4d4n

Nitrosyl complex of the D121A variant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;CYTOCHROME C' ;

ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–127	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4D4N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CGN CYTOCHROME C' 提交 1995-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–127（126 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å
1CGO CYTOCHROME C' 提交 1995-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–127（126 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1E83 Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans - oxidized structure 提交 2000-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 8 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 55-65% SATURATED AMMONIUM SULFATE IN 100 MM HEPES BUFFER AT PH 7.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.252
1E84 Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans - reduced structure 提交 2000-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 8 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 55-65% SATURATED AMMONIUM SULFATE IN 100 MM HEPES BUFFER AT PH 7.5. REDUCED USING MOTHER LIQUOR CONTAINING 20 MM SODIUM DITHIONITE.	分辨率 1.90 Å R-free 0.273
1E85 Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans - reduced structure with NO bound to proximal side of heme 提交 2000-09-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–127（126 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 8 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 55-65% SATURATED AMMONIUM SULFATE IN 100 MM HEPES BUFFER AT PH 7.5. REDUCED USING MOTHER LIQUOR CONTAINING 20 MM SODIUM DITHIONITE, THEN INCUBATED FOR 6 DAYS IN MOTHER LIQUOR SATURATED WITH NO.	分辨率 1.35 Å R-free 0.220
1E86 Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans - reduced structure with CO bound to distal side of heme 提交 2000-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 8 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 55-65% SATURATED AMMONIUM SULFATE IN 100 MM HEPES BUFFER AT PH 7.5. REDUCED USING MOTHER LIQUOR CONTAINING 20 MM SODIUM DITHIONITE, THEN INCUBATED FOR 6 DAYS IN MOTHER LIQUOR SATURATED WITH CO.	分辨率 1.95 Å R-free 0.258
2XL6 Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous R124A variant with bound NO 提交 2010-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 4 NO NITRIC OXIDE × 2 NO3 NITRATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH7.5	分辨率 1.07 Å R-free 0.161
2XL8 REDUCED STRUCTURE OF R124F MUTANT OF CYTOCHROME C' FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；SULPHATE AMMONIUM, TRIS PH 7.5	分辨率 1.14 Å R-free 0.161
2XLD Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous R124Q variant 提交 2010-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；AMMONIUM SULPHATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.220
2XLE Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous R124K variant with bound NO 提交 2010-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, HEPES PH7.5	分辨率 1.12 Å R-free 0.181
2XLH REDUCED STRUCTURE OF R124A MUTANT OF CYTOCHROME C' FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS-BUFFER PH 7.5	分辨率 1.14 Å R-free 0.161
2XLM Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous recombinant native with bound NO 提交 2010-07-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NO NITRIC OXIDE × 2 HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.19 Å R-free 0.200
2XLO Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous R124E variant with bound NO 提交 2010-07-21	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.24 Å R-free 0.200
2XLV Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous R124F variant with bound NO 提交 2010-07-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5	分辨率 1.24 Å R-free 0.213
2XLW Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous R124Q variant with bound NO 提交 2010-07-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–123（123 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5	分辨率 1.17 Å R-free 0.191
2XM0 Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous R124K variant 提交 2010-07-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, HEPES PH7.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.222
2XM4 Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous R124E variant 提交 2010-07-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；AMMONIUM SULPHATE, HEPES PH7.5, pH 7.4	分辨率 1.10 Å R-free 0.170
2YKZ RECOMBINANT NATIVE CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS AT 0.84 A RESOLUTION: RESTRAINED REFINEMENT 提交 2011-05-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5 .	分辨率 0.84 Å R-free 0.116
2YL0 CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS: AS ISOLATED L16A VARIANT AT 0.95 A RESOLUTION 提交 2011-05-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5	分辨率 0.95 Å R-free 0.150
2YL1 CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS: CARBON MONOOXIDE BOUND L16A VARIANT AT 1.03 A RESOLUTION - Restraint refinement 提交 2011-05-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5	分辨率 1.03 Å R-free 0.143
2YL3 CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS: CARBON MONOOXIDE BOUND L16G VARIANT AT 1.04 A RESOLUTION - RESTRAINT REFINED 提交 2011-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CMO CARBON MONOXIDE × 2 HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5.	分辨率 1.04 Å R-free 0.146
2YL7 CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS: AS ISOLATED L16G VARIANT AT 0.9 A RESOLUTION - RESTRAINT REFINEMENT 提交 2011-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5	分辨率 0.90 Å R-free 0.140
2YLD RECOMBINANT NATIVE CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS: CARBON MONOOXIDE BOUND AT 1.25 A 提交 2011-06-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2 ASC ASCORBIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5 .	分辨率 1.25 Å R-free 0.190
2YLG CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS: ASCORBATE AND CARBON MONOOXIDE BOUND L16A VARIANT AT 1.05 A RESOLUTION 提交 2011-06-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2 ASC ASCORBIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5.	分辨率 1.05 Å R-free 0.151
2YLI RECOMBINANT NATIVE CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS IN ITS FERROUS FORM AT 1.45 A 提交 2011-06-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.184
3ZQV RECOMBINANT NATIVE CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS AT 0.84 A RESOLUTION: NON-RESTRAINED REFINEMENT 提交 2011-06-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, PH 7.5	分辨率 0.84 Å
3ZQY CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS: CARBON MONOOXIDE BOUND L16A VARIANT AT 1.03 A RESOLUTION- NON-RESTRAINT REFINEMENT 提交 2011-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–127（126 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, PH 7.5.	分辨率 1.03 Å
3ZTM Cytochrome c prime from alcaligenes xylosoxidans: as isolated L16G variant at 0.9 A resolution: unrestraint refinement 提交 2011-07-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5.	分辨率 0.90 Å
3ZTZ Cytochrome c prime from alcaligenes xylosoxidans: carbon monooxide bound L16G variant at 1.05 A resolution: unrestraint refinement 提交 2011-07-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, HEPES PH 7.5.	分辨率 1.05 Å
3ZWI RECOMBINANT NATIVE CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS: CARBON MONOOXIDE BOUND AT 1.25 A:UNRESTRAINT REFINEMENT 提交 2011-07-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ASC ASCORBIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, HEPES BUFFER., pH 7.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.187
4CDA Spectroscopically-validated structure of ferric cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2013-10-30	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.179
4CDV Spectroscopically-validated structure of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans, reduced by X-ray irradiation at 100K 提交 2013-11-06	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.17 Å R-free 0.160
4CDY Spectroscopically-validated structure of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans, reduced by X-ray irradiation at 160K 提交 2013-11-07	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.77 Å R-free 0.239
4CIP Spectroscopically-validated structure of ferrous cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans, reduced using ascorbate 提交 2013-12-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 ASC ASCORBIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.22 Å R-free 0.171
4CJG Spectroscopically validated structure of the 5 coordinate proximal NO adduct of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2013-12-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, HEPES PG 7.5	分辨率 1.26 Å R-free 0.195
4CJO Spectroscopically-validated structure of ferrous cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans, reduced at 180K using X-rays 提交 2013-12-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.251
4D4X Nitrosyl complex of the D121I variant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2014-10-31	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.214
4WGY Crystal Structure of Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans NCIMB 11015 at pH 10.4 提交 2014-09-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.4；293 K；24 % PEG4000, 100 mM CAPS, 50 mM magnesium chloride	分辨率 1.48 Å R-free 0.173
4WGZ Crystal Structure of Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans NCIMB 11015 at pH 6.0 提交 2014-09-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 6；293 K；12 % PEG4000, 100 mM potassium phosphate, 1 mM sodium azide	分辨率 1.11 Å R-free 0.162
5AGF Nitrosyl complex of the D121Q variant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2015-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–127（126 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULFATE, HEPES, pH 7.5	分辨率 1.09 Å R-free 0.185
5JLI Nitric oxide complex of the L16A mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2016-04-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：L16A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 ASC ASCORBIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.214
5JP7 Ferrous Leu 16 Val mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2016-05-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–126（125 aa）	突变：L16V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2 M Ammonium sulfate 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.26 Å R-free 0.215
5JRA Nitric oxide complex of the L16V mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2016-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–126（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 ASC ASCORBIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M Ammonium sulfate 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.38 Å R-free 0.186
5JS5 Nitric oxide complex of the L16F mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2016-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 ASC ASCORBIC ACID × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M Ammonium sulfate 0.1M Hepes pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.258
5JSL The L16F mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous form 提交 2016-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 ASC ASCORBIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.179
5JT4 L16A mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous state 提交 2016-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 ASC ASCORBIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M Ammonium sulfate 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.191
5JUA Nitric oxide complex of the L16I mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2016-05-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2 M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.13 Å R-free 0.187
5JVE L16I mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous state 提交 2016-05-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.12 Å R-free 0.181
5NC0 The 0.91 A resolution structure of the L16G mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans, complexed with nitric oxide 提交 2017-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）	突变：L16G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 2 NO NITRIC OXIDE × 2 NO3 NITRATE ION × 2 NO2 NITRITE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；AMMONIUM SULPHATE, TRIS PH 7.5	分辨率 0.91 Å R-free 0.132
5NGX The 1.06 A resolution structure of the L16G mutant of ferric cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans, complexed with nitrite 提交 2017-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–126（126 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEC HEME C × 1 NO2 NITRITE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；50 mM sodium nitrite, 2.2 M ammonium sulphate and 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 1.06 Å R-free 0.200

共 50 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYCP_ALCXX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4d4n
沉积日期 deposition_date	2014-10-30
结构标题 title	Nitrosyl complex of the D121A variant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, PROXIMAL NO, GAS SENSING; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.12 Å
零角强度 I(0) i0	3816780.00
分子量 molecular_weight	13946.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17433 Å³
包络体积 envelope_volume	19441 Å³
水化壳体积 shell_volume	11429 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.3 Å
壳层 Rg shell_rg	20.06 Å
包络 Rg envelope_rg	15.57 Å
形状 Rg shape_rg	15.12 Å
总 Rg total_rg	16.07 Å
总原子数 total_atoms	982
残基数 n_residues	124
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.7 Å
Rg (实空间) rg_real	16.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8170e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3140e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3817000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7210
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.296
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1029000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.542; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.742; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;CYTOCHROME C' ;
分子量 formula_weight	13587.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1149

QFAKPEDAVKYRQSALTLMASHFGRMTPVVKGQAPYDAAQIKANVEVLKTLSALPWAAFGPGTEGGDARPEIWSDAASFKQKQQAFQDNIVKLSAAADAGDLDKLRAAFGDVGASCKACHAAYRKKK

来源 Source

来源生物 organism	ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85698
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NITRIC OXIDE
分子量 formula_weight	30.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	147

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4d4na_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.2 — Cytochrome c'-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4d4nA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.756 Å
晶胞边长 b length_b	53.756 Å
晶胞边长 c length_c	180.023 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	46.550 Å
R 因子 r_factor	0.1613
R_work r_work	0.1592
R_free r_free	0.2007

fit	/app/data/saxs_computation/d4/4d4n/4d4n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d4/4d4n/4d4n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d4/4d4n/4d4n.dat