|
2KEB
NMR solution structure of the N-terminal domain of the DNA polymerase alpha p68 subunit
提交 2009-01-28
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
1–78(78 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.05;压力 ambient
NMR样品组成
0.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供
|
|
4Y97
Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit
提交 2015-02-17
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 A
1–598(598 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;295 K;The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.
|
分辨率 2.51 Å
R-free 0.257
|
|
4Y97
Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit
提交 2015-02-17
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 C
1–598(598 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;295 K;The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.
|
分辨率 2.51 Å
R-free 0.257
|
|
4Y97
Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit
提交 2015-02-17
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 E
1–598(598 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;295 K;The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.
|
分辨率 2.51 Å
R-free 0.257
|
|
4Y97
Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit
提交 2015-02-17
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 G
1–598(598 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;295 K;The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.
|
分辨率 2.51 Å
R-free 0.257
|
|
5EXR
Crystal structure of human primosome
提交 2015-11-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 D
2–598(597 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;295 K;0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.326
|
|
5EXR
Crystal structure of human primosome
提交 2015-11-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 H
2–598(597 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;295 K;0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA
|
分辨率 3.60 Å
R-free 0.326
|
|
7OPL
CryoEM structure of DNA Polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1
提交 2021-06-01
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 B
149–598(450 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å
|
|
7U5C
Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state
提交 2022-03-02
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 7
PDB 声明:octameric
|
链 D
1–598(598 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å
|
|
8B9D
Human replisome bound by Pol Alpha
提交 2022-10-05
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:23-meric
|
链 A
1–598(598 aa)
|
未记录
|
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
MG MAGNESIUM ION × 3
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
8D0B
Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template
提交 2022-05-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 7
PDB 声明:octameric
|
链 G
143–598(456 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;CHAPSO is only added just before sample vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å
|
|
8D0K
Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC
提交 2022-05-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 7
PDB 声明:octameric
|
链 G
2–598(597 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;CHAPSO is only added just before sample vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.27 Å
|
|
8D9D
Human DNA polymerase-alpha/primase elongation complex II bound to primer/template
提交 2022-06-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:hexameric
|
链 D
155–598(444 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 2
DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;CHAPSO is made fresh at 80 mM before added to the sample at a final concentration of 4-8 mM immediately before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å
|
|
8QJ7
Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 1
提交 2023-09-12
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 B
1–598(598 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
MN MANGANESE (II) ION × 2
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å
|
|
8VY3
Human DNA polymerase alpha/primase - AavLEA1 (1:40 molar ratio)
提交 2024-02-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 D
155–598(444 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å
|
|
9C8V
Human DNA polymerase alpha/primase - CHAPSO (4 mM)
提交 2024-06-13
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 D
155–598(444 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å
|