4gdf

A Crystal Structure of SV40 Large T Antigen

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 148.8 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Large T antigen

Simian virus 40

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 131–627 链 B； UniProt 131–627	片段：UNP residues 131-627	DNA (32-MER) × 1 DNA (32-MER) × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；291 K；100 mM bis-Tris (pH 6.75), 20% (v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 131–627 链 F； UniProt 131–627	片段：UNP residues 131-627	DNA (32-MER) × 1 DNA (32-MER) × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；291 K；100 mM bis-Tris (pH 6.75), 20% (v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4GDF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2H1L The Structure of the Oncoprotein SV40 Large T Antigen and p53 Tumor Suppressor Complex 提交 2006-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 B 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 C 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 D 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 E 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 F 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627	未记录	ZN ZINC ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；5.4% PEG 4000, 73mM Mops Buffer, 22mM Lithium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.16 Å R-free 0.308
2H1L The Structure of the Oncoprotein SV40 Large T Antigen and p53 Tumor Suppressor Complex 提交 2006-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 H 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 I 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 J 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 K 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627 链 L 260–627（368 aa）片段：Helicase Domain, residues 260-627	未记录	ZN ZINC ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；5.4% PEG 4000, 73mM Mops Buffer, 22mM Lithium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.16 Å R-free 0.308
4E2I The Complex Structure of the SV40 Helicase Large T Antigen and p68 Subunit of DNA Polymerase Alpha-Primase 提交 2012-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 B 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 C 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 D 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 E 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 F 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.96 M sodium malonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 5.00 Å R-free 0.314
4E2I The Complex Structure of the SV40 Helicase Large T Antigen and p68 Subunit of DNA Polymerase Alpha-Primase 提交 2012-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 H 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 I 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 J 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 K 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627 链 L 266–627（362 aa）片段：UNP residues 266-627	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.96 M sodium malonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 5.00 Å R-free 0.314

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9DH70_SV40
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–497； UniProt 131–627 作者链 B； PDB构建体 1–497； UniProt 131–627 作者链 E； PDB构建体 1–497； UniProt 131–627 作者链 F； PDB构建体 1–497； UniProt 131–627

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4gdf
沉积日期 deposition_date	2012-07-31
结构标题 title	A Crystal Structure of SV40 Large T Antigen
关键词 keywords	SV40 Large T Antigen, DNA replication, helicase, primase, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.01 Å
零角强度 I(0) i0	1203420000.00
分子量 molecular_weight	269130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	328840 Å³
包络体积 envelope_volume	485600 Å³
水化壳体积 shell_volume	85554 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.0 Å
壳层 Rg shell_rg	52.40 Å
包络 Rg envelope_rg	45.17 Å
形状 Rg shape_rg	47.00 Å
总 Rg total_rg	47.22 Å
总原子数 total_atoms	18756
残基数 n_residues	2116
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.8 Å
Rg (实空间) rg_real	47.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1810e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1204000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7059
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.196
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.298
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.7130
最高正则化参数 α highest_alpha	72160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 0.925; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.655

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Large T antigen
分子量 formula_weight	57450.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	18835

KVEDPKDFPSELLSFLSHAVFSNRTLACFAIYTTKEKAALLYKKIMEKYSVTFISRHNSYNHNILFFLTPHRHRVSAINNYAQKLCTFSFLICKGVNKEYLMYSALTRDPFSVIEESLPGGLKEHDFNPEEAEETKQVSWKLVTEYAMETKCDDVLLLLGMYLEFQYSFEMCLKCIKKEQPSHYKYHEKHYANAAIFADSKNQKTICQQAVDTVLAKKRVDSLQLTREQMLTNRFNDLLDRMDIMFGSTGSADIEEWMAGVAWLHCLLPKMDSVVYDFLKCMVYNIPKKRYWLFKGPIDSGKTTLAAALLELCGGKALNVNLPLDRLNFELGVAIDQFLVVFEDVKGTGGESRDLPSGQGINNLDNLRDYLDGSVKVNLEKKHLNKRTQIFPPGIVTMNEYSVPKTLQARFVKQIDFRPKDYLKHCLERSEFLLEKRIIQSGIALLLMLIWYRPVAEFAQSIQSRIVEWKERLDKEFSLSVYQKMKFNVAMGIGVLD

来源 Source

来源生物 organism	Simian virus 40
通用名 common_name	SV40
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10633
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (32-MER)
分子量 formula_weight	9891.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

ACTACTTCTGGAATAGCTCAGAGGCCGAGGCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (32-MER)
分子量 formula_weight	9793.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

CGCCTCGGCCTCTGAGCTATTCCAGAAGTAGT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	79

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4gdfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4gdfA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	4gdfA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Large T antigen, SV40, domain 3

结构域编号 domain_id	4gdfA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4gdfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4gdfB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	4gdfB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Large T antigen, SV40, domain 3

结构域编号 domain_id	4gdfB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4gdfE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4gdfE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	4gdfE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Large T antigen, SV40, domain 3

结构域编号 domain_id	4gdfE04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4gdfF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4gdfF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	4gdfF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Large T antigen, SV40, domain 3

结构域编号 domain_id	4gdfF04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.633 Å
晶胞边长 b length_b	128.307 Å
晶胞边长 c length_c	166.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2269
R_free r_free	0.2549

fit	/app/data/saxs_computation/gd/4gdf/4gdf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gd/4gdf/4gdf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gd/4gdf/4gdf.dat

A Crystal Structure of SV40 Large T Antigen

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Large T antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)