3wth

Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-Binding Protein Q55R Mutant Complexed with Imidacloprid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

Lymnaea stagnalis

UniProt P58154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–229 链 B; UniProt 21–229 链 C; UniProt 21–229 链 D; UniProt 21–229 链 E; UniProt 21–229 片段:UNP residues 21-229 突变:Q55R IM4 (2E)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]-N-nitroimidazolidin-2-imine × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 5.7;293 K;0.2M Na citrate pH 5.7, 15-22% PEG3350, 0.5mM imidacloprid, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 2.54 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHP_LYMST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–214; UniProt 21–229 作者链 B; PDB构建体 6–214; UniProt 21–229 作者链 C; PDB构建体 6–214; UniProt 21–229 作者链 D; PDB构建体 6–214; UniProt 21–229 作者链 E; PDB构建体 6–214; UniProt 21–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3wth

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3wth
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3wth
沉积日期 deposition_date2014-04-11
结构标题 titleCrystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-Binding Protein Q55R Mutant Complexed with Imidacloprid
关键词 keywordsneonicotinoids, nicotinic acetylcholine receptor, imidacloprid, acetylcholine binding, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.03
零角强度 I(0) i0242134000.00
分子量 molecular_weight118990.0 kDa
排除体积 excluded_volume146970 ų
包络体积 envelope_volume189970 ų
水化壳体积 shell_volume49658 ų
包络直径 envelope_diameter96.7
壳层 Rg shell_rg39.56
包络 Rg envelope_rg29.48
形状 Rg shape_rg30.02
总 Rg total_rg30.90
总原子数 total_atoms8379
残基数 n_residues1041
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.8
Rg (实空间) rg_real31.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real2.4210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.66
I(0) (倒空间) i0_reciprocal242200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9038
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.4
偏度 Skewness skewness-0.097
峰度 Kurtosis kurtosis-0.609
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha71370000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.956

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd3wtha1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
结构域编号 domain_idd3wtha2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3wthb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
结构域编号 domain_idd3wthb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3wthc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
结构域编号 domain_idd3wthc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3wthd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
结构域编号 domain_idd3wthd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3wthe1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
结构域编号 domain_idd3wthe2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3wthA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id3wthB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id3wthC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id3wthD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id3wthE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)