4lyl

Crystal structure of uracil-DNA glycosylase from cod (Gadus morhua) in complex with the proteinaceous inhibitor UGI

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

Gadus morhua

UniProt Q9I983

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 (P14739) water × 2 与蛋白数一致
10 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 2 (P14739) water × 4 与蛋白数一致
11 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 2 (P14739) water × 4 与蛋白数一致
12 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 2 (P14739) water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 (P14739) water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 (P14739) water × 2 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 (P14739) water × 2 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 (P14739) water × 2 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 (P14739) water × 2 与蛋白数一致
7 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 (P14739) water × 2 与蛋白数一致
8 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 (P14739) water × 2 与蛋白数一致
9 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 2 (P14739) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9I983_GADMO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–223; UniProt 82–301 作者链 C; PDB构建体 4–223; UniProt 82–301 作者链 E; PDB构建体 4–223; UniProt 82–301 作者链 G; PDB构建体 4–223; UniProt 82–301 作者链 I; PDB构建体 4–223; UniProt 82–301 作者链 K; PDB构建体 4–223; UniProt 82–301 作者链 M; PDB构建体 4–223; UniProt 82–301 作者链 O; PDB构建体 4–223; UniProt 82–301

Uracil-DNA glycosylase inhibitor

Bacillus phage PBS2

UniProt P14739

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (Q9I983) water × 2 与蛋白数一致
10 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Uracil-DNA glycosylase × 2 (Q9I983) water × 4 与蛋白数一致
11 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Uracil-DNA glycosylase × 2 (Q9I983) water × 4 与蛋白数一致
12 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Uracil-DNA glycosylase × 2 (Q9I983) water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (Q9I983) water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (Q9I983) water × 2 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (Q9I983) water × 2 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (Q9I983) water × 2 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (Q9I983) water × 2 与蛋白数一致
7 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (Q9I983) water × 2 与蛋白数一致
8 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (Q9I983) water × 2 与蛋白数一致
9 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Uracil-DNA glycosylase × 2 (Q9I983) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UNGI_BPPB2
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84 作者链 D; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84 作者链 F; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84 作者链 H; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84 作者链 J; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84 作者链 L; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84 作者链 N; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84 作者链 P; PDB构建体 1–84; UniProt 1–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4lyl
沉积日期 deposition_date2013-07-31
结构标题 titleCrystal structure of uracil-DNA glycosylase from cod (Gadus morhua) in complex with the proteinaceous inhibitor UGI
关键词 keywordsALPHA/BETA FOLD, HYDROLYSIS, INTRACELLULAR, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4lyl__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4lyl__assembly_7__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4lyl__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)20.20 Å
Rg(电子密度)18.97 Å
总 Rg19.97 Å
原子数2434
残基数305
排除体积43272 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4lyl__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4lyl__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 4lyl__assembly_3__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 4lyl__assembly_4__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 4lyl__assembly_5__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 4lyl__assembly_6__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 4lyl__assembly_7__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 4lyl__assembly_8__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 4lyl__assembly_9__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 4lyl__assembly_10__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 4lyl__assembly_11__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 4lyl__assembly_12__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_idd4lyla1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd4lyla2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4lylb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family familyd.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
结构域编号 domain_idd4lylc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd4lylc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4lyld_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family familyd.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
结构域编号 domain_idd4lyle1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd4lyle2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4lylf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family familyd.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
结构域编号 domain_idd4lylg1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd4lylg2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4lylh_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family familyd.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
结构域编号 domain_idd4lyli1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd4lyli2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4lylj_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family familyd.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
结构域编号 domain_idd4lylk1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd4lylk2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4lyll_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family familyd.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
结构域编号 domain_idd4lylm1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd4lylm2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4lyln_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family familyd.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
结构域编号 domain_idd4lylo1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd4lylo2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4lylp_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family familyd.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id4lylA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id4lylB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor
结构域编号 domain_id4lylC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id4lylD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor
结构域编号 domain_id4lylE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id4lylF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor
结构域编号 domain_id4lylG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id4lylH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor
结构域编号 domain_id4lylI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id4lylJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor
结构域编号 domain_id4lylK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id4lylL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor
结构域编号 domain_id4lylM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id4lylN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor
结构域编号 domain_id4lylO00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id4lylP00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor
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7. 引用文献 (1)