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3vht

Crystal structure of GFP-Wrnip1 UBZ domain fusion protein in complex with ubiquitin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Green fluorescent protein,ATPase WRNIP1

Homo sapiens

UniProt Q96S55

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 9–46 片段：GFP,Wrnip1 UBZ domain (UNP RESIDUES 9-46) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Green fluorescent protein × 1 Ubiquitin × 1 （P62983） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M DL-Malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K 分辨率 2.40 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3VHT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3VHS Crystal structure of UBZ of human WRNIP1 提交 2011-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–40（24 aa） 片段：UBIQUITIN-BINDING ZINC FINGER DOMAIN (UNP RESIDUES 17-40)
链 B 17–40（24 aa） 片段：UBIQUITIN-BINDING ZINC FINGER DOMAIN (UNP RESIDUES 17-40)
未记录 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；28% PEG 400, 0.1M HEPES, 0.2M calcium chrolide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.262

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WRIP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 234–271； UniProt 9–46

Ubiquitin

物种未注明

UniProt P62983

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–76 未记录 Green fluorescent protein × 1 Green fluorescent protein,ATPase WRNIP1 × 1 （Q96S55） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M DL-Malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K 分辨率 2.40 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3VHT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5GVI Zebrafish USP30 in complex with Lys6-linked diubiquitin 提交 2016-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–72（72 aa）
突变：K6R ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；90 mM Tris-HCl, 180 mM ammonium acetate, 23% PEG3350, 10 mM TCEP
分辨率 1.87 Å R-free 0.206
5XIS Crystal structure of RNF168 UDM1 in complex with Lys63-linked diubiquitin, form I 提交 2017-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
突变：K63R XYZ beta-D-xylofuranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2
分辨率 1.78 Å R-free 0.245
5XIS Crystal structure of RNF168 UDM1 in complex with Lys63-linked diubiquitin, form I 提交 2017-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
突变：K63R XYZ beta-D-xylofuranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM MgCl2
分辨率 1.78 Å R-free 0.245
5XIT Crystal structure of RNF168 UDM1 in complex with Lys63-linked diubiquitin, form II 提交 2017-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：K63R GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG MME 2000, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 10 mM Pr acetate
分辨率 2.25 Å R-free 0.239
5XIT Crystal structure of RNF168 UDM1 in complex with Lys63-linked diubiquitin, form II 提交 2017-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
突变：K63R GOL GLYCEROL × 1 PR PRASEODYMIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG MME 2000, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 10 mM Pr acetate
分辨率 2.25 Å R-free 0.239
5XIU Crystal structure of RNF168 UDM2 in complex with Lys63-linked diubiquitin 提交 2017-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；25% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl (pH8.5), 0.2 M Ammonium Acetate
分辨率 1.80 Å R-free 0.207
7E62 Mouse TAB2 NZF in complex with Lys6-linked diubiquitin 提交 2021-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–77（77 aa）
突变：K6R 突变：A77D EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 1.44 M sodium citrate
分辨率 1.99 Å R-free 0.264
7E62 Mouse TAB2 NZF in complex with Lys6-linked diubiquitin 提交 2021-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–76（76 aa）
链 I 1–77（77 aa）
突变：K6R 突变：A77D ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 1.44 M sodium citrate
分辨率 1.99 Å R-free 0.264
7LS1 80S ribosome from mouse bound to eEF2 (Class II) 提交 2021-02-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric
链 U3 1–156（156 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 second blotting, force 3
分辨率 3.30 Å
7LS2 80S ribosome from mouse bound to eEF2 (Class I) 提交 2021-02-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric
链 U3 1–156（156 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 second blotting, force 3
分辨率 3.10 Å
9QOH Mouse Ribosome POST translocation state 提交 2025-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric
链 U3 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 122 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
9QQL Mouse RPS15 P131 Mutant Ribosome POST translocation state 提交 2025-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric
链 U3 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 122 UNK UNKNOWN × 22 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
9QZP Mouse Ribosome Classical Pre translocation state 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：85-meric
链 U3 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 118 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS27A_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3vht

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3vht
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3vht
沉积日期 deposition_date2011-09-06
结构标题 titleCrystal structure of GFP-Wrnip1 UBZ domain fusion protein in complex with ubiquitin
关键词 keywordsGREEN FLUORESCENT PROTEIN, FUSION PROTEIN, ZINC FINGER, UBIQUITIN-BINDING DOMAIN, FLUORESCENT PROTEIN-PROTEIN BINDING complex; FLUORESCENT PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.20 Å
零角强度 I(0) i066789400.00
分子量 molecular_weight63861.0 kDa
排除体积 excluded_volume79845 ų
包络体积 envelope_volume96941 ų
水化壳体积 shell_volume31128 ų
包络直径 envelope_diameter97.8 Å
壳层 Rg shell_rg33.07 Å
包络 Rg envelope_rg26.52 Å
形状 Rg shape_rg26.16 Å
总 Rg total_rg27.05 Å
总原子数 total_atoms4498
残基数 n_residues563
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.8 Å
Rg (实空间) rg_real27.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real6.6790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal66790000.0000
解质量估计 total_estimate0.8512
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.5 Å
偏度 Skewness skewness0.448
峰度 Kurtosis kurtosis-0.071
角度范围 angular_range— – 0.2950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19470000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.744; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.918
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3vhta1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.22.1 — GFP-like
家族 Family familyd.22.1.1 — Fluorescent proteins
结构域编号 domain_idd3vhta2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3vhtc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3vhtA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Green fluorescent protein
结构域编号 domain_id3vhtB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology155 — Green Fluorescent Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Green fluorescent protein
结构域编号 domain_id3vhtB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Classic Zinc Finger
结构域编号 domain_id3vhtC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)