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4kr1

Crystal structure of the kinetechore protein Iml3 from budding yeast

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Central kinetochore subunit IML3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38265

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–245 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；3M Sodium formate, 100mM Cesium chloride, 3% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K 分辨率 2.50 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4KR1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4IT3 Crystal Structure of Iml3 from S. cerevisiae 提交 2013-01-17 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–245（245 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；3.75 M sodium formate, 4% 2,5-diaminopentane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.256
4JE3 An Iml3-Chl4 heterodimer links the core centromere to factors required for accurate chromosome segregation 提交 2013-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–242（242 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；291 K；0.35 M lithium citrate, pH 9, 25% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.28 Å R-free 0.211
6NUW Yeast Ctf19 complex 提交 2019-02-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 B 1–245（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 L 2–242（241 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.15 Å
6QLE Structure of inner kinetochore CCAN complex 提交 2019-01-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 L 1–245（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
6QLF Structure of inner kinetochore CCAN complex with mask1 提交 2019-01-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 L 1–245（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 L 1–245（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric
链 L 1–245（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric
链 L 1–245（245 aa）
链 LL 1–245（245 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IML3_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–247； UniProt 1–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4kr1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4kr1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4kr1
沉积日期 deposition_date2013-05-16
结构标题 titleCrystal structure of the kinetechore protein Iml3 from budding yeast
关键词 keywordschromosome segregation, kinetochore protein, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.23 Å
零角强度 I(0) i010332600.00
分子量 molecular_weight24229.0 kDa
排除体积 excluded_volume30329 ų
包络体积 envelope_volume35457 ų
水化壳体积 shell_volume16754 ų
包络直径 envelope_diameter65.5 Å
壳层 Rg shell_rg23.87 Å
包络 Rg envelope_rg18.51 Å
形状 Rg shape_rg18.28 Å
总 Rg total_rg18.98 Å
总原子数 total_atoms1675
残基数 n_residues210
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.5 Å
Rg (实空间) rg_real19.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10330000.0000
解质量估计 total_estimate0.7967
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.3 Å
偏度 Skewness skewness0.356
峰度 Kurtosis kurtosis-0.249
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2395000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)