4dcd

1.6A resolution structure of PolioVirus 3C Protease Containing a covalently bound dipeptidyl inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

Human poliovirus 1

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1566–1748 片段:unp residues 1566-1748 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 K36 (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;298 K;30% (w/v) PEG 5000 MME, 100 mM MES, 200 mM ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 1.69 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、250 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL1M
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–190; UniProt 1566–1748

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4dcd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4dcd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4dcd
沉积日期 deposition_date2012-01-17
结构标题 title1.6A resolution structure of PolioVirus 3C Protease Containing a covalently bound dipeptidyl inhibitor
关键词 keywordsPROTEASE, POLIOVIRUS, ANTIVIRAL INHIBITORS, DIPEPTIDYL INHIBITOR, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.39
零角强度 I(0) i08017580.00
分子量 molecular_weight20151.0 kDa
排除体积 excluded_volume24993 ų
包络体积 envelope_volume27762 ų
水化壳体积 shell_volume15069 ų
包络直径 envelope_diameter55.5
壳层 Rg shell_rg21.61
包络 Rg envelope_rg15.78
形状 Rg shape_rg15.38
总 Rg total_rg16.48
总原子数 total_atoms1413
残基数 n_residues184
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.1
Rg (实空间) rg_real16.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real8.0180e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2290e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8018000.0000
解质量估计 total_estimate0.7465
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9
偏度 Skewness skewness0.152
峰度 Kurtosis kurtosis-0.320
角度范围 angular_range— – 0.4700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1912000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.456; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.994

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4dcda1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.4 — Viral cysteine protease of trypsin fold
结构域编号 domain_idd4dcda2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4dcdA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4dcdA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)