SAXSdb — 4oe9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMM domain-containing protein 9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–117	片段：COMMD9, unp residues 1-117 突变：L67M, I101M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291.15 K；28% mPEG 5000, 0.2M citric acid, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.55 Å R-free 0.165
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–117	片段：COMMD9, unp residues 1-117 突变：L67M, I101M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CIT CITRIC ACID × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291.15 K；28% mPEG 5000, 0.2M citric acid, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.55 Å R-free 0.165

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4OE9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NKN The Crystal Structure of the N-terminal domain of COMMD9 提交 2013-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–117（116 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-116) 链 B 2–117（116 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-116) 链 E 2–117（116 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-116)	突变：L67M, I101M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L67M, I101M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L67M, I101M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291.15 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg Nitrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.79 Å R-free 0.249
4NKN The Crystal Structure of the N-terminal domain of COMMD9 提交 2013-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–117（116 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-116) 链 D 2–117（116 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-116) 链 F 2–117（116 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-116)	突变：L67M, I101M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L67M, I101M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L67M, I101M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291.15 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg Nitrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.79 Å R-free 0.249
6BP6 Crystal structure of Commd9 COMM domain 提交 2017-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 115–198（84 aa）链 B 115–198（84 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 6% Jeffamine M-600	分辨率 2.17 Å R-free 0.285
8ESD Crystal structure of COMMD7-COMMD9-COMMD5-COMMD10 tetramer 提交 2022-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 5–198（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；2 uM crown ether and 10% glycerol and grown in 22% ethanol and 5 mM EDTA	分辨率 3.33 Å R-free 0.278
8F2R Human CCC complex 提交 2022-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 I 1–198（198 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；50 mM HEPES pH7.2, 150 mM NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.01% Triton-X100 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
8F2U Human CCC complex 提交 2022-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–198（198 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；50 mM HEPES pH7.2, 150 mM NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.01% Triton-X100 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
8P0W Structure of the human Commander complex COMMD ring 提交 2023-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–198（198 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COMD9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–121； UniProt 1–117 作者链 B； PDB构建体 5–121； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4oe9
沉积日期 deposition_date	2014-01-12
结构标题 title	The crystal structure of the n-terminal domain of COMMD9
关键词 keywords	ALL ALPHA HELICAL, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.99 Å
零角强度 I(0) i0	12759500.00
分子量 molecular_weight	26331.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32744 Å³
包络体积 envelope_volume	38134 Å³
水化壳体积 shell_volume	17397 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.7 Å
壳层 Rg shell_rg	24.66 Å
包络 Rg envelope_rg	19.34 Å
形状 Rg shape_rg	19.00 Å
总 Rg total_rg	19.80 Å
总原子数 total_atoms	3618
残基数 n_residues	229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12760000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8278
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.448
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.217
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4041000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.865; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COMM domain-containing protein 9
分子量 formula_weight	13562.9 kDa
突变 mutation	L67M, I101M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3941

MSGAMAALTAEHFAALQSLLKASSKDVVRQLCQESFSSSALGLKKLLDVTCSSLSVTQEEAEELLQALHRMTRLVAFRDLSSAEAILALFPENFHQNLKNLLTKIMLEHVSTWRTEAQANQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	28.490 Å
晶胞边长 b length_b	35.580 Å
晶胞边长 c length_c	54.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.03 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	91.11 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	26.286 Å
R 因子 r_factor	0.1355
R_work r_work	0.1339
R_free r_free	0.1651

fit	/app/data/saxs_computation/oe/4oe9/4oe9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oe/4oe9/4oe9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oe/4oe9/4oe9.dat

The crystal structure of the n-terminal domain of COMMD9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMM domain-containing protein 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction