4iyp

structure of the nPP2Ac-alpha4 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt P78318

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–234 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;291 K;12-15% PEG3350 (v/v), 0.3 M Na/K tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.80 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGBP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–222; UniProt 2–234

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 6–153 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Immunoglobulin-binding protein 1 × 1 (P78318) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;291 K;12-15% PEG3350 (v/v), 0.3 M Na/K tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.80 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–151; UniProt 6–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4iyp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4iyp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4iyp
沉积日期 deposition_date2013-01-29
结构标题 titlestructure of the nPP2Ac-alpha4 complex
关键词 keywordsalpha4, PP2A, latency, helix motif, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.87
零角强度 I(0) i025480700.00
分子量 molecular_weight38307.0 kDa
排除体积 excluded_volume47774 ų
包络体积 envelope_volume62519 ų
水化壳体积 shell_volume23429 ų
包络直径 envelope_diameter99.9
壳层 Rg shell_rg29.07
包络 Rg envelope_rg23.71
形状 Rg shape_rg22.79
总 Rg total_rg23.90
总原子数 total_atoms2674
残基数 n_residues317
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.7
Rg (实空间) rg_real23.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02
I(0) (实空间) i0_real2.5480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25480000.0000
解质量估计 total_estimate0.7608
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.9
偏度 Skewness skewness0.569
峰度 Kurtosis kurtosis0.259
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5863000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.419; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.641; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4iypA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily540 — TAP42-like family

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)