4p3w

Crystal structure of the human filamin A Ig-like domains 20-21 in complex with migfilin peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Filamin-A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-binding LIM protein 1 × 1 （Q8WUP2） SULFATE ION × 1 PRASEODYMIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-binding LIM protein 1 × 1 （Q8WUP2） SULFATE ION × 1 PRASEODYMIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-binding LIM protein 1 × 1 （Q8WUP2） SULFATE ION × 1 PRASEODYMIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-binding LIM protein 1 × 1 （Q8WUP2） water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-binding LIM protein 1 × 1 （Q8WUP2） PRASEODYMIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-binding LIM protein 1 × 1 （Q8WUP2） SULFATE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLNA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–182； UniProt 2152–2329 作者链 B； PDB构建体 5–182； UniProt 2152–2329 作者链 C； PDB构建体 5–182； UniProt 2152–2329 作者链 D； PDB构建体 5–182； UniProt 2152–2329 作者链 E； PDB构建体 5–182； UniProt 2152–2329 作者链 F； PDB构建体 5–182； UniProt 2152–2329

Filamin-binding LIM protein 1

物种未注明

UniProt Q8WUP2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-A × 1 （P21333） SULFATE ION × 1 PRASEODYMIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-A × 1 （P21333） SULFATE ION × 1 PRASEODYMIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-A × 1 （P21333） SULFATE ION × 1 PRASEODYMIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-A × 1 （P21333） water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-A × 1 （P21333） PRASEODYMIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Filamin-A × 1 （P21333） SULFATE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FBLI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–24； UniProt 5–28 作者链 H； PDB构建体 1–24； UniProt 5–28 作者链 I； PDB构建体 1–24； UniProt 5–28 作者链 J； PDB构建体 1–24； UniProt 5–28 作者链 K； PDB构建体 1–24； UniProt 5–28 作者链 L； PDB构建体 1–24； UniProt 5–28

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p3w
沉积日期 deposition_date	2014-03-10
结构标题 title	Crystal structure of the human filamin A Ig-like domains 20-21 in complex with migfilin peptide
关键词 keywords	cytoskeleton, adhesion, immunoglobulin-like, actin binding protein, Cell Adhesion; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p3w__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p3w__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p3w__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.56 Å
Rg（电子密度）	18.84 Å
总 Rg	19.65 Å
原子数	1251
残基数	175
排除体积	22084 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4p3w__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4p3w__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4p3w__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4p3w__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4p3w__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4p3w__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Filamin-A
分子量 formula_weight	19023.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,D,C
原子数 atom_count	8100

GAMGSVANVGSHCDLSLKIPEISIQDMTAQVTSPSGKTHEAEIVEGENHTYCIRFVPAEMGTHTVSVKYKGQHVPGSPFQFTVGPLGEGGAHKVRAGGPGLERAEAGVPAEFSIWTREAGAGGLAIAVEGPSKAEISFEDRKDGSCGVAYVVQEPGDYEVSVKFNEEHIPDSPFVVPVASPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Filamin-binding LIM protein 1
分子量 formula_weight	2613.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,K,L,J,I

PEKRVASSVFITLAPPRRDVAVAE

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PRASEODYMIUM ION
分子量 formula_weight	140.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4p3wA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3wF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	88.154 Å
晶胞边长 b length_b	88.154 Å
晶胞边长 c length_c	394.709 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	54

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	43.860 Å
R 因子 r_factor	0.2016
R_work r_work	0.2003
R_free r_free	0.2259

Crystal structure of the human filamin A Ig-like domains 20-21 in complex with migfilin peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Filamin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Filamin-binding LIM protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p3w__assembly_5__model_1

4p3w__assembly_5__model_1 | I(q)

4p3w__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the human filamin A Ig-like domains 20-21 in complex with migfilin peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Filamin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Filamin-binding LIM protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p3w__assembly_5__model_1

4p3w__assembly_5__model_1 | I(q)

4p3w__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)