4enw

Structure of the S234N variant of E. coli KatE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 134.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase HPII

Escherichia coli

UniProt P21179

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–753 链 B; UniProt 1–753 链 C; UniProt 1–753 链 D; UniProt 1–753 突变:S234N HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;293 K;17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K 分辨率 1.90 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CATE_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–753; UniProt 1–753 作者链 B; PDB构建体 1–753; UniProt 1–753 作者链 C; PDB构建体 1–753; UniProt 1–753 作者链 D; PDB构建体 1–753; UniProt 1–753

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4enw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4enw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4enw
沉积日期 deposition_date2012-04-13
结构标题 titleStructure of the S234N variant of E. coli KatE
关键词 keywordscatalase fold, KatE, S234N variant, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.26
零角强度 I(0) i01556870000.00
分子量 molecular_weight327000.0 kDa
排除体积 excluded_volume408480 ų
包络体积 envelope_volume477730 ų
水化壳体积 shell_volume89957 ų
包络直径 envelope_diameter145.5
壳层 Rg shell_rg50.62
包络 Rg envelope_rg41.73
形状 Rg shape_rg41.20
总 Rg total_rg41.85
总原子数 total_atoms23136
残基数 n_residues2904
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax134.0
Rg (实空间) rg_real41.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real1.5570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1557000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8727
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.4
偏度 Skewness skewness0.372
峰度 Kurtosis kurtosis-0.177
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha651000000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.823

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd4enwa1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamilye.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family familye.5.1.1 — Heme-dependent catalases
结构域编号 domain_idd4enwa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family familyc.23.16.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4enwb1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamilye.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family familye.5.1.1 — Heme-dependent catalases
结构域编号 domain_idd4enwb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family familyc.23.16.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4enwc1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamilye.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family familye.5.1.1 — Heme-dependent catalases
结构域编号 domain_idd4enwc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family familyc.23.16.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4enwd1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamilye.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family familye.5.1.1 — Heme-dependent catalases
结构域编号 domain_idd4enwd2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family familyc.23.16.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id4enwA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Catalase core domain
结构域编号 domain_id4enwA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Catalase, four-helical domain
结构域编号 domain_id4enwA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain
结构域编号 domain_id4enwB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Catalase core domain
结构域编号 domain_id4enwB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Catalase, four-helical domain
结构域编号 domain_id4enwB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain
结构域编号 domain_id4enwC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Catalase core domain
结构域编号 domain_id4enwC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Catalase, four-helical domain
结构域编号 domain_id4enwC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain
结构域编号 domain_id4enwD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Catalase core domain
结构域编号 domain_id4enwD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Catalase, four-helical domain
结构域编号 domain_id4enwD03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)