4ko7

Investigating the functional significance of the interlocked pair structural determinants in Pseudomonas aeruginosa azurin (V31I/W48F/V95I)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Azurin

Pseudomonas aeruginosa

UniProt P00282

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–148 片段:UNP residues 21-148 突变:V31I/W48F/V95I CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;100 mM Tris-HCl, 100 mM lithium nitrate, 10 mM copper sulfate, 30% PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.07 Å R-free 0.266
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–148 片段:UNP residues 21-148 突变:V31I/W48F/V95I CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;100 mM Tris-HCl, 100 mM lithium nitrate, 10 mM copper sulfate, 30% PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.07 Å R-free 0.266
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–148 片段:UNP residues 21-148 突变:V31I/W48F/V95I CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;100 mM Tris-HCl, 100 mM lithium nitrate, 10 mM copper sulfate, 30% PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.07 Å R-free 0.266
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 21–148 片段:UNP residues 21-148 突变:V31I/W48F/V95I CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;100 mM Tris-HCl, 100 mM lithium nitrate, 10 mM copper sulfate, 30% PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.07 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、267 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AZUR_PSEAE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 B; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 C; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 D; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ko7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ko7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ko7
沉积日期 deposition_date2013-05-11
结构标题 titleInvestigating the functional significance of the interlocked pair structural determinants in Pseudomonas aeruginosa azurin (V31I/W48F/V95I)
关键词 keywordscupredoxin fold, computational protein design, copper binding, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.97
零角强度 I(0) i055594900.00
分子量 molecular_weight55913.0 kDa
排除体积 excluded_volume69187 ų
包络体积 envelope_volume84452 ų
水化壳体积 shell_volume28530 ų
包络直径 envelope_diameter80.9
壳层 Rg shell_rg31.66
包络 Rg envelope_rg25.05
形状 Rg shape_rg24.96
总 Rg total_rg25.73
总原子数 total_atoms3892
残基数 n_residues512
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.0
Rg (实空间) rg_real25.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49
I(0) (实空间) i0_real5.5590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal55600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9117
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.1
偏度 Skewness skewness0.161
峰度 Kurtosis kurtosis-0.512
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6363000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.973

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4ko7a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd4ko7b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd4ko7c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd4ko7d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4ko7A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id4ko7B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id4ko7C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id4ko7D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)