SAXSdb — 3v56

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 82–285 链 B； UniProt 82–285 链 C； UniProt 82–285	未记录	BR3 derived peptive × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.200
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 82–285 链 E； UniProt 82–285 链 F； UniProt 82–285	未记录	BR3 derived peptive × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3V56	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JH5 Crystal Structure of sTALL-1 of TNF family ligand 提交 2001-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 B 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 C 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 D 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 E 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 F 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 G 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 H 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 I 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 J 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；35% dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.252
1KD7 Crystal structure of an extracellular domain fragment of human BAFF 提交 2001-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment 链 B 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment 链 C 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetatesolution of 8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
1KD7 Crystal structure of an extracellular domain fragment of human BAFF 提交 2001-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment 链 L 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment 链 M 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetatesolution of 8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
1KXG The 2.0 Ang Resolution Structure of BLyS, B Lymphocyte Stimulator. 提交 2002-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285) 链 B 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285) 链 C 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 CIT CITRIC ACID × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；25% dioxane, 25 mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.209
1KXG The 2.0 Ang Resolution Structure of BLyS, B Lymphocyte Stimulator. 提交 2002-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285) 链 E 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285) 链 F 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CIT CITRIC ACID × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；25% dioxane, 25 mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.209
1OQD Crystal structure of sTALL-1 and BCMA 提交 2003-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：108-meric	链 A 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 B 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 C 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 D 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 E 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 F 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 G 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 H 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 I 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 J 142–285（144 aa）片段：extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1OQE Crystal structure of sTALL-1 with BAFF-R 提交 2003-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：108-meric	链 A 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 B 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 C 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 D 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 E 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 F 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 G 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 H 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 I 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 J 142–285（144 aa）片段：extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
1OSG Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold 提交 2003-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 82–285（204 aa）片段：TNF domain 链 B 82–285（204 aa）片段：TNF domain 链 C 82–285（204 aa）片段：TNF domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；292 K；20% PEG 3350, 1.0 M LiCl, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.00 Å R-free 0.286
1OSG Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold 提交 2003-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 82–285（204 aa）片段：TNF domain 链 E 82–285（204 aa）片段：TNF domain 链 F 82–285（204 aa）片段：TNF domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；292 K；20% PEG 3350, 1.0 M LiCl, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.00 Å R-free 0.286
4V46 Crystal structure of the BAFF-BAFF-R complex 提交 2003-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric	链 A0 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A1 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A2 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A3 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A4 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A5 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A6 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A7 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A8 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A9 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AA 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AB 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AC 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AD 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AE 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AF 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AG 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AH 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AI 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AJ 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AK 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AL 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AM 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AN 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AO 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AP 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AQ 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AR 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AS 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AT 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AU 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AV 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AW 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AX 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AY 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AZ 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Aa 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ab 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ac 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ad 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ae 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Af 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ag 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ah 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ai 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Aj 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ak 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Al 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Am 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 An 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ao 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ap 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Aq 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ar 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 As 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 At 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Au 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Av 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Aw 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ax 138–285（148 aa）片段：residues 138-285	未记录	MG MAGNESIUM ION × 40	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；sodium formate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.226
4ZCH Single-chain human APRIL-BAFF-BAFF Heterotrimer 提交 2015-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–285（146 aa）	未记录	144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；RESERVOIR SOLUTION : 14% PEG6000 , 1M LiCL , TRIS-HCL pH 8.50	分辨率 2.43 Å R-free 0.234
4ZCH Single-chain human APRIL-BAFF-BAFF Heterotrimer 提交 2015-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 140–285（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；RESERVOIR SOLUTION : 14% PEG6000 , 1M LiCL , TRIS-HCL pH 8.50	分辨率 2.43 Å R-free 0.234
5Y9J BAFF in complex with belimumab 提交 2017-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 134–285（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris(hydroxymethyl)aminomethane pH 8.5, 20% (w/v)polyethylene glycol 1,000	分辨率 2.05 Å R-free 0.217
6FXN Crystal structure of human BAFF in complex with Fab fragment of anti-BAFF antibody belimumab 提交 2018-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 134–285（152 aa）链 B 134–285（152 aa）链 C 134–285（152 aa）	突变：H218A 突变：H218A 突变：H218A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9% (w/v) PEG4000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
6FXN Crystal structure of human BAFF in complex with Fab fragment of anti-BAFF antibody belimumab 提交 2018-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 J 134–285（152 aa）链 K 134–285（152 aa）链 L 134–285（152 aa）	突变：H218A 突变：H218A 突变：H218A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9% (w/v) PEG4000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
8ZUJ Pentagonal cluster of BAFF-BAFFR ectodomain complex 提交 2024-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 D 134–285（152 aa）链 E 134–285（152 aa）链 F 134–285（152 aa）链 J 134–285（152 aa）链 K 134–285（152 aa）链 L 134–285（152 aa）链 P 134–285（152 aa）链 Q 134–285（152 aa）链 R 134–285（152 aa）链 V 134–285（152 aa）链 W 134–285（152 aa）链 X 134–285（152 aa）链 b 134–285（152 aa）链 c 134–285（152 aa）链 d 134–285（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TN13B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–208； UniProt 82–285 作者链 B； PDB构建体 5–208； UniProt 82–285 作者链 C； PDB构建体 5–208； UniProt 82–285 作者链 D； PDB构建体 5–208； UniProt 82–285 作者链 E； PDB构建体 5–208； UniProt 82–285 作者链 F； PDB构建体 5–208； UniProt 82–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3v56
沉积日期 deposition_date	2011-12-16
结构标题 title	Re-refinement of PDB entry 1OSG - Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold - reveals an additonal copy of the peptide.
关键词 keywords	JELLY-ROLL, BETA HAIRPIN, PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.82 Å
零角强度 I(0) i0	163726000.00
分子量 molecular_weight	105240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132520 Å³
包络体积 envelope_volume	161610 Å³
水化壳体积 shell_volume	40953 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.38 Å
包络 Rg envelope_rg	33.16 Å
形状 Rg shape_rg	32.82 Å
总 Rg total_rg	33.32 Å
总原子数 total_atoms	7416
残基数 n_residues	948
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.7 Å
Rg (实空间) rg_real	33.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	163700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8543
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.520
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.824

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
分子量 formula_weight	22746.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	7446

GSHMELQGHHAEKLPAGAGAPKAGLEEAPAVTAGLKIFEPPAPGEGNSSQNSRNKRAVQGPEETVTQDCLQLIADSETPTIQKGSYTFVPWLLSFKRGSALEEKENKILVKETGYFFIYGQVLYTDKTYAMGHLIQRKKVHVFGDELSLVTLFRCIQNMPETLPNNSCYSAGIAKLEEGDELQLAIPRENAQISLDGDVTFFGALKLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BR3 derived peptive
分子量 formula_weight	1593.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L,Z

XCHWDLLVRHWVCX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3v56a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d3v56b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d3v56c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d3v56d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d3v56e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d3v56f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3v56A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3v56B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3v56C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3v56D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3v56E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3v56F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	121.633 Å
晶胞边长 b length_b	121.633 Å
晶胞边长 c length_c	157.214 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	42

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.850 Å
R 因子 r_factor	0.1654
R_work r_work	0.1617
R_free r_free	0.1999

fit	/app/data/saxs_computation/v5/3v56/3v56.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v5/3v56/3v56.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v5/3v56/3v56.dat

Re-refinement of PDB entry 1OSG - Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold - reveals an additonal copy of the peptide.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)