4j9f

Crystal structure of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P0

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase ABL1

Homo sapiens

UniProt P00519

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 60–121 片段:SH3 domain (unp residues 60-121) P0 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;298 K;2M Ammonium sulphate, 5% PEG300, 0.05M Litium Formate, 10 % glycerol, 0.1M MOPS , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 1.09 Å R-free 0.169
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 60–121 片段:SH3 domain (unp residues 60-121) P0 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;298 K;2M Ammonium sulphate, 5% PEG300, 0.05M Litium Formate, 10 % glycerol, 0.1M MOPS , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 1.09 Å R-free 0.169
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 60–121 片段:SH3 domain (unp residues 60-121) P0 × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;298 K;2M Ammonium sulphate, 5% PEG300, 0.05M Litium Formate, 10 % glycerol, 0.1M MOPS , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 1.09 Å R-free 0.169

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、154 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ABL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–63; UniProt 60–121 作者链 C; PDB构建体 2–63; UniProt 60–121 作者链 E; PDB构建体 2–63; UniProt 60–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4j9f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4j9f
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4j9f
沉积日期 deposition_date2013-02-16
结构标题 titleCrystal structure of the Abl-SH3 domain complexed with the high affinity peptide P0
关键词 keywordsbeta shandwich, SH3 domain, kinase, poly proline rich motifs, Transferase, Transferase-unknown function complex; Transferase/unknown function
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.28
零角强度 I(0) i09732250.00
分子量 molecular_weight23304.0 kDa
排除体积 excluded_volume29134 ų
包络体积 envelope_volume36118 ų
水化壳体积 shell_volume16086 ų
包络直径 envelope_diameter64.5
壳层 Rg shell_rg24.95
包络 Rg envelope_rg19.08
形状 Rg shape_rg19.23
总 Rg total_rg20.31
总原子数 total_atoms2889
残基数 n_residues209
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.7
Rg (实空间) rg_real20.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real9.7320e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9732000.0000
解质量估计 total_estimate0.9055
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.5
偏度 Skewness skewness0.054
峰度 Kurtosis kurtosis-0.713
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3084000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.975

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4j9fa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain
结构域编号 domain_idd4j9fc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain
结构域编号 domain_idd4j9fe_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4j9fA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id4j9fC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id4j9fE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)