3vh8

KIR3DL1 in complex with HLA-B*5701

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） peptide of Ig kappa chain C region × 1 （P01834） Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 × 1 （P43629） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） peptide of Ig kappa chain C region × 1 （P01834） Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 × 1 （P43629） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	1B57_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 25–299 作者链 D； PDB构建体 1–275； UniProt 25–299

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain × 1 （P18465） peptide of Ig kappa chain C region × 1 （P01834） Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 × 1 （P43629） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain × 1 （P18465） peptide of Ig kappa chain C region × 1 （P01834） Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 × 1 （P43629） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119

peptide of Ig kappa chain C region

物种未注明

UniProt P01834

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain × 1 （P18465） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 × 1 （P43629） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain × 1 （P18465） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 × 1 （P43629） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGKC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–9； UniProt 93–101 作者链 F； PDB构建体 1–9； UniProt 93–101

Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1

Homo sapiens

UniProt P43629

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain × 1 （P18465） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） peptide of Ig kappa chain C region × 1 （P01834） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain × 1 （P18465） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） peptide of Ig kappa chain C region × 1 （P01834） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KI3L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 18–316； UniProt 22–320 作者链 H； PDB构建体 18–316； UniProt 22–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3vh8
沉积日期 deposition_date	2011-08-24
结构标题 title	KIR3DL1 in complex with HLA-B*5701
关键词 keywords	immunoglobulin fold, natural killer cell receptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3vh8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3vh8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3vh8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.28 Å
Rg（电子密度）	30.66 Å
总 Rg	31.23 Å
原子数	5376
残基数	664
排除体积	94377 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3vh8__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3vh8__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
分子量 formula_weight	31639.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	12223

GSHSMRYFYTAMSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASPRMAPRAPWIEQEGPEYWDGETRNMKASAQTYRENLRIALRYYNQSEAGSHIIQVMYGCDVGPDGRLLRGHDQSAYDGKDYIALNEDLSSWTAADTAAQITQRKWEAARVAEQLRAYLEGLCVEWLRRYLENGKETLQRADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	peptide of Ig kappa chain C region
分子量 formula_weight	966.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

LSSPVTKSF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
分子量 formula_weight	34927.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

HHHHHHGSGSDDDDKGSHMGGQDKPFLSAWPSAVVPRGGHVTLRCHYRHRFNNFMLYKEDRIHIPIFHGRIFQESFNMSPVTTAHAGNYTCRGSHPHSPTGWSAPSNPVVIMVTGNHRKPSLLAHPGPLVKSGERVILQCWSDIMFEHFFLHKEGISKDPSRLVGQIHDGVSKANFSIGPMMLALAGTYRCYGSVTHTPYQLSAPSDPLDIVVTGPYEKPSLSAQPGPKVQAGESVTLSCSSRSSYDMYHLSREGGAHERRLPAVRKVNRTFQADFPLGPATHGGTYRCFGSFRHSPYEWSDPSDPLLVSVTGNPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1586

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3vh8b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3vh8e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3vh8A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3vh8A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3vh8B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3vh8D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3vh8D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3vh8E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3vh8G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3vh8G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3vh8G03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3vh8H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3vh8H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3vh8H03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	66.248 Å
晶胞边长 b length_b	66.374 Å
晶胞边长 c length_c	93.361 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	100.56 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	101.56 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	35.850 Å
R 因子 r_factor	0.2126
R_work r_work	0.2112
R_free r_free	0.2373

KIR3DL1 in complex with HLA-B*5701

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

peptide of Ig kappa chain C region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3vh8__assembly_1__model_1

3vh8__assembly_1__model_1 | I(q)

3vh8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)