SAXSdb — 4krf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein argonaute-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	;RNA (5'-R(PUPGPAPGPGPUPAPGPUPAPGPGPUPUPGPUPAPUPAPGPUPU)-3') ; × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AGO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–858； UniProt 1–857

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4krf
沉积日期 deposition_date	2013-05-16
结构标题 title	Structure of Human Argonaute-1 let-7 complex
关键词 keywords	eukaryotic Argonaute, GENE REGULATION, RNAi, Slicer, TRANSCRIPTION-RNA complex; TRANSCRIPTION/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4krf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4krf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4krf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.86 Å
Rg（电子密度）	30.34 Å
总 Rg	31.00 Å
原子数	6839
残基数	829
排除体积	121580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4krf__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein argonaute-1
分子量 formula_weight	97420.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7206

AMEAGPSGAAAGAYLPPLQQVFQAPRRPGIGTVGKPIKLLANYFEVDIPKIDVYHYEVDIKPDKCPRRVNREVVEYMVQHFKPQIFGDRKPVYDGKKNIYTVTALPIGNERVDFEVTIPGEGKDRIFKVSIKWLAIVSWRMLHEALVSGQIPVPLESVQALDVAMRHLASMRYTPVGRSFFSPPEGYYHPLGGGREVWFGFHQSVRPAMWKMMLNIDVSATAFYKAQPVIEFMCEVLDIRNIDEQPKPLTDSQRVRFTKEIKGLKVEVTHCGQMKRKYRVCNVTRRPASHQTFPLQLESGQTVECTVAQYFKQKYNLQLKYPHLPCLQVGQEQKHTYLPLEVCNIVAGQRCIKKLTDNQTSTMIKATARSAPDRQEEISRLMKNASYNLDPYIQEFGIKVKDDMTEVTGRVLPAPILQYGGRNRAIATPNQGVWDMRGKQFYNGIEIKVWAIACFAPQKQCREEVLKNFTDQLRKISKDAGMPIQGQPCFCKYAQGADSVEPMFRHLKNTYSGLQLIIVILPGKTPVYAEVKRVGDTLLGMATQCVQVKNVVKTSPQTLSNLCLKINVKLGGINNILVPHQRSAVFQQPVIFLGADVTHPPAGDGKKPSITAVVGSMDAHPSRYCATVRVQRPRQEIIEDLSYMVRELLIQFYKSTRFKPTRIIFYRDGVPEGQLPQILHYELLAIRDACIKLEKDYQPGITYIVVQKRHHTRLFCADKNERIGKSGNIPAGTTVDTNITHPFEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYYVLWDDNRFTADELQILTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYARLVAFRARYHLVDKEHDSGEGSHISGQSNGRDPQALAKAVQVHQDTLRTMYFA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPGPAPGPGPUPAPGPUPAPGPGPUPUPGPUPAPUPAPGPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	7118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	367

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4krfa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.14 — PAZ domain
家族 Family family	b.34.14.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4krfa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.44 — Phosphotyrosine protein phosphatases I-like
超家族 Superfamily superfamily	c.44.3 — PIWI domain N-terminal-like
家族 Family family	c.44.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4krfa3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4krfA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — paz domain

结构域编号 domain_id	4krfA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	4krfA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

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晶胞边长 a length_a	70.390 Å
晶胞边长 b length_b	97.730 Å
晶胞边长 c length_c	72.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.101 Å
最低分辨率 resolution_low	40.568 Å
R 因子 r_factor	0.1772
R_work r_work	0.1755
R_free r_free	0.2173

Structure of Human Argonaute-1 let-7 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein argonaute-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4krf__assembly_1__model_1

4krf__assembly_1__model_1 | I(q)

4krf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Human Argonaute-1 let-7 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein argonaute-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4krf__assembly_1__model_1

4krf__assembly_1__model_1 | I(q)

4krf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)