨率 3.11 Å R-free 0.298
4ZFF Dual-acting Fab 5A12 in complex with VEGF 提交 2015-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 217–315（99 aa） 片段：UNP residues 217-315
链 D 217–315（99 aa） 片段：UNP residues 217-315
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris pH 8.0, 2.0 M ammonium sulfate, 0.3 M NDSB-195
分辨率 2.75 Å R-free 0.238
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 205–232（28 aa） 片段：VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 205–232（28 aa） 片段：VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 205–232（28 aa） 片段：VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232
未记录 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5FV1 Crystal structure of hVEGF in complex with VK domain antibody 提交 2016-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 27–136（110 aa） 片段：VEGF RESIDUES 27-136
链 W 27–136（110 aa） 片段：VEGF RESIDUES 27-136
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；20% PEG3350, 0.1M BIS TRIS PROPANE PH 8.5, 0.2M NA CITRATE 4C
分辨率 2.70 Å R-free 0.261
5FV2 Crystal structure of hVEGF in complex with VH domain antibody 提交 2016-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 27–136（110 aa） 片段：VEGF UNP RESIDUES 27-136
链 W 27–136（110 aa） 片段：VEGF UNP RESIDUES 27-136
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1M TRIS PH 8.5, 7%PEG6000, 0.2M MGCL2 20C
分辨率 3.45 Å R-free 0.263
5FV2 Crystal structure of hVEGF in complex with VH domain antibody 提交 2016-02-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 27–136（110 aa） 片段：VEGF UNP RESIDUES 27-136
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1M TRIS PH 8.5, 7%PEG6000, 0.2M MGCL2 20C
分辨率 3.45 Å R-free 0.263
5HHC Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21/n 提交 2016-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES at pH 7.0 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 11% (v/v) PEG3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.307
5HHD Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21 提交 2016-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES at pH 7.0 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 11% (v/v) PEG3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.282
5O4E Crystal structure of VEGF in complex with heterodimeric Fcab JanusCT6 提交 2017-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 39–134（96 aa）
链 F 39–134（96 aa）
突变：E13M 突变：E13M MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 CAC CACODYLATE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M Sodium cacodylate, 40% (v/v) MPD, 5% (w/v) PEG 8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.236
5T89 Crystal structure of VEGF-A in complex with VEGFR-1 domains D1-6 提交 2016-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 27–147（121 aa）
链 W 27–147（121 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；10-14% PEG3000 200 mM calcium chloride 100 mM MES pH 6.5
分辨率 4.00 Å R-free 0.315
6BFT Structure of Bevacizumab Fab mutant in complex with VEGF 提交 2017-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 216–315（100 aa） 片段：UNP residues 214-315
链 G 216–315（100 aa） 片段：UNP residues 214-315
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM MES, 6.0, 225 mM ammonium sulfate, 13% PEG4000, 10% isopropanol
分辨率 2.55 Å R-free 0.220
6D3O Crystal Structure of Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF8-109) with HH4, an alpha/beta-Peptide with Irregular Secondary Structure 提交 2018-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–135（102 aa） 片段：residues 34-135
链 B 34–135（102 aa） 片段：residues 34-135
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v PEG 10000
分辨率 3.10 Å R-free 0.279
6T9D Crystal structure of a bispecific DutaFab in complex with human VEGF121 提交 2019-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 CCC 27–147（121 aa）
链 DDD 27–147（121 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；VEGFA-121 from Peprotech, catalogue number 100-20A, was mixed at a 1:1 molar ratio to VEGF monomer. The complex was concentrated to 11 mg/ml. Crystallization involved hanging drop vapour diffusion against 0.1 M MES pH 6.5 and 1.6 M magnesium sulphate. Crystals grew in about 120 days and were frozen in liquid nitrogen with 20 % glycerol as cryoprotectant.
分辨率 2.90 Å R-free 0.280
6V7K Crystal Structure of Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF8-109) with one copy of HH4, an alpha/beta-Peptide with Irregular Secondary Structure 提交 2019-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–135（102 aa）
链 B 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v PEG 10000
分辨率 2.50 Å R-free 0.278
6Z13 VEGF-A 13:107 crystallized with 3C bicyclic peptide 提交 2020-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 V 39–133（95 aa）
链 W 39–133（95 aa）
未记录 NH2 AMINO GROUP × 1 ACY ACETIC ACID × 5 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；(VEGF)2:2 peptide_3C complex purified on SEC and concentrated at 9.8mg/ml in Tris/HCl 10mM pH 8.5. Mix of 1ul of complex with 1 ul of reservoir : NaOAc/HCl 100mM pH 4.6 / MPD 36% (v/v) / CaCl2 20mM
分辨率 1.80 Å R-free 0.247
6Z3F VEGF-A 13:107 crystallized with 2C bicyclic peptide 提交 2020-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 V 39–133（95 aa）
链 W 39–133（95 aa）
未记录 NH2 AMINO GROUP × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_3C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 17MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM
分辨率 2.10 Å R-free 0.265
6ZBR VEGF-A 13:107 crystallized with 4C bicyclic peptide 提交 2020-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 V 39–133（95 aa）
链 W 39–133（95 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_4C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 17MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM
分辨率 1.60 Å R-free 0.241
6ZCD VEGF-A 13:107 crystallized with 1C bicyclic peptide 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 V 39–133（95 aa）
链 W 39–133（95 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_1C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 13.5MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM
分辨率 1.80 Å R-free 0.242
6ZFL High resolution structure of VEGF-A 12:107 crystallized in tetragonal form 提交 2020-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 V 219–313（95 aa）
链 W 219–313（95 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_2C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 17MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. (SEE ID 6Z3F) mix 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : TRIS/HCL 100MM PH 8.5 / MPD 42% (V/V) / (NH4)2PO4 200MM
分辨率 1.60 Å R-free 0.186
7LL8 D-Protein RFX-V1 Bound to the VEGFR1 Domain 2 Site on VEGF-A 提交 2021-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.2 K；calcium chloride, Tris, PEG4000
分辨率 2.31 Å R-free 0.314
7LL9 D-Protein RFX-V2 Bound to the VEGFR1 Domain 3 Site on VEGF-A 提交 2021-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
链 E 214–315（102 aa）
链 F 214–315（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.2 K；magnesium chloride, Bis-Tris, PEG3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.315
8UWZ The structure of Raamsizumab in complex with VEGF121 提交 2023-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 27–147（121 aa）
链 F 27–147（121 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；298 K；0.2 M Sodium Phosphate mono basic, 30% PEG600
分辨率 3.50 Å R-free 0.298
9JU1 Helix-loop-helix peptide (VS42-LR3) in complex with VEGF-A 提交 2024-10-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.2M NaCl, 2.5M Ammonium Sulfate, 0.04% NaN3
分辨率 1.45 Å R-free 0.245
9KKU Helix-loop-helix peptide (M49) in complex with VEGF-A 提交 2024-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.6；293 K；0.2M NH4-AcOH pH 5.6, 14% PEG 3350, 20% 2-Propanol, 0.2M CaCl2,, 0.4M NaCl, 0.04% NaN3
分辨率 1.46 Å R-free 0.250

共 50 个其他 PDB 条目、72 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VEGFA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 14–127； UniProt 27–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3v2a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3v2a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3v2a
沉积日期 deposition_date2011-12-12
结构标题 titleVEGFR-2/VEGF-A COMPLEX STRUCTURE
关键词 keywordsIG-HOMOLOGY DOMAIN, VEGFR-2, GROWTH FACTOR RECEPTOR, VEGF LIGAND, HORMONE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX, ANGIOGENESIS, MEMBRANE, VEGF-A; HORMONE/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.77 Å
零角强度 I(0) i016109900.00
分子量 molecular_weight30167.0 kDa
排除体积 excluded_volume37582 ų
包络体积 envelope_volume50819 ų
水化壳体积 shell_volume18246 ų
包络直径 envelope_diameter97.1 Å
壳层 Rg shell_rg30.14 Å
包络 Rg envelope_rg26.29 Å
形状 Rg shape_rg25.82 Å
总 Rg total_rg26.18 Å
总原子数 total_atoms2114
残基数 n_residues280
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.7 Å
Rg (实空间) rg_real26.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16110000.0000
解质量估计 total_estimate0.8255
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary35.9 Å
偏度 Skewness skewness0.279
峰度 Kurtosis kurtosis-0.501
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1443000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.707; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.654; Smooth: 0.972
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3v2aA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id3v2aR01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3v2aR02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)