SAXSdb — 4ggc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle protein 20 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 161–477	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM MES, 15% (w/v) PEG 6000, and 5% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.146

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4GGC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GGA Structural Analysis of Human Cdc20 Supports Multi-site Degron Recognition by APC/C 提交 2012-08-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 81–499（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；100 mM Na citrate, 15 % (w/v) PEG 6000, and 4% MPD, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.04 Å R-free 0.203
4GGD Structural analysis of human Cdc20 supports multisite degron recognition by APC/C. 提交 2012-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 71–499（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting-drop vapor diffusion；pH 9.3；293 K；50 mM CAPSO, 5% (w/v) PEG 6000, and 15.5 % MPD, pH 9.3, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.201
4GGD Structural analysis of human Cdc20 supports multisite degron recognition by APC/C. 提交 2012-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 71–499（429 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting-drop vapor diffusion；pH 9.3；293 K；50 mM CAPSO, 5% (w/v) PEG 6000, and 15.5 % MPD, pH 9.3, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.201
4N14 Crystal structure of Cdc20 and apcin complex 提交 2013-10-03	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 165–477（313 aa）片段：WD domain residues 165-477	未记录	WR7 2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl [(1R)-2,2,2-trichloro-1-(pyrimidin-2-ylamino)ethyl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM MES, 15% (w/v) PEG 6000, and 5% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.213
5G04 Structure of the human APC-Cdc20-Hsl1 complex 提交 2016-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 R 1–499（499 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES, 150MM NACL, 0. 5MM TCEP；pH 8；20MM HEPES, 150MM NACL, 0. 5MM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 3.90 Å
5KHR Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome complex (APC15 deletion mutant) in complex with the E2 UBE2C/UBCH10 poised for ubiquitin ligation to substrate (APC/C-CDC20-substrate-UBE2C) 提交 2016-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 R 1–499（499 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
5KHU Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC15 deletion mutant), in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-CDC20-MCC) based on cryo EM data at 4.8 Angstrom resolution 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 R 1–499（499 aa）链 S 1–499（499 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
5LCW Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 4.2 angstrom resolution 提交 2016-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 Q 126–499（374 aa）链 R 1–499（499 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6F0X Cryo-EM structure of TRIP13 in complex with ATP gamma S, p31comet, C-Mad2 and Cdc20 提交 2017-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 Q 1–499（499 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6Q6G Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D1 box class 提交 2018-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 R 1–499（499 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Hepes, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6Q6H Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box class 提交 2018-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 R 1–499（499 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Hepes, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6TLJ Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 3.8 angstrom resolution 提交 2019-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 Q 126–499（374 aa）链 R 1–499（499 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9I68 Crystal structure of human Cdc20 bound to synthetic D-box peptide D21 提交 2025-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–499（499 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；10 % MPD, 12-14 % PEG 6000, 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.194
9I69 Crystal structure of human Cdc20 bound to synthetic D-box peptide D20 提交 2025-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–499（499 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；10 % MPD, 12-14 % PEG 6000, 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 1.46 Å R-free 0.184
9I6A Crystal structure of human Cdc20 bound to synthetic D-box peptide D7 提交 2025-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–499（499 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；10 % MPD, 12-14 % PEG 6000, 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 1.92 Å R-free 0.231
9N9R Model of APC/C-CDC20-UBE2C from H2A/H2B-bound complex 提交 2025-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 R 1–499（499 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
9N9S Model of APC/C-CDC20-UBE2C from H3/H4-bound complex 提交 2025-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 R 1–499（499 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC20_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–318； UniProt 161–477

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ggc
沉积日期 deposition_date	2012-08-06
结构标题 title	Structural Analysis of Human Cdc20 Supports Multi-site Degron Recognition by APC/C
关键词 keywords	cell cycle, mitosis, securin, ubiquitination, WD40; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.40 Å
零角强度 I(0) i0	21535100.00
分子量 molecular_weight	34811.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43245 Å³
包络体积 envelope_volume	48396 Å³
水化壳体积 shell_volume	21255 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.41 Å
包络 Rg envelope_rg	18.62 Å
形状 Rg shape_rg	18.38 Å
总 Rg total_rg	19.34 Å
总原子数 total_atoms	4852
残基数 n_residues	313
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.6 Å
Rg (实空间) rg_real	19.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8108
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.094
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.481
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6509000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cell division cycle protein 20 homolog
分子量 formula_weight	34912.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5295

GSRKTCRYIPSLPDRILDAPEIRNDYYLNLVDWSSGNVLAVALDNSVYLWSASSGDILQLLQMEQPGEYISSVAWIKEGNYLAVGTSSAEVQLWDVQQQKRLRNMTSHSARVGSLSWNSYILSSGSRSGHIHHHDVRVAEHHVATLSGHSQEVCGLRWAPDGRHLASGGNDNLVNVWPSAPGEGGWVPLQTFTQHQGAVKAVAWCPWQSNVLATGGGTSDRHIRIWNVCSGACLSAVDAHSQVCSILWSPHYKELISGHGFAQNQLVIWKYPTMAKVAELKGHTSRVLSLTMSPDGATVASAAADETLRLWRCFELDP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	443

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4ggca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family family	b.69.4.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4ggcA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	41.281 Å
晶胞边长 b length_b	86.933 Å
晶胞边长 c length_c	48.339 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.350 Å
最低分辨率 resolution_low	28.117 Å
R 因子 r_factor	0.1330
R_work r_work	0.1323
R_free r_free	0.1464

fit	/app/data/saxs_computation/gg/4ggc/4ggc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gg/4ggc/4ggc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gg/4ggc/4ggc.dat

Structural Analysis of Human Cdc20 Supports Multi-site Degron Recognition by APC/C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle protein 20 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction