4iru

Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LepB

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） ACETATE ION × 4 GLYCEROL × 7 POTASSIUM ION × 5 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） ACETATE ION × 8 GLYCEROL × 1 POTASSIUM ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZSM7_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–299； UniProt 326–623 作者链 C； PDB构建体 2–299； UniProt 326–623 作者链 E； PDB构建体 2–299； UniProt 326–623

Ras-related protein Rab-1A

Homo sapiens

UniProt P62820

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	LepB × 1 （Q5ZSM7） ACETATE ION × 4 GLYCEROL × 7 POTASSIUM ION × 5 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	LepB × 1 （Q5ZSM7） ACETATE ION × 8 GLYCEROL × 1 POTASSIUM ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	LepB × 1 （Q5ZSM7） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 11–184； UniProt 4–177 作者链 D； PDB构建体 11–184； UniProt 4–177 作者链 F； PDB构建体 11–184； UniProt 4–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4iru
沉积日期 deposition_date	2013-01-15
结构标题 title	Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3
关键词 keywords	;Arginine finger, Glutamate finger, P-loop motif, Nucleotide binding, Intrinsic GTPase activity, GTP hydrolysis, GTP hydrolysis activator, GTPase activating protein (GAP), Protein transport, HYDROLASE-HYDROLASE complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4iru__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4iru__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4iru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.56 Å
Rg（电子密度）	23.83 Å
总 Rg	24.79 Å
原子数	3823
残基数	460
排除体积	68971 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4iru__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4iru__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4iru__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LepB
分子量 formula_weight	33916.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	11410

SLKPLTLLMTSSTSFSETINQWADILKTTDMEKFSFDSNPINLLELVKQFNLYVDELAITCEANNVWAKERIDSTPNLFALYDNSGGEAIHGHAFVPYYKESIVLRRLFTVDPNTFNLSRFAAFEGPCQLYCKEHKDSAWVKIQTLLTLGNGIINTLKIIKQAQAFGIDEAVTENLKALKEQFIAFQLAEADIKESLKAPSFAEPLPNKESEFFYPIDEKALAKMNGYQLATICLEELNSPKPSPLIERILSNKKFWKRINSAFESGVFKGRTDDPAGKIAKIREWHQLLQISGKKTAG

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-1A
分子量 formula_weight	21175.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MGHHHHHHGSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	4iruA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 —

结构域编号 domain_id	4iruA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 —

结构域编号 domain_id	4iruB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4iruC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 —

结构域编号 domain_id	4iruC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 —

结构域编号 domain_id	4iruD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4iruE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 —

结构域编号 domain_id	4iruE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 —

结构域编号 domain_id	4iruF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	139.404 Å
晶胞边长 b length_b	139.404 Å
晶胞边长 c length_c	384.519 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	43.010 Å
R 因子 r_factor	0.2325
R_work r_work	0.2295
R_free r_free	0.2881

Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LepB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rab-1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4iru__assembly_1__model_1

4iru__assembly_1__model_1 | I(q)

4iru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LepB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ras-related protein Rab-1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4iru__assembly_1__model_1

4iru__assembly_1__model_1 | I(q)

4iru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)