4hup

Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanyl)-L-phenylalanine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin

Ricinus communis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 36–302	未记录	19M (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.236
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 36–302	未记录	19M (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 4 MLA MALONIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4HUP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BR5 RICIN A CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH NEOPTERIN 提交 1998-08-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	NEO NEOPTERIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.9；pH 8.9	分辨率 2.50 Å
1BR6 RICIN A CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH PTEROIC ACID 提交 1998-08-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–302（268 aa）	未记录	PT1 PTEROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.9；pH 8.9	分辨率 2.30 Å
1IFS RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH ADENOSINE (ADENOSINE BECOMES ADENINE IN THE COMPLEX) 提交 1996-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–298（261 aa）片段：A CHAIN	突变：I1M, F2V	ADE ADENINE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1IFT RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) 提交 1996-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–298（261 aa）片段：A CHAIN	突变：I1M, F2V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1IFU RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH FORMYCIN 提交 1996-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–298（261 aa）片段：A CHAIN	突变：I1M, F2V	FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1IL3 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 7-DEAZAGUANINE 提交 2001-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	7DG 7-DEAZAGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1IL4 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 9-DEAZAGUANINE 提交 2001-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	9DG 9-DEAZAGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 9-DEAZAGUANINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.293
1IL5 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE (DDP) 提交 2001-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	DDP 2,4-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1IL5 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE (DDP) 提交 2001-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1IL9 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 8-METHYL-9-OXOGUANINE 提交 2001-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	MOG 5-AMINO-2-METHYL-6H-OXAZOLO[5,4-D]PYRIMIDIN-7-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 8-METHYL-9-OXOGUANINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.306
1J1M Ricin A-Chain (Recombinant) at 100K 提交 2002-12-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	突变：N137D	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.9M Ammomium Sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
1OBS STRUCTURE OF RICIN A CHAIN MUTANT 提交 1996-06-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	突变：R180H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1OBT STRUCTURE OF RICIN A CHAIN MUTANT, COMPLEX WITH AMP 提交 1996-06-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	突变：R180H	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1RTC THE STRUCTURE OF RECOMBINANT RICIN A CHAIN AT 2.3 ANGSTROMS 提交 1992-10-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1UQ4 RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) R213D MUTANT 提交 2003-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–302（263 aa）片段：A CHAIN, RESIDUES 40-302	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；SEE REFERENCE 1, pH 4.20	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
1UQ5 RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) N122A MUTANT 提交 2003-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–302（263 aa）片段：A CHAIN, RESIDUES 40-302	突变：YES	ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；SEE REFERENCE 1, pH 4.20	分辨率 1.40 Å R-free 0.214
2AAI Crystallographic refinement of ricin to 2.5 Angstroms 提交 1993-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
2P8N Ricin a-chain (recombinant) complex with adenine 提交 2007-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：residues 36-302	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 ADE ADENINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；20% AMMONIUM SULFATE, 50 MIMILLIMOLAR SODIUM ACETATE, PH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 4.20	分辨率 1.94 Å R-free 0.301
2PJO Ricin a-chain (recombinant) complex with n-methylurea 提交 2007-04-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NMU N-METHYLUREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 4.20	分辨率 1.80 Å R-free 0.247
2R2X Ricin A-chain (recombinant) complex with Urea 提交 2007-08-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 URE UREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；Ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.297
2R3D Ricin A-chain (recombinant) complex with Acetamide 提交 2007-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：Unp residues 36-302	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ACM ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；Ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.09 Å R-free 0.272
2VC3 Ricin A-Chain (Recombinant) E177D Mutant with a bound acetate 提交 2007-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：RESIDUES 36-302	突变：YES	ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.2	分辨率 1.60 Å R-free 0.209
2VC4 Ricin A-Chain (Recombinant) E177D Mutant 提交 2007-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：RESIDUES 36-302	突变：YES	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.2	分辨率 1.39 Å R-free 0.199
3EJ5 complex of Ricin A chain and pyrimidine-based inhibitor 提交 2008-09-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 40–296（257 aa）片段：sequence database residues 40-296	未记录	EJ5 4-[3-(2-amino-4-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-5-yl)propyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；tris-HCl, BME, EDTA, PEG 8000, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
3HIO Crystal structure of Ricin A-chain in complex with the cyclic tetranucleotide inhibitor, a transition state analogue 提交 2009-05-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	C2X 9,9'-{(2R,3R,3aR,5S,7aR,9R,10R,10aR,12S,23R,25aR,27R,28R,28aR,30S,32aR,35aR,37S,39aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-34-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-5,12,23,30,37-pentahydroxy-3,10,28-trimethoxy-5,12,23,30,37-pentaoxidotetracosahydro-2H,7H,25H-trifuro[3,2-f:3',2'-l:3'',2''-x]pyrrolo[3,4-r][1,3,5,9,11,15,17,21,23,27,29,2,4,10,16,22,28]undecaoxazapentaphosphacyclopentatriacontine-2,27-diyl}bis(2-amino-3,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；25% PEG2000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.254
3LC9 Ricin A-chain variant 1-33/44-198 with engineered disulfide bond 提交 2010-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–233（198 aa）	突变：R48C, T77C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；Protein buffer: 50mM MES pH 6.4, 200mM NaCl Crystallization Solution: 0.17M Ammonium Sulfate, 25.5% w/v PEG 4000, 15% v/v Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.28 Å R-free 0.245
3MK9 Stabilized Ricin Immunogen 1-33/44-198 提交 2010-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–233（198 aa）	突变：V49C, E99C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；Protein Buffer: 50mM MES pH 6.4, 200mM NaCl, 2mM BME, Crystallization Solution: 0.17M Ammonium Sulfate, 25.5% w/v PEG 4000, 15% v/v Glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.08 Å R-free 0.236
3RTI Crystal structure of ricin bound with formycin monophosphate 提交 2011-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：Ricin A chain 链 B 315–576（262 aa）片段：Ricin B chain	未记录	FMP FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 4.75；298 K；11.5% PEG 8000, 0.05 M sodium acetate, 2 mM lactose, pH 4.75, batch, temperature 298K	分辨率 2.80 Å
3RTJ Crystal structure of ricin bound with dinucleotide ApG 提交 2011-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 4.75；298 K；11.5% PEG 8000, 0.05 M sodium acetate, 2 mM lactose, pH 4.75, batch, temperature 298K	分辨率 3.00 Å
3SRP Structure of Rivax: A Human Ricin Vaccine 提交 2011-07-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	突变：V76M, Y80A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；290 K；30% Ammonium Sulfate, 50 mM Sodium Acetate pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.14 Å R-free 0.254
4ESI Structure of ricin A chain bound with N-((1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl-2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide 提交 2012-04-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	0RB 2-amino-4-oxo-N-(1H-1,2,3-triazol-5-ylmethyl)-1,4-dihydropteridine-7-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.87 Å R-free 0.285
4HUO Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	RS8 N-[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]glycyl-L-phenylalanine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.52 Å R-free 0.230
4HUO Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	RS8 N-[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]glycyl-L-phenylalanine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.52 Å R-free 0.230
4HV3 Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonyl-L-serinyl)-L-tryptophan 提交 2012-11-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	19L (2S)-2-[[(2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-oxidanyl-propanoyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.54 Å R-free 0.231
4HV7 Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)glycine 提交 2012-11-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	19J 2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]ethanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.87 Å R-free 0.236
4HV7 Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)glycine 提交 2012-11-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	19J 2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.87 Å R-free 0.236
4IMV Ricin A-chain variant 1-33/44-198 with engineered disulfide bond, R48C/T77C/D75N 提交 2013-01-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–233（198 aa）片段：unp residues 36-233	突变：R48C, T77C, D75N	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；0.17 M Ammonium Sulfate, 25.5% (w/v) Peg 4000, 15% Glycerol , pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.25 Å R-free 0.242
4KUC Crystal structure of ricin-A chain in complex with the antibody 6C2 提交 2013-05-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M Nacitrate,ph 5.0, 8% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.79 Å R-free 0.289
4KUC Crystal structure of ricin-A chain in complex with the antibody 6C2 提交 2013-05-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M Nacitrate,ph 5.0, 8% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.79 Å R-free 0.289
4LGP Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH1) 提交 2013-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–296（261 aa）片段：UNP residues 36-296	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；100 mM Bicine, 20 % PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.281
4LGP Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH1) 提交 2013-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 36–296（261 aa）片段：UNP residues 36-296	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；100 mM Bicine, 20 % PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.281
4LGR Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH3) 提交 2013-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–294（255 aa）片段：UNP residues 40-294	未记录	ZN ZINC ION × 3 ACY ACETIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；293 K；100 mM NaAcetate, 200 mM Zinc Acetate, 10% PEG 3000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.204
4LGS Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH4) 提交 2013-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–301（263 aa）片段：UNP residues 39-301	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM NaHepes, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
4LHJ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH5) 提交 2013-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–297（259 aa）片段：UNP residues 39-297	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；293 K；100 mM NaAcetate, 200 mM NaCl, 40% PEG 300, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.250
4LHQ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH8) 提交 2013-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–298（260 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；100 mM NaAcetate, 2 M NaFormate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
4LHQ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH8) 提交 2013-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 39–298（260 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；100 mM NaAcetate, 2 M NaFormate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
4MX1 Structure of ricin A chain bound with 2-amino-4-oxo-N-(2-(3-phenylureido)ethyl)-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide 提交 2013-09-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	1MX 2-amino-4-oxo-N-{2-[(phenylcarbamoyl)amino]ethyl}-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.59 Å R-free 0.261
4MX5 Structure of ricin A chain bound with benzyl-(2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)ethyl)carbamate 提交 2013-09-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 36–302（267 aa）	未记录	5MX benzyl (2-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]amino}ethyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.52 Å R-free 0.245
4Q2V Crystal Structure of Ricin A chain complexed with Baicalin inhibitor 提交 2014-04-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：Ricin A chain	未记录	0XE 5,6-dihydroxy-4-oxo-2-phenyl-4H-chromen-7-yl beta-D-glucopyranosiduronic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, 10% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
4Z9K Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH2)(F5) 提交 2015-04-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–296（258 aa）片段：UNP residues 39-296	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, 15% PEG 3000, 2 mM Zinc acetate, 10 mM sulfobetaine	分辨率 1.50 Å R-free 0.195
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 39–299（261 aa）片段：UNP residues 39-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5DDZ Crystal structure of the RTA-c10-P2 complex 提交 2015-08-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.4 M ammonium dihydrogen phosphate	分辨率 1.50 Å R-free 0.175
5E1H Ricin toxin in complex with neutralizing single chain monoclonal antibodies (VHHs) 提交 2015-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–297（258 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；100 mM BisTris pH 5.5, 25% PEG 3000, 260 mM NaCl, and 10 mM Tris (2carboxyethyl)phosphine hydrochloride	分辨率 2.03 Å R-free 0.257
5GU4 rRNA N-glycosylase RTA 提交 2016-08-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：UNP residues 36-302	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2.8 M sodium acetate, tetrahydrate pH7.0 30%-35% glucose	分辨率 1.55 Å R-free 0.255
5GU4 rRNA N-glycosylase RTA 提交 2016-08-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–302（267 aa）片段：UNP residues 36-302	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2.8 M sodium acetate, tetrahydrate pH7.0 30%-35% glucose	分辨率 1.55 Å R-free 0.255
5J56 RTA-V1C7 提交 2016-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：UNP residues 40-294	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate pH 4.6 and 8% PEG4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
5J57 V5E1-RTA complex 提交 2016-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：UNP residues 39-302	未记录	CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM Tris pH 7.0 and 20% PEG 1000	分辨率 1.70 Å R-free 0.190
5SV3 RTA1-33/44-198 (RVEC) bound to Single Domain Antibody A3C8 提交 2016-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–233（198 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 1.6 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.73 Å R-free 0.267
5SV3 RTA1-33/44-198 (RVEC) bound to Single Domain Antibody A3C8 提交 2016-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 36–233（198 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 1.6 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.73 Å R-free 0.267
5U4L RTA-V1C7_G29R-high-salt 提交 2016-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）片段：residues 36-302	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；1.6 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% glycerol, and 100 mM Tris pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.257
5U4M RTA-V1C7-G29R-no_salt 提交 2016-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–294（255 aa）片段：residues 40-294	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；295 K；8% PEG 4000 and 100 mM sodium acetate pH 4.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
6CWG Ricin catalytic subunit bound go A9 VHH antibody 提交 2018-03-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；200 mM Lithiuim sulfate, 100 mM CAPS pH 10.5, 2 M Ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
6CWG Ricin catalytic subunit bound go A9 VHH antibody 提交 2018-03-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；200 mM Lithiuim sulfate, 100 mM CAPS pH 10.5, 2 M Ammonium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
6OBC Ricin A chain bound to camelid 提交 2019-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–298（259 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；100 mM Tris (pH 7.0), 200 mM calcium acetate, and 20% PEG 3,000	分辨率 1.76 Å R-free 0.227
6OBE Ricin A chain bound to VHH antibody V6H8 提交 2019-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–302（265 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 38-302	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；100 mM citric acid and 15% PEG	分辨率 1.73 Å R-free 0.208
6OBG Ricin A chain bound to VHH antibody V8E6 提交 2019-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–296（257 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-296	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 170 mM zinc acetate, 6% PEG 8,000, and 0.5% ethyl acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
6OBG Ricin A chain bound to VHH antibody V8E6 提交 2019-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–296（257 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-296	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 170 mM zinc acetate, 6% PEG 8,000, and 0.5% ethyl acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
6OBM Ricin A chain bound to VHH antibody V6A7 提交 2019-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–298（259 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；200 mM potassium sulfate and 20% PEG 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
6OBO Ricin A chain bound to VHH antibody V6A6 提交 2019-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–296（257 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；100 mM imidazole (pH 8.0), 200 mM calcium acetate, and 15% PEG 8,000	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6OBO Ricin A chain bound to VHH antibody V6A6 提交 2019-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 40–296（257 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；100 mM imidazole (pH 8.0), 200 mM calcium acetate, and 15% PEG 8,000	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6OCA Ricin A chain bound to VHH antibody V2G10 提交 2019-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–302（265 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 38-302	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；100 mM MES (pH 5.0) and 20% PEG 6,000	分辨率 2.11 Å R-free 0.246
6OCA Ricin A chain bound to VHH antibody V2G10 提交 2019-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 38–302（265 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 38-302	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；100 mM MES (pH 5.0) and 20% PEG 6,000	分辨率 2.11 Å R-free 0.246
6OCD Ricin A chain bound to VHH antibody V6D4 提交 2019-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–297（258 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-297	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 400 mM zinc acetate, and 11% PEG 8,000	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
6OCD Ricin A chain bound to VHH antibody V6D4 提交 2019-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 40–297（258 aa）片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-297	未记录	ZN ZINC ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 400 mM zinc acetate, and 11% PEG 8,000	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
6URW Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 4-(2-thienylmethyl)benzoic acid 提交 2019-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 R7T 4-[(thiophen-2-yl)methyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Sodium Acetate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
6URX Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 5-phenyl-2-thiophenecarboxylic acid 提交 2019-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 JMG 5-phenylthiophene-2-carboxylic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Ammonium Iodide, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.99 Å R-free 0.218
6URY Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 9-oxo-4-fluorenecarboxamide 提交 2019-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	R6T 9-oxo-9H-fluorene-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 CL CHLORIDE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM Tris pH 7.0, 200 mM Magnesium Chloride, 2.5 M Sodium Chloride	分辨率 1.54 Å R-free 0.195
6URY Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 9-oxo-4-fluorenecarboxamide 提交 2019-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM Tris pH 7.0, 200 mM Magnesium Chloride, 2.5 M Sodium Chloride	分辨率 1.54 Å R-free 0.195
7KBI Ricin bound to VHH antibody V5E1 提交 2020-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；340 mM ammonium fluoride and 22% PEG 3,350.	分辨率 3.05 Å R-free 0.274
7KBK Ricin bound to VHH antibody V6E11 提交 2020-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200 mM sodium chloride 100 mM CHES pH 9.5, and 1.26 M ammonium sulfate.	分辨率 2.09 Å R-free 0.203
7KC9 Ricin bound to VHH antibody V5G1 提交 2020-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；200 mM zinc acetate, 20% PEG 3,350	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KC9 Ricin bound to VHH antibody V5G1 提交 2020-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 36–302（267 aa）链 E 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；200 mM zinc acetate, 20% PEG 3,350	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KD0 Ricin bound to VHH antibody V2C11 提交 2020-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	GAL beta-D-galactopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM Zinc Acetate, 14% PEG 8,000, 22% Glycerol, 80 mM NaCaco pH 6.5, 3% D+Galactose	分辨率 2.77 Å R-free 0.255
7KD2 Ricin bound to VHH antibody V11B2 提交 2020-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200 mM Zinc Acetate, 100 mM MES pH 6.0, 10% PEG 8,000	分辨率 2.55 Å R-free 0.280
7KDM Ricin bound to VHH antibody V5G6 提交 2020-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4 M Sodium Formate	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KDM Ricin bound to VHH antibody V5G6 提交 2020-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 315–576（262 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4 M Sodium Formate	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KDU Ricin bound to VHH antibody V5E4 提交 2020-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–302（267 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；290 mM zinc Aaetate and 17% PEG 3,350	分辨率 2.81 Å R-free 0.294
7MLN Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-(o-tolyl)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	ZJA 5-(2-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；24 %(w/v) PEG 1500, 20 %(w/v) Glycerol	分辨率 1.52 Å R-free 0.207
7MLO Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-mesitylthiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	ZJ7 5-(2,4,6-trimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50 mM Bis-Tris pH 6.5, 50 mM Ammonium Sulfate, 30 %(v/v) Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
7MLO Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-mesitylthiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）	未记录	ZJ7 5-(2,4,6-trimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50 mM Bis-Tris pH 6.5, 50 mM Ammonium Sulfate, 30 %(v/v) Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH)	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
7MLP Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-(2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	ZJ4 5-(2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 200 mM Zinc Acetate, 10 %(w/v) PEG 3000	分辨率 1.78 Å R-free 0.213
7MLT Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-(2-ethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 ZJD 5-(2-ethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM Magnesium Chloride, 16 %(w/v) PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.203
7TGF Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin. 提交 2022-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；100 mM sodium citrate pH 4.0, 30% PEG 6000, and 1 M lithium chloride	分辨率 1.35 Å R-free 0.181
7TGI Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；200 mM magnesium chloride, 20% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
7TH2 Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 11 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM MES pH 6.5, 200 mM sodium thiocyanate, 8% dioxane, 1740 mM ammonium sulfate	分辨率 1.84 Å R-free 0.187
7TH2 Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–302（267 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 10 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM MES pH 6.5, 200 mM sodium thiocyanate, 8% dioxane, 1740 mM ammonium sulfate	分辨率 1.84 Å R-free 0.187
7TH3 Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；418 mM ammonium chloride, 22% PEG 3350	分辨率 2.29 Å R-free 0.272
7XZS Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-L-tyrosine 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	I8T (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, lithium sulfate, sodium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.243
7XZT Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-D-tyrosine 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	I9P (2R)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.30 Å R-free 0.240
7XZU Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-L-phenylalanine 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IEK (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
7XZW Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-D-phenylalanine 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IEW (2R)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.244
7Y02 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-3-(4-fluorophenyl)propanoic acid 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IEZ (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-(4-fluorophenyl)propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.223
7Y03 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-2-phenylacetic acid 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IF4 (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-2-phenyl-ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.35 Å R-free 0.238
7Y05 Crystal structure of Ricin A chain bound with (R)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-2-phenylacetic acid 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IFH (2R)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-2-phenyl-ethanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
7Y06 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-4-phenylbutanoic acid 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IFQ (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-4-phenyl-butanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.35 Å R-free 0.235
7Y07 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-amino-N-(1-hydroxy-3-phenylpropan-2-yl)-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IFX 2-azanyl-4-oxidanylidene-N-[(2S)-1-oxidanyl-3-phenyl-propan-2-yl]-3H-pteridine-7-carboxamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.25 Å R-free 0.234
7Y08 Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanine 提交 2022-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	RS8 N-[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]glycyl-L-phenylalanine × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；296 K；Ammonium sulfate, Sodium malonate	分辨率 1.25 Å R-free 0.253
7Y4K Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanyl-N6-((benzyloxy)carbonyl)-L-ornitine 提交 2022-06-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	JKU (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-5-(phenylmethoxycarbonylamino)pentanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.70 Å R-free 0.230
7Y4M Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanyl-N6-((benzyloxy)carbonyl)-L-lysine 提交 2022-06-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	IWQ (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-6-(phenylmethoxycarbonylamino)hexanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.45 Å R-free 0.242
8I7P Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-tyrosine 提交 2023-02-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG2000, Lithium sulfate, Sodium acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
8T9V RTA-RUNT-59 complex structure 提交 2023-06-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–296（258 aa）	未记录	ZJT (9aP)-7-fluoro-4,5-dihydronaphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；200 mM di-Ammonium tartrate and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
8TAB RTA-PD00589 提交 2023-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–296（258 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 U4T 4H,5H-naphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；200 mM Mg(NO3)2 and 20% PEG 3350	分辨率 2.26 Å R-free 0.219
8TAD RTA in complex with inhibitor RUNT-206 提交 2023-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–293（255 aa）	未记录	ZXJ (9aM)-5,5-dimethyl-4,5-dihydronaphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM KH2PO4 and 20% PEG 8000	分辨率 2.76 Å R-free 0.256
8TFH Ricin in complex with Fab JB4 提交 2023-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 39–298（260 aa）链 B 315–576（262 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；1.5 M ammonium sulfate and 25% glycerol	分辨率 3.29 Å R-free 0.334
8TFL Ricin in complex with Fab SylH3 提交 2023-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 40–299（260 aa）链 B 316–576（261 aa）	未记录	2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；1.5 M ammonium fluoride and 20% PEG 3,350	分辨率 2.89 Å R-free 0.287
9E3T RTA-RUNT-165 complex 提交 2024-10-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：residues 40-294	未记录	A1BH4 (5M)-5-(2-ethyl-6-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Hepes pH 6.5 and 20% PEG 6000	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
9E3T RTA-RUNT-165 complex 提交 2024-10-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）片段：residues 40-294	未记录	A1BH4 (5M)-5-(2-ethyl-6-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Hepes pH 6.5 and 20% PEG 6000	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
9E40 RTA-RUNT-202 complex 提交 2024-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）	未记录	A1BH3 5-(4-fluoro-2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 IMD IMIDAZOLE × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Tris pH 7.0, 40% PEG 300, and 5% PEG 1000	分辨率 1.80 Å R-free 0.180
9E42 RTA-RUNT-192 complex 提交 2024-10-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–302（267 aa）片段：residues 40-294	未记录	A1BH2 5-(2,6-diethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；170 mM diammonium hydrogen phosphate	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
9E42 RTA-RUNT-192 complex 提交 2024-10-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–302（267 aa）片段：residues 40-294	未记录	A1BH2 5-(2,6-diethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；170 mM diammonium hydrogen phosphate	分辨率 1.80 Å R-free 0.246

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	RICI_RICCO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–267； UniProt 36–302

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4hup
沉积日期 deposition_date	2012-11-02
结构标题 title	Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanyl)-L-phenylalanine
关键词 keywords	;RICIN, PROTEIN-LIGAND COMPLEX, PTERIN, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX, TOXIN, HYDROLASE, RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN, N-GLYCOSIDASE ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.36 Å
零角强度 I(0) i0	16709700.00
分子量 molecular_weight	30365.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37747 Å³
包络体积 envelope_volume	43769 Å³
水化壳体积 shell_volume	19663 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.04 Å
包络 Rg envelope_rg	19.00 Å
形状 Rg shape_rg	18.36 Å
总 Rg total_rg	19.29 Å
总原子数 total_atoms	2143
残基数 n_residues	263
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8316
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.279
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.128
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.623; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.975

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ricin
分子量 formula_weight	29936.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	2492

IFPKQYPIINFTTAGATVQSYTNFIRAVRGRLTTGADVRHEIPVLPNRVGLPINQRFILVELSNHAELSVTLALDVTNAYVVGYRAGNSAYFFHPDNQEDAEAITHLFTDVQNRYTFAFGGNYDRLEQLAGNLRENIELGNGPLEEAISALYYYSTGGTQLPTLARSFIICIQMISEAARFQYIEGEMRTRIRYNRRSAPDPSVITLENSWGRLSTAIQESNQGAFASPIQLQRRNGSKFSVYDVSILIPIIALMVYRCAPPPSSQF

来源 Source

来源生物 organism	Ricinus communis
通用名 common_name	Castor bean
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3988
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid ;
分子量 formula_weight	558.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	337

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4hupx_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.1 — Plant cytotoxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4hupX01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	4hupX02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.723 Å
晶胞边长 b length_b	67.723 Å
晶胞边长 c length_c	140.592 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.699 Å
最低分辨率 resolution_low	25.969 Å
R 因子 r_factor	0.2106
R_work r_work	0.2092
R_free r_free	0.2361

fit	/app/data/saxs_computation/hu/4hup/4hup.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hu/4hup/4hup.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hu/4hup/4hup.dat