4n90

Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 168.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 T； UniProt 57–182	片段：UNP residues 57-182	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10 × 1 （P50591） Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 S； UniProt 57–182	片段：UNP residues 57-182	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10 × 1 （P50591） Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 57–182	片段：UNP residues 57-182	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10 × 1 （P50591） Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4N90	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D0G CRYSTAL STRUCTURE OF DEATH RECEPTOR 5 (DR5) BOUND TO APO2L/TRAIL 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 54–183（130 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN RESIDUES 1-130 链 S 54–183（130 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN RESIDUES 1-130 链 T 54–183（130 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN RESIDUES 1-130	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；15% Peg8K, 10% ethylene glycol, 0.2M ammonium sulface, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 54–183（130 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 B 54–183（130 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 C 54–183（130 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 54–183（130 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 H 54–183（130 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 I 54–183（130 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
1ZA3 The crystal structure of the YSd1 Fab bound to DR5 提交 2005-04-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 54–183（130 aa）片段：Extra-cellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；292 K；20% PEG 8000, 0.2M MgAcetate, 0.1M NaCacodylate pH 6.2-6.6, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.35 Å R-free 0.280
1ZA3 The crystal structure of the YSd1 Fab bound to DR5 提交 2005-04-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 54–183（130 aa）片段：Extra-cellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；292 K；20% PEG 8000, 0.2M MgAcetate, 0.1M NaCacodylate pH 6.2-6.6, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.35 Å R-free 0.280
2H9G Crystal structure of phage derived Fab BdF1 with human Death Receptor 5 (DR5) 提交 2006-06-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 54–183（130 aa）片段：extra cellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well solution supplemented with 20% PEG 200., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.32 Å R-free 0.282
2H9G Crystal structure of phage derived Fab BdF1 with human Death Receptor 5 (DR5) 提交 2006-06-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 54–183（130 aa）片段：extra cellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well solution supplemented with 20% PEG 200., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.32 Å R-free 0.282
3X3F TRAIL-R2 Extracellular Region Complexed to a Fab fragment from Human Agonist Antibody KMTR2 提交 2015-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 54–184（131 aa）片段：UNP residues 54-184	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；7.5% PEG 3350, 75mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
4I9X Crystal structure of human cytomegalovirus glycoprotein UL141 targeting the death receptor TRAIL-R2 提交 2012-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 58–184（127 aa）片段：TRAIL-R2, UNP residues 58-184 链 D 58–184（127 aa）片段：TRAIL-R2, UNP residues 58-184	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295.15 K；20% PEG 8K, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
4OD2 Crystal structure of the Fab fragment of an anti-DR5 antibody bound to DR5 提交 2014-01-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 73–183（111 aa）片段：UNP residues 73-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；Protein (7mg/mL in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl) was mixed with equal volume of well solution (30% PEG 4K, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.20 Å R-free 0.305
6NHW Structure of the transmembrane domain of the Death Receptor 5 - Dimer of Trimer 提交 2018-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 208–242（35 aa）片段：residues 208-242 链 B 208–242（35 aa）片段：residues 208-242 链 C 208–242（35 aa）片段：residues 208-242 链 D 208–242（35 aa）片段：residues 208-242 链 E 208–242（35 aa）片段：residues 208-242 链 F 208–242（35 aa）片段：residues 208-242	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N; 85%-2H] Transmembrane Domain of Death Receptor 5, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] Transmembrane Domain of Death Receptor 5, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-15N; U-2H; 15%-13C] Transmembrane Domain of Death Receptor 5, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6NHY Structure of the transmembrane domain of the Death Receptor 5 mutant (G217Y) - Trimer Only 提交 2018-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 208–242（35 aa）链 B 208–242（35 aa）链 C 208–242（35 aa）	突变：G217Y 突变：G217Y 突变：G217Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N; 85%-2H] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.4 mM [15%-13C; U-15N; H-2H] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6T3J Dual Epitope Targeting by Anti-DR5 Antibodies 提交 2019-10-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 58–184（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；281 K；10% (w/v) PEG 4000 200 mM ammonium sulphate 100 mM Sodium acetate pH 4.6	分辨率 3.05 Å R-free 0.282
6T3J Dual Epitope Targeting by Anti-DR5 Antibodies 提交 2019-10-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 58–184（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；281 K；10% (w/v) PEG 4000 200 mM ammonium sulphate 100 mM Sodium acetate pH 4.6	分辨率 3.05 Å R-free 0.282
8DPX Preligand association structure of DR5 提交 2022-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–184（108 aa）链 B 77–184（108 aa）链 C 77–184（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 400 uM [U-100% 15N, U-100% 13C, U-85% 2H] DR5 ectodomain, 4.4 mM DGS-NTA (Ni), 44 mM DMPC, 88 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 500 uM [U-100% 15N; U-100% 2H] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 250 uM [U-100% 15N; U-100% 2H] Isotopically mixed DR5 ectodomain, 250 uM [U-100% 13C] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 250 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H] Isotopically mixed DR5 ectodomain, 250 uM DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 400 uM [U-100% 15N, U-85% 2H] DR5 ectodomain, 4.4 mM DGS-NTA (Ni), 44 mM DMPC, 88 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

共 11 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TR10B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–126； UniProt 57–182 作者链 S； PDB构建体 1–126； UniProt 57–182 作者链 T； PDB构建体 1–126； UniProt 57–182

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10

Homo sapiens

UniProt P50591

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 114–281	片段：UNP residues 114-281	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B × 1 （O14763） Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 114–281	片段：UNP residues 114-281	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B × 1 （O14763） Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 114–281	片段：UNP residues 114-281	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B × 1 （O14763） Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4N90	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D0G CRYSTAL STRUCTURE OF DEATH RECEPTOR 5 (DR5) BOUND TO APO2L/TRAIL 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 114–281（168 aa）片段：RESIDUES 114-281 链 B 114–281（168 aa）片段：RESIDUES 114-281 链 D 114–281（168 aa）片段：RESIDUES 114-281	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；15% Peg8K, 10% ethylene glycol, 0.2M ammonium sulface, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1D2Q CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL 提交 1999-09-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 114–281（168 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；295 K；PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1D2Q CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL 提交 1999-09-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 114–281（168 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；295 K；PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1D2Q CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL 提交 1999-09-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 114–281（168 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；295 K；PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1D4V Crystal structure of trail-DR5 complex 提交 1999-10-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 119–281（163 aa）片段：SINGLE SUBUNIT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% ETHYLENE GLYCOL, 0.1% N-OCTYL-BETA-GLUCOSIDE, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
1DG6 CRYSTAL STRUCTURE OF APO2L/TRAIL 提交 1999-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 91–281（191 aa）片段：TRIMERIC JELLY-ROLL DOMAIN OF APO2L	突变：D218A	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；WELL SOLUTION 32% MPD; DROP 1.2MG/ML APO2L, 20MM TRIS HCL PH 7.5, 1% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.30 Å R-free 0.197
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 114–281（168 aa）链 E 114–281（168 aa）链 F 114–281（168 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 114–281（168 aa）链 K 114–281（168 aa）链 L 114–281（168 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
5CIR Crystal structure of death receptor 4 (DR4; TNFFRSF10A) bound to TRAIL (TNFSF10) 提交 2015-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 114–281（168 aa）片段：Residues 114-281 链 B 114–281（168 aa）片段：Residues 114-281 链 D 114–281（168 aa）片段：Residues 114-281	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM MMT (1:2:2 ratio of DL-malic acid, MES, Tris base), pH 5.0, 22.2%(W/V) PEG 2000MME	分辨率 3.00 Å R-free 0.216

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNF10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–168； UniProt 114–281 作者链 B； PDB构建体 1–168； UniProt 114–281 作者链 C； PDB构建体 1–168； UniProt 114–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4n90
沉积日期 deposition_date	2013-10-18
结构标题 title	Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody
关键词 keywords	DR5, TRAIL, Agonist, antibody, cooperation, clustering, Apoptosis-Immune System complex; Apoptosis/Immune System
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.98 Å
零角强度 I(0) i0	802729000.00
分子量 molecular_weight	226470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	280030 Å³
包络体积 envelope_volume	406260 Å³
水化壳体积 shell_volume	72723 Å³
包络直径 envelope_diameter	166.8 Å
壳层 Rg shell_rg	48.50 Å
包络 Rg envelope_rg	49.65 Å
形状 Rg shape_rg	48.99 Å
总 Rg total_rg	48.91 Å
总原子数 total_atoms	15927
残基数 n_residues	2074
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.5 Å
Rg (实空间) rg_real	48.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3830e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	802500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8717
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.382
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.458
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	108500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.857

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
分子量 formula_weight	14193.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T
原子数 atom_count	15934

TQQDLAPQQRAAPQQKRSSPSEGLCPPGHHISEDGRDCISCKYGQDYSTHWNDLLFCLRCTRCDSGEVELSPCTTTRNTVCQCEEGTFREEDSPEMCRKCRTGCPRGMVKVGDCTPWSDIECVHKE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
分子量 formula_weight	19520.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

VRERGPQRVAAHITGTRGRSNTLSSPNSKNEKALGRKINSWESSRSGHSFLSNLHLRNGELVIHEKGFYYIYSQTYFRFQEEIKENTKNDKQMVQYIYKYTSYPDPILLMKSARNSCWSKDAEYGLYSIYQGGIFELKENDRIFVSVTNEHLIDMDHEASFFGAFLVG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab light chain
分子量 formula_weight	23415.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQGISRSYLAWYQQKPGQAPSLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQFGSSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23774.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,H

QVQLQESGPGLVKPSQTLSLTCTVSGGSISSGDYFWSWIRQLPGKGLEWIGHIHNSGTTYYNPSLKSRVTISVDTSKKQFSLRLSSVTAADTAVYYCARDRGGDYYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

CATH v4.4 (21 domains)

结构域编号 domain_id	4n90A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4n90B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4n90C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4n90D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4n90R01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	4n90R02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	4n90S01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	4n90S02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	4n90T01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	4n90T02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	152.006 Å
晶胞边长 b length_b	152.006 Å
晶胞边长 c length_c	613.155 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2860

fit	/app/data/saxs_computation/n9/4n90/4n90.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n9/4n90/4n90.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n9/4n90/4n90.dat

Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

CATH v4.4 (21 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)