SAXSdb — 4pkd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 RNA 1	U1 snRNA stem-loops 1 and 2 (55-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 3 IMIDAZOLE × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RU17_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 124–279； UniProt 60–215

U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa

Homo sapiens

UniProt Q06AA4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 RNA 1	U1 snRNA stem-loops 1 and 2 (55-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 3 IMIDAZOLE × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNRPA_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 2–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4pkd
沉积日期 deposition_date	2014-05-14
结构标题 title	U1-70k in complex with U1 snRNA stem-loops 1 and U1-A RRM in complex with stem-loop 2
关键词 keywords	U1-70k, U1 snRNP, Pre-mRNA splicing, Spliceosome, gene regulation; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4pkd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4pkd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4pkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.71 Å
Rg（电子密度）	34.57 Å
总 Rg	34.28 Å
原子数	3139
残基数	294
排除体积	51330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4pkd__assembly_1__model_1`	Dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	U1 snRNA stem-loops 1 and 2 (55-MER)
分子量 formula_weight	17786.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	V
原子数 atom_count	3252

GGAUCCAUUGCACUCCGGAUCCAGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
分子量 formula_weight	32183.6 kDa
突变 mutation	A2G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GVPETRPNHTIYINNLNEKIKKDELKKSLYAIFSQFGQILDILVSRSLKMRGQAFVIFKEVSSATNALRSMQGFPFYDKPMRIQYAKTDSDIIAKMKGTFVERDRKREKRGSGSGSGSGSGSGAETREERMERKRREKIERRQQEVETELKMWDPHNDPNAQGDAFKTLFVARVNYDTTESKLRREFEVYGPIKRIHMVYSKRSGKPRGYAFIEYEHERDMHSAYKHADGKKIDGRRVLVDVERGRTVKGWRPRRLGGGLGGTRRGGADVNIRHSGRDD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4pkdB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4pkdB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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晶胞边长 a length_a	80.220 Å
晶胞边长 b length_b	66.600 Å
晶胞边长 c length_c	93.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	87.000 Å
R 因子 r_factor	0.1999
R_work r_work	0.1968
R_free r_free	0.2579

U1-70k in complex with U1 snRNA stem-loops 1 and U1-A RRM in complex with stem-loop 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4pkd__assembly_1__model_1

4pkd__assembly_1__model_1 | I(q)

4pkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (4)

U1-70k in complex with U1 snRNA stem-loops 1 and U1-A RRM in complex with stem-loop 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

U1 small nuclear ribonucleoprotein A,U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4pkd__assembly_1__model_1

4pkd__assembly_1__model_1 | I(q)

4pkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (4)