3zo0

Mouse IgG2a in complex with mouse TRIM21 PRYSPRY

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IG GAMMA-2A CHAIN C REGION, A ALLELE

物种未注明

UniProt P01863

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 120–327 片段:FC, RESIDUES 120-327 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE TRIM21 × 2 (Q62191) ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.99 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCAA_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–208; UniProt 120–327

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE TRIM21

MUS MUSCULUS

UniProt Q62191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 291–470 片段:RESIDUES 291-470 IG GAMMA-2A CHAIN C REGION, A ALLELE × 2 (P01863) ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.99 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 112 个其他 PDB 条目、112 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RO52_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–182; UniProt 291–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3zo0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3zo0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3zo0
沉积日期 deposition_date2013-02-19
结构标题 titleMouse IgG2a in complex with mouse TRIM21 PRYSPRY
关键词 keywordsIMMUNE SYSTEM-LIGASE COMPLEX; IMMUNE SYSTEM/LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.79
零角强度 I(0) i035695400.00
分子量 molecular_weight45701.0 kDa
排除体积 excluded_volume57044 ų
包络体积 envelope_volume69983 ų
水化壳体积 shell_volume24602 ų
包络直径 envelope_diameter88.2
壳层 Rg shell_rg30.51
包络 Rg envelope_rg24.96
形状 Rg shape_rg24.77
总 Rg total_rg25.54
总原子数 total_atoms3216
残基数 n_residues388
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.5
Rg (实空间) rg_real25.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real3.5700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal35700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8868
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.9
偏度 Skewness skewness0.362
峰度 Kurtosis kurtosis-0.346
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6691000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.977

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3zo0a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3zo0a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3zo0b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.22 — SPRY domain
结构域编号 domain_idd3zo0b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3zo0A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3zo0A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3zo0B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily920 — SPRY domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)