SAXSdb — 4bsp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

R-SPONDIN-1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–146	片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146	HO HOLMIUM ATOM × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4BSP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BSO Crystal structure of R-spondin 1 (Fu1Fu2) - Native 提交 2013-06-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–146（116 aa）片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
4BSR Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in P22121 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 31–146（116 aa）片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146 链 D 31–146（116 aa）片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.258
4BSS Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in P21 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 31–146（116 aa）片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146 链 D 31–146（116 aa）片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.290
4BSS Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in P21 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 31–146（116 aa）片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146 链 H 31–146（116 aa）片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.290
4BST Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in P6122 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 31–146（116 aa）片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146 链 D 31–146（116 aa）片段：FU1FU2, RESIDUES 31-146	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.30 Å R-free 0.268
4BSU Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in C2 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 31–146（116 aa）链 H 31–146（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
4BSU Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in C2 crystal form 提交 2013-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 31–146（116 aa）链 D 31–146（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 31–145（115 aa）片段：FURIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 31-145	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 31–145（115 aa）片段：FURIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 31-145	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 31–145（115 aa）片段：FURIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 31-145	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 31–145（115 aa）片段：FURIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 31-145	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4KNG Crystal structure of human LGR5-RSPO1-RNF43 提交 2013-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 35–144（110 aa）片段：furin repeats 链 P 35–144（110 aa）片段：furin repeats	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10% PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 7% Sucrose and 0.1 M TRIS pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
4KT1 Complex of R-spondin 1 with LGR4 extracellular domain 提交 2013-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 39–128（90 aa）片段：UNP residues 39-128	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；PEG, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.209
4LI2 Crystal Structures of Lgr4 and its complex with R-spondin1 提交 2013-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 33–144（112 aa）片段：FU 1 and FU 2 repeat residues 33-144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.7；298 K；22% PEG3350, 200 mM MgCl2 and 100 mM BisTris pH 5.7, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 3.19 Å R-free 0.284
4QXF crystal structure of human LGR4 and Rspo1 提交 2014-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MES pH 6.5, 0.2M sodium thiocyanate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
4QXF crystal structure of human LGR4 and Rspo1 提交 2014-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 34–135（102 aa）片段：UNP residues 34-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MES pH 6.5, 0.2M sodium thiocyanate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
8WVU Cryo-EM structure of LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43 提交 2023-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 35–144（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE	分辨率 3.61 Å

共 11 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RSPO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–118； UniProt 31–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4bsp
沉积日期 deposition_date	2013-06-11
结构标题 title	Crystal structure of R-spondin 1 (Fu1Fu2) - Holmium soak
关键词 keywords	;SIGNALING PROTEIN, ADULT STEM CELL, LEUCINE-RICH REPEAT, G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR, FURIN DOMAIN, WNT SIGNALING, CONGENITAL ANONYCHIA ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.09 Å
零角强度 I(0) i0	2630490.00
分子量 molecular_weight	10336.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12374 Å³
包络体积 envelope_volume	15000 Å³
水化壳体积 shell_volume	9335 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.9 Å
壳层 Rg shell_rg	19.32 Å
包络 Rg envelope_rg	15.37 Å
形状 Rg shape_rg	14.97 Å
总 Rg total_rg	16.20 Å
总原子数 total_atoms	1374
残基数 n_residues	88
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6300e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2880e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8168
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.391
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.440
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	271500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.701; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.518; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	R-SPONDIN-1
分子量 formula_weight	13706.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1443

GSRISAEGSQACAKGCELCSEVNGCLKCSPKLFILLERNDIRQVGVCLPSCPPGYFDARNPDMNKCIKCKIEHCEACFSHNFCTKCKEGLYLHKGRCYPACPEGSSAANGTMECSSPAAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HOLMIUM ATOM
分子量 formula_weight	164.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4bspa_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.1 — Growth factor receptor domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4bspA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.630 Å
晶胞边长 b length_b	64.560 Å
晶胞边长 c length_c	92.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	52.916 Å
R 因子 r_factor	0.2296
R_work r_work	0.2281
R_free r_free	0.2603

fit	/app/data/saxs_computation/bs/4bsp/4bsp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bs/4bsp/4bsp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bs/4bsp/4bsp.dat

Crystal structure of R-spondin 1 (Fu1Fu2) - Holmium soak

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

R-SPONDIN-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction