SAXSdb — 4ifc

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 657–1007	片段：kinase domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0 5 mM ADP final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.13 Å R-free 0.256
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 657–1007	片段：kinase domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0 5 mM ADP final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.13 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4IFC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4IAN Crystal Structure of apo Human PRPF4B kinase domain 提交 2012-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 657–1007（351 aa）片段：kinase domain 链 B 657–1007（351 aa）片段：kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.44 Å R-free 0.288
4IIR Crystal Structure of AMPPNP-bound Human PRPF4B kinase domain 提交 2012-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 657–1007（351 aa）片段：kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0, 5 mM AMPPNP final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.265
4IIR Crystal Structure of AMPPNP-bound Human PRPF4B kinase domain 提交 2012-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 657–1007（351 aa）片段：kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0, 5 mM AMPPNP final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.265
4IJP Crystal Structure of Human PRPF4B kinase domain in complex with 4-{5-[(2-Chloro-pyridin-4-ylmethyl)-carbamoyl]-thiophen-2-yl}-benzo[b]thiophene-2-carboxylic acid amine 提交 2012-12-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 657–1007（351 aa）片段：kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1EH 4-(5-{[(2-chloropyridin-4-yl)methyl]carbamoyl}thiophen-2-yl)-1-benzothiophene-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0 5 mM compound final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.25 Å R-free 0.265
4IJP Crystal Structure of Human PRPF4B kinase domain in complex with 4-{5-[(2-Chloro-pyridin-4-ylmethyl)-carbamoyl]-thiophen-2-yl}-benzo[b]thiophene-2-carboxylic acid amine 提交 2012-12-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 657–1007（351 aa）片段：kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1EH 4-(5-{[(2-chloropyridin-4-yl)methyl]carbamoyl}thiophen-2-yl)-1-benzothiophene-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0 5 mM compound final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.25 Å R-free 0.265
6CNH Human PRPF4B in complex with Rebastinib 提交 2018-03-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 657–1005（349 aa）片段：UNP residues 657-1005	未记录	919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；18% PEG Smear High, 0.1 M N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
6PJJ Human PRPF4B bound to benzothiophene inhibitor 224 提交 2019-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 657–1005（349 aa）链 B 657–1005（349 aa）链 C 657–1005（349 aa）链 D 657–1005（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OCJ 4-(5-{[(3-aminophenyl)methyl]carbamoyl}thiophen-2-yl)-1-benzothiophene-2-carboxamide × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.5, 0.1M Na/K phosphate, 15% PEG smear high, 10% etylene glycol	分辨率 2.40 Å R-free 0.240
6PK6 Human PRPF4B bound to benzothiophene inhibitor 329 提交 2019-06-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 657–1005（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 OND 4-(5-{[(2-aminophenyl)methyl]carbamoyl}thiophen-2-yl)-1-benzothiophene-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M CAPSO pH 9.5, 20% PEG 8,000	分辨率 2.10 Å R-free 0.216
6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric	链 K 1–1007（1007 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric	链 4Y 1–1007（1007 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric	链 4Y 1–1007（1007 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric	链 K 1–1007（1007 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.60 Å
8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric	链 K 1–1007（1007 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric	链 K 1–1007（1007 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.80 Å
8Y6O Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U11 and tri-snRNP part 提交 2024-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric	链 Q 1–1007（1007 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.38 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRP4B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–352； UniProt 657–1007 作者链 B； PDB构建体 2–352； UniProt 657–1007

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ifc
沉积日期 deposition_date	2012-12-14
结构标题 title	Crystal Structure of ADP-bound Human PRPF4B kinase domain
关键词 keywords	kinase, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.70 Å
零角强度 I(0) i0	93107600.00
分子量 molecular_weight	77517.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97341 Å³
包络体积 envelope_volume	127590 Å³
水化壳体积 shell_volume	32440 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.44 Å
包络 Rg envelope_rg	35.22 Å
形状 Rg shape_rg	34.64 Å
总 Rg total_rg	35.17 Å
总原子数 total_atoms	5438
残基数 n_residues	656
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	93090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7896
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.622
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.184
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.619; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.641; Smooth: 0.763

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
分子量 formula_weight	41933.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5779

MDFKENPNLRDNWTDAEGYYRVNIGEVLDKRYNVYGYTGQGVFSNVVRARDNARANQEVAVKIIRNNELMQKTGLKELEFLKKLNDADPDDKFHCLRLFRHFYHKQHLCLVFEPLSMNLREVLKKYGKDVGLHIKAVRSYSQQLFLALKLLKRCNILHADIKPDNILVNESKTILKLCDFGSASHVADNDITPYLVSRFYRAPEIIIGKSYDYGIDMWSVGCTLYELYTGKILFPGKTNNHMLKLAMDLKGKMPNKMIRKGVFKDQHFDQNLNFMYIEVDKVTEREKVTVMSTINPTKDLLADLIGCQRLPEDQRKKVHQLKDLLDQILMLDPAKRISINQALQHAFIQEKIHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	333

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4ifca_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ifcb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4ifcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4ifcA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4ifcB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4ifcB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	52.320 Å
晶胞边长 b length_b	52.260 Å
晶胞边长 c length_c	78.980 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.47 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.01 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.130 Å
最低分辨率 resolution_low	31.040 Å
R 因子 r_factor	0.2435
R_work r_work	0.2428
R_free r_free	0.2562

fit	/app/data/saxs_computation/if/4ifc/4ifc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/if/4ifc/4ifc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/if/4ifc/4ifc.dat

Crystal Structure of ADP-bound Human PRPF4B kinase domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction