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4nqa

Crystal structure of liganded hRXR-alpha/hLXR-beta heterodimer on DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor RXR-alpha

Homo sapiens

UniProt P19793

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 4 DNA 2 Liver X nuclear receptor beta × 1 （F1D8P7） Nuclear receptor coactivator 2 × 2 （Q15596） 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3' × 1 (9cis)-retinoic acid × 1 ZINC ION × 4 [3-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)phenyl]acetic acid × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 4 DNA 2 Liver X nuclear receptor beta × 1 （F1D8P7） Nuclear receptor coactivator 2 × 2 （Q15596） 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3' × 1 (9cis)-retinoic acid × 1 ZINC ION × 4 [3-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)phenyl]acetic acid × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1rxr

共 1 个 assembly

同源二聚体
1fby 5tbp 5tbp 6hn6

共 4 个 assembly

同源四聚体
1g1u 1g5y 4n5g 4n8r 5tbp 5zqu 6jno 7cfo

共 8 个 assembly

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1by4 1by4 1dsz 1fm6 1fm6 1fm9 1k74 1mv9 1mvc 1mzn 1mzn 1r0n

共 126 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RXRA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–365； UniProt 98–462 作者链 H； PDB构建体 1–365； UniProt 98–462

Liver X nuclear receptor beta

Homo sapiens

UniProt F1D8P7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 4 DNA 2 Retinoic acid receptor RXR-alpha × 1 （P19793） Nuclear receptor coactivator 2 × 2 （Q15596） 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3' × 1 (9cis)-retinoic acid × 1 ZINC ION × 4 [3-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)phenyl]acetic acid × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 4 DNA 2 Retinoic acid receptor RXR-alpha × 1 （P19793） Nuclear receptor coactivator 2 × 2 （Q15596） 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3' × 1 (9cis)-retinoic acid × 1 ZINC ION × 4 [3-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)phenyl]acetic acid × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
4nqa 4nqa

共 2 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F1D8P7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–391； UniProt 72–461 作者链 I； PDB构建体 2–391； UniProt 72–461

Nuclear receptor coactivator 2

Homo sapiens

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 4 DNA 2 Retinoic acid receptor RXR-alpha × 1 （P19793） Liver X nuclear receptor beta × 1 （F1D8P7） 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3' × 1 (9cis)-retinoic acid × 1 ZINC ION × 4 [3-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)phenyl]acetic acid × 1 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 4 DNA 2 Retinoic acid receptor RXR-alpha × 1 （P19793） Liver X nuclear receptor beta × 1 （F1D8P7） 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3' × 1 (9cis)-retinoic acid × 1 ZINC ION × 4 [3-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)phenyl]acetic acid × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
4wg0

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物
1gwq 1gwr 1gwr 1m2z 1mv9 1mvc 1mzn 1mzn 1p93 1p93 1p93 1p93

共 334 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–13； UniProt 686–698 作者链 D； PDB构建体 1–13； UniProt 686–698 作者链 J； PDB构建体 1–13； UniProt 686–698 作者链 K； PDB构建体 1–13； UniProt 686–698

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4nqa
沉积日期 deposition_date2013-11-24
结构标题 titleCrystal structure of liganded hRXR-alpha/hLXR-beta heterodimer on DNA
关键词 keywordsmulti-domain, RXR, LXR, DBD, LBD, ligand, zinc finger, TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex; TRANSCRIPTION REGULATOR/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4nqa__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4nqa__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4nqa__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）33.76 Å
Rg（电子密度）32.68 Å
总 Rg33.21 Å
原子数6542
残基数763
排除体积114100 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4nqa__assembly_1__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4nqa__assembly_2__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4nqaA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A
结构域编号 domain_id4nqaA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id4nqaB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A
结构域编号 domain_id4nqaB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id4nqaH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A
结构域编号 domain_id4nqaH02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id4nqaI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A
结构域编号 domain_id4nqaI02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
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7. 引用文献 (1)