8h6j

Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 331.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8h6j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8h6j
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8h6j
沉积日期 deposition_date2022-10-18
结构标题 titleCryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state.
关键词 keywordsExon-defined spliceosome, Post pre-B state, SPLICING; SPLICING
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron115.50
零角强度 I(0) i039652200000.00
分子量 molecular_weight1371900.0 kDa
排除体积 excluded_volume1576500 ų
包络体积 envelope_volume4190100 ų
水化壳体积 shell_volume312780 ų
包络直径 envelope_diameter410.6
壳层 Rg shell_rg94.87
包络 Rg envelope_rg116.80
形状 Rg shape_rg115.90
总 Rg total_rg114.20
总原子数 total_atoms96468
残基数 n_residues15042
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax331.1
Rg (实空间) rg_real115.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.38
I(0) (实空间) i0_real3.8070e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3130e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal110.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38140000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9168
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary118.2
偏度 Skewness skewness0.347
峰度 Kurtosis kurtosis-0.624
角度范围 angular_range— – 0.0700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.6921
最高正则化参数 α highest_alpha1571000000.0000
实空间数据点数 n_real_points15
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.006; Oscil: 0.999; Stabil: 0.985; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.003

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (51)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)