SAXSdb — 4epd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease subunit alpha

Enterobacter aerogenes

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–567	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Urease subunit beta × 3 （P18315） Urease subunit gamma × 3 （P18316） NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.164

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4EPD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A5K K217E VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 2–567（566 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4	分辨率 2.20 Å
1A5L K217C VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 2–567（566 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4	分辨率 2.20 Å
1A5M K217A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 2–567（566 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4	分辨率 2.00 Å
1A5N K217A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, CHEMICALLY RESCUED BY FORMATE AND NICKEL 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 2–567（566 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4; THEN CRYSTAL WAS SOAKED IN 100 MM HEPES, 500MM FORMATE, PH 7.2, 2.0 M LI2SO4, 1.5 MM NICL2	分辨率 2.40 Å
1A5O K217C VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, CHEMICALLY RESCUED BY FORMATE AND NICKEL 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 2–567（566 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4; THEN CRYSTAL WAS SOAKED IN 100 MM HEPES, 500MM FORMATE, PH 7.5, 2.0 M LI2SO4, 1.5 MM NICL2	分辨率 2.50 Å
1EF2 CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE-SUBSTITUTED KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-02-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 2–567（566 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, HEPES, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å
1EJR CRYSTAL STRUCTURE OF THE D221A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：D221A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJS Crystal Structure of the H219N Variant of Klebsiella Aerogenes Urease 提交 2000-03-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：H219N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJT CRYSTAL STRUCTURE OF THE H219Q VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：H219Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJU CRYSTAL STRUCTURE OF THE H320N VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：H320N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJV CRYSTAL STRUCTURE OF THE H320Q VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：H320Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å
1EJW CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE AT 298K 提交 2000-03-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.200
1EJX CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE AT 100K 提交 2000-03-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.240
1FWA KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 7.5 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：K(C 217)KCX, C(C 319)A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6 CO3 CARBONATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWB KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 6.5 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：C(C 319)A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWC KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 8.5 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：C(C 319)A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWD KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 9.4 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：C(C 319)A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT WITH ACETOHYDROXAMIC ACID (AHA) BOUND 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：C(C 319)A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6 HAE ACETOHYDROXAMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319D VARIANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：C(C 319)D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWG KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319S VARIANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：C(C 319)S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWH KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319Y VARIANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：C(C 319)Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWI KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, H134A VARIANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：H(C 134)A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWJ KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, NATIVE 提交 1997-04-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1KRA CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS 提交 1995-06-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1KRB CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS 提交 1995-06-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：H(C 219)A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1KRC CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS 提交 1995-06-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	突变：H(C 320)A	NI NICKEL (II) ION × 6 CO2 CARBON DIOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
2KAU THE CRYSTAL STRUCTURE OF UREASE FROM KLEBSIELLA AEROGENES AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-02-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–567（567 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
4EP8 Initial Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 100 K 提交 2012-04-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 2–567（566 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.196
4EPB Final Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 100 K 提交 2012-04-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 2–567（566 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.197
4EPE Final Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 300 K 提交 2012-04-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 2–567（566 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.185

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	URE1_ENTAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–566； UniProt 2–567

Urease subunit beta

Enterobacter aerogenes

UniProt P18315

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–101	未记录	Urease subunit alpha × 3 （P18314） Urease subunit gamma × 3 （P18316） NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.164

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4EPD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A5K K217E VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 1998-02-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4	分辨率 2.20 Å
1A5L K217C VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 1998-02-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4	分辨率 2.20 Å
1A5M K217A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 1998-02-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4	分辨率 2.00 Å
1A5N K217A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, CHEMICALLY RESCUED BY FORMATE AND NICKEL 提交 1998-02-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4; THEN CRYSTAL WAS SOAKED IN 100 MM HEPES, 500MM FORMATE, PH 7.2, 2.0 M LI2SO4, 1.5 MM NICL2	分辨率 2.40 Å
1A5O K217C VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, CHEMICALLY RESCUED BY FORMATE AND NICKEL 提交 1998-02-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4; THEN CRYSTAL WAS SOAKED IN 100 MM HEPES, 500MM FORMATE, PH 7.5, 2.0 M LI2SO4, 1.5 MM NICL2	分辨率 2.50 Å
1EF2 CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE-SUBSTITUTED KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-02-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, HEPES, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å
1EJR CRYSTAL STRUCTURE OF THE D221A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJS Crystal Structure of the H219N Variant of Klebsiella Aerogenes Urease 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJT CRYSTAL STRUCTURE OF THE H219Q VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJU CRYSTAL STRUCTURE OF THE H320N VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJV CRYSTAL STRUCTURE OF THE H320Q VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å
1EJW CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE AT 298K 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.200
1EJX CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE AT 100K 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.240
1FWA KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 7.5 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：K(C 217)KCX, C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6 CO3 CARBONATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWB KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 6.5 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWC KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 8.5 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWD KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 9.4 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT WITH ACETOHYDROXAMIC ACID (AHA) BOUND 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6 HAE ACETOHYDROXAMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319D VARIANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C(C 319)D	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWG KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319S VARIANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C(C 319)S	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWH KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319Y VARIANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：C(C 319)Y	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWI KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, H134A VARIANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：H(C 134)A	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWJ KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, NATIVE 提交 1997-04-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1KRA CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS 提交 1995-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1KRB CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS 提交 1995-06-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：H(C 219)A	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1KRC CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS 提交 1995-06-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	突变：H(C 320)A	NI NICKEL (II) ION × 6 CO2 CARBON DIOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
2KAU THE CRYSTAL STRUCTURE OF UREASE FROM KLEBSIELLA AEROGENES AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-02-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–106（106 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
4EP8 Initial Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 100 K 提交 2012-04-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.196
4EPB Final Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 100 K 提交 2012-04-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.197
4EPE Final Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 300 K 提交 2012-04-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–101（101 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.185

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	URE2_ENTAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

Urease subunit gamma

Enterobacter aerogenes

UniProt P18316

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–100	未记录	Urease subunit alpha × 3 （P18314） Urease subunit beta × 3 （P18315） NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.164

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4EPD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A5K K217E VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：K217E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4	分辨率 2.20 Å
1A5L K217C VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：K217C, C319A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4	分辨率 2.20 Å
1A5M K217A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：K217A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4	分辨率 2.00 Å
1A5N K217A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, CHEMICALLY RESCUED BY FORMATE AND NICKEL 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：K217A	NI NICKEL (II) ION × 6 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4; THEN CRYSTAL WAS SOAKED IN 100 MM HEPES, 500MM FORMATE, PH 7.2, 2.0 M LI2SO4, 1.5 MM NICL2	分辨率 2.40 Å
1A5O K217C VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, CHEMICALLY RESCUED BY FORMATE AND NICKEL 提交 1998-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：K217C, C319A	NI NICKEL (II) ION × 6 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4; THEN CRYSTAL WAS SOAKED IN 100 MM HEPES, 500MM FORMATE, PH 7.5, 2.0 M LI2SO4, 1.5 MM NICL2	分辨率 2.50 Å
1EF2 CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE-SUBSTITUTED KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-02-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–100（100 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, HEPES, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å
1EJR CRYSTAL STRUCTURE OF THE D221A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJS Crystal Structure of the H219N Variant of Klebsiella Aerogenes Urease 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJT CRYSTAL STRUCTURE OF THE H219Q VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJU CRYSTAL STRUCTURE OF THE H320N VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1EJV CRYSTAL STRUCTURE OF THE H320Q VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å
1EJW CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE AT 298K 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.200
1EJX CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE AT 100K 提交 2000-03-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.240
1FWA KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 7.5 提交 1997-04-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：K(C 217)KCX, C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6 CO3 CARBONATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWB KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 6.5 提交 1997-04-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWC KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 8.5 提交 1997-04-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWD KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 9.4 提交 1997-04-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWE KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT WITH ACETOHYDROXAMIC ACID (AHA) BOUND 提交 1997-04-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：C(C 319)A	NI NICKEL (II) ION × 6 HAE ACETOHYDROXAMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319D VARIANT 提交 1997-04-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：C(C 319)D	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWG KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319S VARIANT 提交 1997-04-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：C(C 319)S	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWH KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319Y VARIANT 提交 1997-04-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：C(C 319)Y	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWI KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, H134A VARIANT 提交 1997-04-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：H(C 134)A	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FWJ KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, NATIVE 提交 1997-04-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1KRA CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS 提交 1995-06-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1KRB CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS 提交 1995-06-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：H(C 219)A	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1KRC CRYSTAL STRUCTURE OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, ITS APOENZYME AND TWO ACTIVE SITE MUTANTS 提交 1995-06-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	突变：H(C 320)A	NI NICKEL (II) ION × 6 CO2 CARBON DIOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
2KAU THE CRYSTAL STRUCTURE OF UREASE FROM KLEBSIELLA AEROGENES AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-02-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
4EP8 Initial Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 100 K 提交 2012-04-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.196
4EPB Final Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 100 K 提交 2012-04-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.197
4EPE Final Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 300 K 提交 2012-04-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–100（100 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.185

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	URE3_ENTAE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4epd
沉积日期 deposition_date	2012-04-17
结构标题 title	Initial Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 300 K
关键词 keywords	alpha-beta barrel, nickel metalloenzyme, hydrolase, radiation damage; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.03 Å
零角强度 I(0) i0	112278000.00
分子量 molecular_weight	82504.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102830 Å³
包络体积 envelope_volume	125530 Å³
水化壳体积 shell_volume	36374 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.89 Å
包络 Rg envelope_rg	29.31 Å
形状 Rg shape_rg	29.05 Å
总 Rg total_rg	29.62 Å
总原子数 total_atoms	5792
残基数 n_residues	766
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	112300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8837
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.363
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.272
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.885

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Urease subunit alpha
分子量 formula_weight	60278.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	6529

SNISRQAYADMFGPTVGDKVRLADTELWIEVEDDLTTYGEEVKFGGGKVIRDGMGQGQMLAADCVDLVLTNALIVDHWGIVKADIGVKDGRIFAIGKAGNPDIQPNVTIPIGAATEVIAAEGKIVTAGGIDTHIHWICPQQAEEALVSGVTTMVGGGTGPAAGTHATTCTPGPWYISRMLQAADSLPVNIGLLGKGNVSQPDALREQVAAGVIGLKIHEDWGATPAAIDCALTVADEMDIQVALHSDTLNESGFVEDTLAAIGGRTIHTFHTEGAGGGHAPDIITACAHPNILPSSTNPTLPYTLNTIDEHLDMLMVCHHLDPDIAEDVAFAESRIRRETIAAEDVLHDLGAFSLTSSDSQAMGRVGEVILRTWQVAHRMKVQRGALAEETGDNDNFRVKRYIAKYTINPALTHGIAHEVGSIEVGKLADLVVWSPAFFGVKPATVIKGGMIAIAPMGDINASIPTPQPVHYRPMFGALGSARHHCRLTFLSQAAAANGVAERLNLRSAIAVVKGCRTVQKADMVHNSLQPNITVDAQTYEVRVDGELITSEPADVLPMAQRYFLF

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacter aerogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	548
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Urease subunit beta
分子量 formula_weight	11125.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIPGEYHVKPGQIALNTGRATCRVVVENHGDRPIQVGSHYHFAEVNPALKFDRQQAAGYRLNIPAGTAVRFEPGQKREVELVAFAGHRAVFGFRGEVMGPL

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacter aerogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	548
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Urease subunit gamma
分子量 formula_weight	11100.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MELTPREKDKLLLFTAALVAERRLARGLKLNYPESVALISAFIMEGARDGKSVASLMEEGRHVLTREQVMEGVPEMIPDIQVEATFPDGSKLVTVHNPII

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacter aerogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	548
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	533

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4epda_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.8 — Urease, gamma-subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.8.1 — Urease, gamma-subunit
家族 Family family	d.8.1.1 — Urease, gamma-subunit

结构域编号 domain_id	d4epdb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.3 — Urease, beta-subunit
家族 Family family	b.85.3.1 — Urease, beta-subunit

结构域编号 domain_id	d4epdc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.92 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	b.92.1 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	b.92.1.1 — alpha-Subunit of urease

结构域编号 domain_id	d4epdc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.2 — alpha-subunit of urease, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4epdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	280 — Urease; subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, gamma-like subunit

结构域编号 domain_id	4epdB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	150 — Urease, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, beta subunit

结构域编号 domain_id	4epdC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Urease, subunit C; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, subunit C, domain 1

结构域编号 domain_id	4epdC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	170.765 Å
晶胞边长 b length_b	170.765 Å
晶胞边长 c length_c	170.765 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.630 Å
R 因子 r_factor	0.1453
R_work r_work	0.1443
R_free r_free	0.1641

fit	/app/data/saxs_computation/ep/4epd/4epd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ep/4epd/4epd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ep/4epd/4epd.dat

Initial Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 300 K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Urease subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Urease subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)