4j3o

Crystal structure of the FimD usher traversed by the pilus tip complex assembly composed of FimC:FimF:FimG:FimH

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein FimG

Escherichia coli

UniProt P08190

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 24–167 片段:UNP residues 24-167 Protein FimH × 1 (P08191) Chaperone protein FimC × 1 (P31697) Protein FimF × 1 (P08189) Outer membrane usher protein FimD × 1 (P30130) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.6-2.0M sodium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.80 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMG_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–144; UniProt 24–167

Protein FimH

Escherichia coli

UniProt P08191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 22–300 片段:UNP residues 22-300 Protein FimG × 1 (P08190) Chaperone protein FimC × 1 (P31697) Protein FimF × 1 (P08189) Outer membrane usher protein FimD × 1 (P30130) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.6-2.0M sodium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.80 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMH_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–279; UniProt 22–300

Chaperone protein FimC

Escherichia coli

UniProt P31697

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 37–241 片段:UNP residues 37-241 Protein FimG × 1 (P08190) Protein FimH × 1 (P08191) Protein FimF × 1 (P08189) Outer membrane usher protein FimD × 1 (P30130) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.6-2.0M sodium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.80 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMC_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–205; UniProt 37–241

Protein FimF

Escherichia coli

UniProt P08189

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 23–176 片段:UNP residues 21-176 Protein FimG × 1 (P08190) Protein FimH × 1 (P08191) Chaperone protein FimC × 1 (P31697) Outer membrane usher protein FimD × 1 (P30130) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.6-2.0M sodium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.80 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMF_ECOLI
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–154; UniProt 23–176

Outer membrane usher protein FimD

Escherichia coli

UniProt P30130

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 46–878 片段:UNP residues 46-878 Protein FimG × 1 (P08190) Protein FimH × 1 (P08191) Chaperone protein FimC × 1 (P31697) Protein FimF × 1 (P08189) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.6-2.0M sodium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.80 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMD_ECOLI
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–833; UniProt 46–878

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4j3o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4j3o
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4j3o
沉积日期 deposition_date2013-02-06
结构标题 titleCrystal structure of the FimD usher traversed by the pilus tip complex assembly composed of FimC:FimF:FimG:FimH
关键词 keywords;beta barrel, immunglobuline-like fold, type 1 pilus assembly, pilus subunit translocation, adhesion, D-Mannose-binding, bacterial outer membrane, CELL ADHESION-CHAPERONE-MEMBRANE PROTEIN complex ;; CELL ADHESION/CHAPERONE/MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.48
零角强度 I(0) i0433963000.00
分子量 molecular_weight166450.0 kDa
排除体积 excluded_volume206710 ų
包络体积 envelope_volume299180 ų
水化壳体积 shell_volume60507 ų
包络直径 envelope_diameter185.5
壳层 Rg shell_rg44.52
包络 Rg envelope_rg46.94
形状 Rg shape_rg46.47
总 Rg total_rg46.42
总原子数 total_atoms11732
残基数 n_residues1554
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.6
Rg (实空间) rg_real41.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real4.1400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal433500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7190
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.8
偏度 Skewness skewness0.520
峰度 Kurtosis kurtosis-0.139
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.2050
最高正则化参数 α highest_alpha39020000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 0.970; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.797

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id4j3oC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4j3oC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4j3oD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — PapC, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4j3oD03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3110 — Outer membrane usher protein
结构域编号 domain_id4j3oD04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2610 — Outer membrane usher protein FimD, plug domain
结构域编号 domain_id4j3oD05
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2070 — PapC, C-terminal domain
结构域编号 domain_id4j3oF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id4j3oG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id4j3oH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id4j3oH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)