3wtn

Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine Binding Protein Complexed with Desnitro-imidacloprid

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

Lymnaea stagnalis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 5 CADMIUM ION × 35 SODIUM ION × 2 water × 5	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 6 water × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 5 CADMIUM ION × 19 water × 5	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 8 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 7 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 7 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 7 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 6 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 4 water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine × 1 CADMIUM ION × 5 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACHP_LYMST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229 作者链 B； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229 作者链 C； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229 作者链 D； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229 作者链 E； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229 作者链 F； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229 作者链 G； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229 作者链 H； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229 作者链 I； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229 作者链 J； PDB构建体 6–214； UniProt 21–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3wtn
沉积日期 deposition_date	2014-04-11
结构标题 title	Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine Binding Protein Complexed with Desnitro-imidacloprid
关键词 keywords	neonicotinoids, nicotinic acetylcholine receptor, imidacloprid, acetylcholine binding, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3wtn__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3wtn__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3wtn__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.99 Å
Rg（电子密度）	29.98 Å
总 Rg	31.16 Å
原子数	8349
残基数	1040
排除体积	147130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3wtn__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3wtn__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3wtn__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3wtn__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3wtn__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3wtn__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3wtn__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3wtn__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3wtn__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`3wtn__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`3wtn__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`3wtn__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acetylcholine-binding protein
分子量 formula_weight	24221.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	18230

EAEAADRADILYNIRQTSRPDVIPTQRDRPVAVSVSLKFINILEVNEITNEVDVVFWQQTTWSDRTLAWDSSHSPDQVSVPISSLWVPDLAAYNAISKPEVLTPQLARVVSDGEVLYMPSIRQRFSCDVSGVDTESGATCRIKIGSWTHHSREISVDPTTENSDDSEYFSQYSRFEILDVTQKKNSVTYSCCPEAYEDVEVSLNFRKKGRSEIL

来源 Source

来源生物 organism	Lymnaea stagnalis
通用名 common_name	Great pond snail
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6523
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2Z)-1-[(6-chloropyridin-3-yl)methyl]imidazolidin-2-imine
分子量 formula_weight	210.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	54

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1336

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d3wtna1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtna2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wtnb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtnb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wtnc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtnc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wtnd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtnd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wtne1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtne2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wtnf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtnf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wtng1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtng2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wtnh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtnh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wtni1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtni2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3wtnj1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3wtnj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	3wtnA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	3wtnB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	3wtnC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	3wtnD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	3wtnE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	3wtnF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	3wtnG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	3wtnH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	3wtnI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	3wtnJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

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晶胞边长 a length_a	77.006 Å
晶胞边长 b length_b	118.401 Å
晶胞边长 c length_c	243.591 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	47.840 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2620

Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine Binding Protein Complexed with Desnitro-imidacloprid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wtn__assembly_2__model_1

3wtn__assembly_2__model_1 | I(q)

3wtn__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine Binding Protein Complexed with Desnitro-imidacloprid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3wtn__assembly_2__model_1

3wtn__assembly_2__model_1 | I(q)

3wtn__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)