4l76

Ca2+-bound E212Q mutant MthK RCK domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium-gated potassium channel MthK

Methanothermobacter thermautotrophicus

UniProt O27564

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 107–336 链 B; UniProt 107–336 片段:RCK domain (UNP residues 107-336) 突变:E212Q CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.8;295 K;8% PEG4000, 1 M ammonium formate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, 0.2 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.99 Å R-free 0.263
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 107–336 链 D; UniProt 107–336 片段:RCK domain (UNP residues 107-336) 突变:E212Q CA CALCIUM ION × 5 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.8;295 K;8% PEG4000, 1 M ammonium formate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, 0.2 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.99 Å R-free 0.263
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 107–336 链 F; UniProt 107–336 片段:RCK domain (UNP residues 107-336) 突变:E212Q CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.8;295 K;8% PEG4000, 1 M ammonium formate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, 0.2 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.99 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、74 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTHK_METTH
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–230; UniProt 107–336 作者链 B; PDB构建体 1–230; UniProt 107–336 作者链 C; PDB构建体 1–230; UniProt 107–336 作者链 D; PDB构建体 1–230; UniProt 107–336 作者链 E; PDB构建体 1–230; UniProt 107–336 作者链 F; PDB构建体 1–230; UniProt 107–336

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4l76

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4l76
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4l76
沉积日期 deposition_date2013-06-13
结构标题 titleCa2+-bound E212Q mutant MthK RCK domain
关键词 keywordsRossmann Fold, regulatory domain, calcium binding, membrane-associated, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.93
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.34
零角强度 I(0) i0332771000.00
分子量 molecular_weight145800.0 kDa
排除体积 excluded_volume181880 ų
包络体积 envelope_volume238690 ų
水化壳体积 shell_volume54734 ų
包络直径 envelope_diameter118.9
壳层 Rg shell_rg42.77
包络 Rg envelope_rg35.86
形状 Rg shape_rg36.36
总 Rg total_rg36.68
总原子数 total_atoms10217
残基数 n_residues1340
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.1
Rg (实空间) rg_real36.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96
I(0) (实空间) i0_real3.3280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal332800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8835
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.6
偏度 Skewness skewness0.347
峰度 Kurtosis kurtosis-0.431
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha56760000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.919

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 35 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

结构域编号 domain_idd4l76a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.9 — Potassium channel NAD-binding domain
结构域编号 domain_idd4l76a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.286 — TrkA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.286.1 — TrkA C-terminal domain-like
家族 Family familyd.286.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4l76a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4l76b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.9 — Potassium channel NAD-binding domain
结构域编号 domain_idd4l76b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.286 — TrkA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.286.1 — TrkA C-terminal domain-like
家族 Family familyd.286.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4l76b3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4l76c1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.9 — Potassium channel NAD-binding domain
结构域编号 domain_idd4l76c2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.286 — TrkA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.286.1 — TrkA C-terminal domain-like
家族 Family familyd.286.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4l76d1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.9 — Potassium channel NAD-binding domain
结构域编号 domain_idd4l76d2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.286 — TrkA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.286.1 — TrkA C-terminal domain-like
家族 Family familyd.286.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4l76d3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4l76e1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.9 — Potassium channel NAD-binding domain
结构域编号 domain_idd4l76e2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.286 — TrkA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.286.1 — TrkA C-terminal domain-like
家族 Family familyd.286.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4l76e3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4l76f1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.9 — Potassium channel NAD-binding domain
结构域编号 domain_idd4l76f2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.286 — TrkA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.286.1 — TrkA C-terminal domain-like
家族 Family familyd.286.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4l76f3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id4l76A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id4l76A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily870 — Voltage-gated potassium channel
结构域编号 domain_id4l76A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1450 — Regulator of K+ conductance, C-terminal domain
结构域编号 domain_id4l76B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id4l76B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily870 — Voltage-gated potassium channel
结构域编号 domain_id4l76B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1450 — Regulator of K+ conductance, C-terminal domain
结构域编号 domain_id4l76C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id4l76C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily870 — Voltage-gated potassium channel
结构域编号 domain_id4l76C03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1450 — Regulator of K+ conductance, C-terminal domain
结构域编号 domain_id4l76D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id4l76D02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily870 — Voltage-gated potassium channel
结构域编号 domain_id4l76D03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1450 — Regulator of K+ conductance, C-terminal domain
结构域编号 domain_id4l76E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id4l76E02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily870 — Voltage-gated potassium channel
结构域编号 domain_id4l76E03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1450 — Regulator of K+ conductance, C-terminal domain
结构域编号 domain_id4l76F01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id4l76F02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily870 — Voltage-gated potassium channel
结构域编号 domain_id4l76F03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1450 — Regulator of K+ conductance, C-terminal domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)