SAXSdb — 4iru

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LepB

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 326–623	片段：LepB GAP domain, catalytic core 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 7 K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.288
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 326–623	片段：LepB GAP domain, catalytic core 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） ACT ACETATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.288
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 326–623	片段：LepB GAP domain, catalytic core 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4IRU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4I1M Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 317–618（302 aa）片段：GAP domain (UNP residues 317-618)	突变：K457A, E458A, K460A	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 0.75 M lithium chloride, 6% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.238
4I1M Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 317–618（302 aa）片段：GAP domain (UNP residues 317-618)	突变：K457A, E458A, K460A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 0.75 M lithium chloride, 6% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.238
4I1M Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 317–618（302 aa）片段：GAP domain (UNP residues 317-618)	突变：K457A, E458A, K460A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 0.75 M lithium chloride, 6% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.238
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 317–618（302 aa）片段：GAP domain (UNP residues 317-618)	突变：K457A, E458A, K460A	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 317–618（302 aa）片段：GAP domain (UNP residues 317-618)	突变：K457A, E458A, K460A	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 317–618（302 aa）片段：GAP domain (UNP residues 317-618)	突变：K457A, E458A, K460A	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
4I1O Crystal structure of the Legionella pneumophila GAP domain of LepB in complex with Rab1b bound to GDP and BeF3 提交 2012-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 317–618（302 aa）片段：GAP domain (UNP residues 317-618)	突变：K457A, E458A, K460A	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 0.2 M magnesium chloride, 17% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZSM7_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–299； UniProt 326–623 作者链 C； PDB构建体 2–299； UniProt 326–623 作者链 E； PDB构建体 2–299； UniProt 326–623

Ras-related protein Rab-1A

Homo sapiens

UniProt P62820

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 4–177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	LepB × 1 （Q5ZSM7） ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 7 K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.288
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 4–177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	LepB × 1 （Q5ZSM7） ACT ACETATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.288
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 4–177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	LepB × 1 （Q5ZSM7） MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；12% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.2M potassium acetate, 0.002M aluminium chloride, 0.02M sodium fluoride, 0.01M 2-mercaptoethanol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4IRU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FOL Crystal structure of human RAB1A in complex with GDP 提交 2006-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–176（172 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% PEG3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.63 Å R-free 0.252
2WWX Crystal structure of the SidM/DrrA(GEF/GDF domain)-Rab1(GTPase domain) complex 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–178（175 aa）片段：GTPASE DOMAIN, RESIDUES 4-178	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–177（177 aa）片段：small GTPase domain, residues 1-177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.266
3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–177（177 aa）片段：small GTPase domain, residues 1-177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.266
3SFV Crystal structure of the GDP-bound Rab1a S25N mutant in complex with the coiled-coil domain of LidA from Legionella pneumophila 提交 2011-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–176（176 aa）片段：residues 1-176	突变：S25N	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；293 K；28% Jeffamin ED-2001, 0.1M sodium citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.73 Å R-free 0.228
3TKL Crystal structure of the GTP-bound Rab1a in complex with the coiled-coil domain of LidA from Legionella pneumophila 提交 2011-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）片段：UNP residues 1-191	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 25% PEG3350, 0.7% butanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.18 Å R-free 0.252
4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–176（171 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 6–176（171 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 6–176（171 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
4FMB VirA-Rab1 complex structure 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 6–176（171 aa）链 D 6–176（171 aa）链 F 6–176（171 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；298 K；0.8 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
4FMC EspG-Rab1 complex 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–176（171 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；20% PEG3350 and 0.1 M potassium sodium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
4FMC EspG-Rab1 complex 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 6–176（171 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；20% PEG3350 and 0.1 M potassium sodium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
4FMC EspG-Rab1 complex 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 14–115（102 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；20% PEG3350 and 0.1 M potassium sodium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
4FMD EspG-Rab1 complex structure at 3.05 A 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–176（171 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；20% PEG3350, 0.1 M trisodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.05 Å R-free 0.266
4FMD EspG-Rab1 complex structure at 3.05 A 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 6–176（171 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；20% PEG3350, 0.1 M trisodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.05 Å R-free 0.266
4FMD EspG-Rab1 complex structure at 3.05 A 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 13–176（164 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；20% PEG3350, 0.1 M trisodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.05 Å R-free 0.266
4FME EspG-Rab1-Arf6 complex 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 6–176（171 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；298 K；8% PEG8000, 0.1 M NaKPO4 (pH 6.2), and 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.10 Å R-free 0.249
4FME EspG-Rab1-Arf6 complex 提交 2012-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 6–176（171 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；298 K；8% PEG8000, 0.1 M NaKPO4 (pH 6.2), and 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.10 Å R-free 0.249
4JVS Crystal structure of LepB GAP domain from Legionella drancourtii in complex with Rab1-GDP and AlF3 提交 2013-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–177（177 aa）片段：UNP residues 1-177	未记录	ACY ACETIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；298 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris, 25%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 298.0K	分辨率 2.78 Å R-free 0.265
7EQ2 Crystal structure of GDP-bound Rab1a-T75D 提交 2021-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–176（176 aa）	突变：T75D	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291.15 K；40mM Lithium chloride, 20mM Magnesium chloride hexahydrate, 80mM NaCl, 2mM Hexammine cobalt(III) chloride, 40mM Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 1.55 Å R-free 0.185
7EQ2 Crystal structure of GDP-bound Rab1a-T75D 提交 2021-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–176（176 aa）	突变：T75D	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CAC CACODYLATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；291.15 K；40mM Lithium chloride, 20mM Magnesium chloride hexahydrate, 80mM NaCl, 2mM Hexammine cobalt(III) chloride, 40mM Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 1.55 Å R-free 0.185
9MHF Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L) 提交 2024-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–205（205 aa）	突变：Q70L	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
9MHG Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation 提交 2024-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–205（205 aa）	突变：Q70L	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05% cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；100% humidity, 3 s wait time, blot force -15	分辨率 3.20 Å
9MHH PI3KC3-C1 in complex with RAB1A. VPS34 kinase domain active conformation 提交 2024-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–205（205 aa）	突变：Q70L	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05% cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

共 14 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 11–184； UniProt 4–177 作者链 D； PDB构建体 11–184； UniProt 4–177 作者链 F； PDB构建体 11–184； UniProt 4–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4iru
沉积日期 deposition_date	2013-01-15
结构标题 title	Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3
关键词 keywords	;Arginine finger, Glutamate finger, P-loop motif, Nucleotide binding, Intrinsic GTPase activity, GTP hydrolysis, GTP hydrolysis activator, GTPase activating protein (GAP), Protein transport, HYDROLASE-HYDROLASE complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.31 Å
零角强度 I(0) i0	376904000.00
分子量 molecular_weight	162590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	204510 Å³
包络体积 envelope_volume	274530 Å³
水化壳体积 shell_volume	55545 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.7 Å
壳层 Rg shell_rg	46.59 Å
包络 Rg envelope_rg	40.67 Å
形状 Rg shape_rg	41.26 Å
总 Rg total_rg	41.75 Å
总原子数 total_atoms	11376
残基数 n_residues	1379
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.3 Å
Rg (实空间) rg_real	41.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	376900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6843
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.133
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.679
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.947

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LepB
分子量 formula_weight	33916.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	11410

SLKPLTLLMTSSTSFSETINQWADILKTTDMEKFSFDSNPINLLELVKQFNLYVDELAITCEANNVWAKERIDSTPNLFALYDNSGGEAIHGHAFVPYYKESIVLRRLFTVDPNTFNLSRFAAFEGPCQLYCKEHKDSAWVKIQTLLTLGNGIINTLKIIKQAQAFGIDEAVTENLKALKEQFIAFQLAEADIKESLKAPSFAEPLPNKESEFFYPIDEKALAKMNGYQLATICLEELNSPKPSPLIERILSNKKFWKRINSAFESGVFKGRTDDPAGKIAKIREWHQLLQISGKKTAG

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-1A
分子量 formula_weight	21175.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MGHHHHHHGSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	4iruA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 —

结构域编号 domain_id	4iruA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 —

结构域编号 domain_id	4iruB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4iruC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 —

结构域编号 domain_id	4iruC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 —

结构域编号 domain_id	4iruD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4iruE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 —

结构域编号 domain_id	4iruE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 —

结构域编号 domain_id	4iruF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	139.404 Å
晶胞边长 b length_b	139.404 Å
晶胞边长 c length_c	384.519 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	43.010 Å
R 因子 r_factor	0.2325
R_work r_work	0.2295
R_free r_free	0.2881

fit	/app/data/saxs_computation/ir/4iru/4iru.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ir/4iru/4iru.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ir/4iru/4iru.dat

Crystal Structure of lepB GAP core in a transition state mimetic complex with Rab1A and ALF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LepB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rab-1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)