4ije

Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.4 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase cofactor VP35

Zaire ebolavirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 218–340	片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340) 突变：R312A, K319A, R322A	NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 218–340	片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340) 突变：R312A, K319A, R322A	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 218–340	片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340) 突变：R312A, K319A, R322A	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 218–340	片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340) 突变：R312A, K319A, R322A	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4IJE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FKE Structure of the Ebola VP35 Interferon Inhibitory Domain 提交 2008-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：UNP residues 215-340, interferon inhibitory domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；Well solution: 200 mM Sodium Citrate (pH 5.8),11% (W/V) PEG 4000; protein solution: 20 mM Tris-Cl (pH 7.0),50 mM NaCl, 5mM beta-mercaptoethanol, Vapor Diffusion, Hanging Drop, Temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.40 Å R-free 0.236
3FKE Structure of the Ebola VP35 Interferon Inhibitory Domain 提交 2008-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：UNP residues 215-340, interferon inhibitory domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；Well solution: 200 mM Sodium Citrate (pH 5.8),11% (W/V) PEG 4000; protein solution: 20 mM Tris-Cl (pH 7.0),50 mM NaCl, 5mM beta-mercaptoethanol, Vapor Diffusion, Hanging Drop, Temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.40 Å R-free 0.236
3L25 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain bound to 8 bp dsRNA 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain 链 B 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain 链 D 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain 链 E 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 FMT FORMIC ACID × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；3M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CITRATE, 5% GLYCEROL, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
3L26 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain bound to 8 bp dsRNA 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain 链 B 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 10 CL CHLORIDE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；2.9M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.254
3L27 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain R312A mutant 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 215–340（126 aa）片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 B 215–340（126 aa）片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 C 215–340（126 aa）片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 D 215–340（126 aa）片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN	突变：R312A 突变：R312A 突变：R312A 突变：R312A	CL CHLORIDE ION × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 10 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.15；293 K；1.85 M SODIUM PHOSPHATE, 0.15 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 4.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
3L28 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K339A mutant 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 B 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 C 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 D 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 E 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 F 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN	突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 10 CL CHLORIDE ION × 12 NA SODIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.8；293 K；0.1M SODIUM CITRATE, 0.3M LITHIUM SULFATE, 13% PEG8000, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.269
3L29 Crystal Structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K319A/R322A mutant 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain	突变：K319A, R322A	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；293 K；0.1M BIS-TRIS, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 28% PEG3350, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.232
3L29 Crystal Structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K319A/R322A mutant 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain	突变：K319A, R322A	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；293 K；0.1M BIS-TRIS, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 28% PEG3350, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.232
4IBB Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DK {4-[(5R)-3-hydroxy-2-oxo-4-(thiophen-2-ylcarbonyl)-5-(2,4,5-trimethylphenyl)-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
4IBB Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DK {4-[(5R)-3-hydroxy-2-oxo-4-(thiophen-2-ylcarbonyl)-5-(2,4,5-trimethylphenyl)-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
4IBC Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	12G {4-[(2R)-3-(2-chlorobenzoyl)-2-(2-chlorophenyl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.250
4IBC Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	12G {4-[(2R)-3-(2-chlorobenzoyl)-2-(2-chlorophenyl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.250
4IBD Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DL 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-methylbenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.84 Å R-free 0.233
4IBD Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DL 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-methylbenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.84 Å R-free 0.233
4IBE Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	11Y 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-chlorobenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.233
4IBE Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	11Y 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-chlorobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.233
4IBF Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D5 (4-{(2R)-2-(4-bromothiophen-2-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}phenyl)acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.29 Å R-free 0.260
4IBF Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D5 (4-{(2R)-2-(4-bromothiophen-2-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}phenyl)acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.29 Å R-free 0.260
4IBG Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340 链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D6 {4-[(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-4-hydroxy-3-(3-methylbenzoyl)-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.41 Å R-free 0.200
4IBI Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D8 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-4-hydroxy-5-oxo-3-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.47 Å R-free 0.237
4IBI Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D8 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-4-hydroxy-5-oxo-3-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.47 Å R-free 0.237
4IBJ Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D9 3-{(5S)-3-hydroxy-2-oxo-4-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-5-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.54 Å R-free 0.229
4IBJ Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D9 3-{(5S)-3-hydroxy-2-oxo-4-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-5-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.54 Å R-free 0.229
4IBK Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DE 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.241
4IBK Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DE 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.241
4IJF Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain K222A/R225A/K248A/K251A mutant 提交 2012-12-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–340（123 aa）片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)	突变：K222A, R225A, K248A, K251A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298.15 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 2.51 Å R-free 0.254
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 20–47（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 20–47（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 20–47（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–47（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4ZTA Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide I212121 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–59（45 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367,UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；2.2M Sodium formate, 100mM NaOAc pH 4.7	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
4ZTG Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P22121 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–59（45 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59, UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 6000, 100 mM MES pH 5.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.293
4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–59（45 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 15–59（45 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
6GBO Crystal Structure of the oligomerization domain of Vp35 from Ebola virus 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 B 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 C 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 D 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 E 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 F 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.5 M Na-acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.242
6GBO Crystal Structure of the oligomerization domain of Vp35 from Ebola virus 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 H 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 I 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 J 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 K 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 L 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.5 M Na-acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.242
6GBP Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 B 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 C 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain	未记录	HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate	分辨率 3.49 Å R-free 0.281
6GBP Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 E 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 F 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain	未记录	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate	分辨率 3.49 Å R-free 0.281
6GBP Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 H 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 I 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain	未记录	HG MERCURY (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate	分辨率 3.49 Å R-free 0.281
6GBP Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 K 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 L 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain	未记录	HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate	分辨率 3.49 Å R-free 0.281
8USN Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom 提交 2023-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 1–340（340 aa）链 K 1–340（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.90 Å
8UST In-virion structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40) 提交 2023-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 1–340（340 aa）链 K 1–340（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.30 Å
9IP3 Cryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex in a compact conformation from Ebola virus 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 80–340（261 aa）链 C 80–340（261 aa）链 D 80–340（261 aa）链 E 80–340（261 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP, 6 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP35_EBOZM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–129； UniProt 218–340 作者链 B； PDB构建体 7–129； UniProt 218–340 作者链 C； PDB构建体 7–129； UniProt 218–340 作者链 D； PDB构建体 7–129； UniProt 218–340

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ije
沉积日期 deposition_date	2012-12-21
结构标题 title	Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant
关键词 keywords	IFN inhibition, polymerase cofactor, RNA binding protein, interferon antagonism, virus, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.02 Å
零角强度 I(0) i0	47337900.00
分子量 molecular_weight	54245.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68343 Å³
包络体积 envelope_volume	86546 Å³
水化壳体积 shell_volume	27871 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.9 Å
壳层 Rg shell_rg	33.16 Å
包络 Rg envelope_rg	25.85 Å
形状 Rg shape_rg	26.01 Å
总 Rg total_rg	26.86 Å
总原子数 total_atoms	3805
残基数 n_residues	496
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9067
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.102
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.591
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7528000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase cofactor VP35
分子量 formula_weight	13980.2 kDa
突变 mutation	R312A, K319A, R322A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4283

GHMGKPDISAKDLRNIMYDHLPGFGTAFHQLVQVICKLGKDSNSLDIIHAEFQASLAEGDSPQCALIQITKRVPIFQDAAPPVIHIRSRGDIPRACQKSLAPVPPSPAIDAGWVCVFQLQDGKTLGLKI

来源 Source

来源生物 organism	Zaire ebolavirus
通用名 common_name	ZEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	128952
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	351

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4ijea1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.388 — Filoviridae VP35-like
超家族 Superfamily superfamily	d.388.1 — Filoviridae VP35-like
家族 Family family	d.388.1.1 — Filoviridae VP35

结构域编号 domain_id	d4ijea2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ijeb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.388 — Filoviridae VP35-like
超家族 Superfamily superfamily	d.388.1 — Filoviridae VP35-like
家族 Family family	d.388.1.1 — Filoviridae VP35

结构域编号 domain_id	d4ijeb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ijec1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.388 — Filoviridae VP35-like
超家族 Superfamily superfamily	d.388.1 — Filoviridae VP35-like
家族 Family family	d.388.1.1 — Filoviridae VP35

结构域编号 domain_id	d4ijec2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ijed1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.388 — Filoviridae VP35-like
超家族 Superfamily superfamily	d.388.1 — Filoviridae VP35-like
家族 Family family	d.388.1.1 — Filoviridae VP35

结构域编号 domain_id	d4ijed2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4ijeA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	950 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain

结构域编号 domain_id	4ijeA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain

结构域编号 domain_id	4ijeB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	950 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain

结构域编号 domain_id	4ijeB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain

结构域编号 domain_id	4ijeC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	950 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain

结构域编号 domain_id	4ijeC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain

结构域编号 domain_id	4ijeD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	950 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain

结构域编号 domain_id	4ijeD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.012 Å
晶胞边长 b length_b	81.012 Å
晶胞边长 c length_c	344.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.899 Å
最低分辨率 resolution_low	33.096 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1933
R_free r_free	0.2283

fit	/app/data/saxs_computation/ij/4ije/4ije.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ij/4ije/4ije.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ij/4ije/4ije.dat