4bdt

Human acetylcholinesterase in complex with huprine W and fasciculin 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 99.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLCHOLINESTERASE

HOMO SAPIENS

UniProt P22303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–614 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 HUW HUPRINE W × 2 CL CHLORIDE ION × 20 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.4;0.1 M HEPES BUFFER PH 7.4, 1.3 M AMMONIUM SULFATE 分辨率 3.10 Å R-free 0.219
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 6 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–614 未记录 FASCICULIN-2 × 6 (P0C1Z0) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 HUW HUPRINE W × 6 CL CHLORIDE ION × 60 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.4;0.1 M HEPES BUFFER PH 7.4, 1.3 M AMMONIUM SULFATE 分辨率 3.10 Å R-free 0.219
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–614 未记录 FASCICULIN-2 × 1 (P0C1Z0) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 HUW HUPRINE W × 1 CL CHLORIDE ION × 10 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.4;0.1 M HEPES BUFFER PH 7.4, 1.3 M AMMONIUM SULFATE 分辨率 3.10 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 77 个其他 PDB 条目、82 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–583; UniProt 32–614

FASCICULIN-2

物种未注明

UniProt P0C1Z0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 6 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–61 未记录 ACETYLCHOLINESTERASE × 6 (P22303) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 HUW HUPRINE W × 6 CL CHLORIDE ION × 60 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.4;0.1 M HEPES BUFFER PH 7.4, 1.3 M AMMONIUM SULFATE 分辨率 3.10 Å R-free 0.219
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–61 未记录 ACETYLCHOLINESTERASE × 1 (P22303) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 HUW HUPRINE W × 1 CL CHLORIDE ION × 10 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.4;0.1 M HEPES BUFFER PH 7.4, 1.3 M AMMONIUM SULFATE 分辨率 3.10 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TXFA2_DENAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–61; UniProt 1–61

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4bdt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4bdt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4bdt
沉积日期 deposition_date2012-10-06
结构标题 titleHuman acetylcholinesterase in complex with huprine W and fasciculin 2
关键词 keywordsHYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX, BUTYRYLCHOLINESTERASE, NERVE TRANSMISSION, INHIBITION, ALPHA-BETA HYDROLASE; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.17
零角强度 I(0) i081709500.00
分子量 molecular_weight70194.0 kDa
排除体积 excluded_volume87346 ų
包络体积 envelope_volume104230 ų
水化壳体积 shell_volume33840 ų
包络直径 envelope_diameter104.0
壳层 Rg shell_rg33.01
包络 Rg envelope_rg25.98
形状 Rg shape_rg25.13
总 Rg total_rg26.06
总原子数 total_atoms4938
残基数 n_residues624
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.2
Rg (实空间) rg_real26.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76
I(0) (实空间) i0_real8.1710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal81710000.0000
解质量估计 total_estimate0.8123
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.1
偏度 Skewness skewness0.375
峰度 Kurtosis kurtosis0.177
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16570000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.536; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4bdtb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.1 — Snake venom toxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4bdtA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id4bdtB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)